旋毛蟲肌幼蟲期外泌體的分離和小RNA鑒定
發(fā)布時(shí)間:2021-04-12 09:15
目的分離純化旋毛蟲肌幼蟲分泌的外泌體,并進(jìn)行鑒定,為研究旋毛蟲免疫逃逸機(jī)制提供新的線索。方法采用超速離心法提取旋毛蟲肌幼蟲期外泌體,通過透射電子顯微鏡、納米顆粒跟蹤分析、免疫印記和小RNA測(cè)序?qū)ζ溥M(jìn)行鑒定。結(jié)果旋毛蟲肌幼蟲期外泌體為有膜的泡狀物,直徑約80~200 nm,表達(dá)外泌體特異性標(biāo)記蛋白CD63和Enolase,含1 266個(gè)已知的miRNA。結(jié)論經(jīng)形態(tài)、粒徑及標(biāo)記蛋白分析證實(shí)成功分離旋毛蟲肌幼蟲期外泌體,同時(shí)構(gòu)建旋毛蟲肌幼蟲期外泌體的小RNA文庫,鑒定出多種功能性小RNA,為深入研究旋毛蟲肌幼蟲期外泌體內(nèi)小RNA分子的應(yīng)用提供數(shù)據(jù)。
【文章來源】:中國(guó)人獸共患病學(xué)報(bào). 2020,36(04)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:6 頁
【部分圖文】:
透射電子顯微鏡觀察旋毛蟲肌幼蟲期外泌體的形態(tài)特征
表1 旋毛蟲肌幼蟲期外泌體不同大小的百分比Tab.1 Percentage of T. spiralis muscle larvae EXO in various size range Particle size/nm number % 0-80 0 80-200 83 200-300 12 300-500 5 500-1000 02.3 旋毛蟲肌幼蟲期外泌體的小RNA分析
將所有ML-EXO中的小RNA與各類RNA的比對(duì)、注釋情況進(jìn)行總結(jié)。結(jié)果發(fā)現(xiàn),在ML-EXO小RNA文庫中,來源于編碼蛋白質(zhì)的內(nèi)含子和外顯子共6 764種,約占小RNA的0.55%,表明總RNA質(zhì)量完好,基本沒有降解。各類非編碼小RNA共206 120種,占小RNA的16.64%,其中rRNA的比例最高,占12.80%。未注釋的小RNA共959 200種,占小RNA的77.45%,這部分序列可能是新小RNA序列,其分類和功能值得進(jìn)一步研究(圖3A)。通過將小RNA和miRBase數(shù)據(jù)庫比對(duì),鑒定出已知miRNA共66 352種,占小RNA的5.36%。對(duì)已知miRNA用多個(gè)軟件進(jìn)行靶基因預(yù)測(cè),發(fā)現(xiàn)靶基因數(shù)量為34 437個(gè)(表2)。為了確定預(yù)測(cè)的靶基因行使的主要生物學(xué)功能,本研究通過GO富集分析靶基因的功能分類體系,發(fā)現(xiàn)在細(xì)胞、生物學(xué)調(diào)節(jié)、代謝等過程中,靶基因顯著富集(圖3B)。進(jìn)一步利用ggplot2對(duì)豐度前50的miRNA的靶基因進(jìn)行功能預(yù)測(cè),發(fā)現(xiàn)其參與了多種免疫調(diào)節(jié)如MAPK級(jí)聯(lián)反應(yīng)、JNK級(jí)聯(lián)反應(yīng)和B細(xì)胞活化等過程(圖3C)。表2 旋毛蟲肌幼蟲期外泌體中的miRNA靶基因預(yù)測(cè)統(tǒng)計(jì)Tab.2 Summary of T. spiralis muscle larvae EXO miRNA target prediction software miRNA number Target gene number Count of miRNA::corresponding target gene Target location number targetscan 1279 34859 3662318 4265265 miRanda 1270 34510 2578906 3055763 Result 1266 34437 986331 —
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]旋毛蟲肌幼蟲排泄分泌蛋白對(duì)非小細(xì)胞肺癌A549增殖的影響[J]. 吳合亮,李美辰,潘靖丹,邵薪諾,李世昌,王一諾,杜孌英. 醫(yī)學(xué)理論與實(shí)踐. 2019(09)
[2]旋毛蟲TsGLS和TsGAD重組蛋白免疫保護(hù)作用的研究[J]. 孟詩,張妍,李曉云,于潔,王爽,李成,劉宇琦,陳博,孟小晴,宋銘忻. 中國(guó)獸醫(yī)科學(xué). 2019(04)
[3]旋毛蟲5′-nucleotidase基因特征與克隆表達(dá)[J]. 廖成水,王曉利,杜付玉,郁川,余祖華,張春杰,李銀聚,吳庭才,劉明遠(yuǎn),程相朝. 中國(guó)人獸共患病學(xué)報(bào). 2018(11)
[4]人脂肪干細(xì)胞及其外泌體的分離與鑒定[J]. 李洪超,金銀鵬,王皙,李莉,王曉今,周榮,陳成偉,傅青春,程明亮. 中國(guó)組織工程研究. 2018(13)
[5]外泌體在寄生原蟲中的研究進(jìn)展[J]. 李佳祺,楊娜,尹德琦,李承桓,陳俊楠,趙琳,王欣欣,孫琬琳,姜寧. 動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2017(10)
[6]大鼠骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞來源的胞外囊泡分離和鑒定[J]. 葛鎖華,馬永賓,芮星,張俊華,汪雪峰,蘇建華. 細(xì)胞與分子免疫學(xué)雜志. 2017(10)
[7]膠質(zhì)瘤細(xì)胞來源外泌體的提取與鑒定[J]. 王維冰,吳世雙,付佳樂,于如同,周秀萍. 臨床神經(jīng)外科雜志. 2017(05)
本文編號(hào):3133048
【文章來源】:中國(guó)人獸共患病學(xué)報(bào). 2020,36(04)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:6 頁
【部分圖文】:
透射電子顯微鏡觀察旋毛蟲肌幼蟲期外泌體的形態(tài)特征
表1 旋毛蟲肌幼蟲期外泌體不同大小的百分比Tab.1 Percentage of T. spiralis muscle larvae EXO in various size range Particle size/nm number % 0-80 0 80-200 83 200-300 12 300-500 5 500-1000 02.3 旋毛蟲肌幼蟲期外泌體的小RNA分析
將所有ML-EXO中的小RNA與各類RNA的比對(duì)、注釋情況進(jìn)行總結(jié)。結(jié)果發(fā)現(xiàn),在ML-EXO小RNA文庫中,來源于編碼蛋白質(zhì)的內(nèi)含子和外顯子共6 764種,約占小RNA的0.55%,表明總RNA質(zhì)量完好,基本沒有降解。各類非編碼小RNA共206 120種,占小RNA的16.64%,其中rRNA的比例最高,占12.80%。未注釋的小RNA共959 200種,占小RNA的77.45%,這部分序列可能是新小RNA序列,其分類和功能值得進(jìn)一步研究(圖3A)。通過將小RNA和miRBase數(shù)據(jù)庫比對(duì),鑒定出已知miRNA共66 352種,占小RNA的5.36%。對(duì)已知miRNA用多個(gè)軟件進(jìn)行靶基因預(yù)測(cè),發(fā)現(xiàn)靶基因數(shù)量為34 437個(gè)(表2)。為了確定預(yù)測(cè)的靶基因行使的主要生物學(xué)功能,本研究通過GO富集分析靶基因的功能分類體系,發(fā)現(xiàn)在細(xì)胞、生物學(xué)調(diào)節(jié)、代謝等過程中,靶基因顯著富集(圖3B)。進(jìn)一步利用ggplot2對(duì)豐度前50的miRNA的靶基因進(jìn)行功能預(yù)測(cè),發(fā)現(xiàn)其參與了多種免疫調(diào)節(jié)如MAPK級(jí)聯(lián)反應(yīng)、JNK級(jí)聯(lián)反應(yīng)和B細(xì)胞活化等過程(圖3C)。表2 旋毛蟲肌幼蟲期外泌體中的miRNA靶基因預(yù)測(cè)統(tǒng)計(jì)Tab.2 Summary of T. spiralis muscle larvae EXO miRNA target prediction software miRNA number Target gene number Count of miRNA::corresponding target gene Target location number targetscan 1279 34859 3662318 4265265 miRanda 1270 34510 2578906 3055763 Result 1266 34437 986331 —
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]旋毛蟲肌幼蟲排泄分泌蛋白對(duì)非小細(xì)胞肺癌A549增殖的影響[J]. 吳合亮,李美辰,潘靖丹,邵薪諾,李世昌,王一諾,杜孌英. 醫(yī)學(xué)理論與實(shí)踐. 2019(09)
[2]旋毛蟲TsGLS和TsGAD重組蛋白免疫保護(hù)作用的研究[J]. 孟詩,張妍,李曉云,于潔,王爽,李成,劉宇琦,陳博,孟小晴,宋銘忻. 中國(guó)獸醫(yī)科學(xué). 2019(04)
[3]旋毛蟲5′-nucleotidase基因特征與克隆表達(dá)[J]. 廖成水,王曉利,杜付玉,郁川,余祖華,張春杰,李銀聚,吳庭才,劉明遠(yuǎn),程相朝. 中國(guó)人獸共患病學(xué)報(bào). 2018(11)
[4]人脂肪干細(xì)胞及其外泌體的分離與鑒定[J]. 李洪超,金銀鵬,王皙,李莉,王曉今,周榮,陳成偉,傅青春,程明亮. 中國(guó)組織工程研究. 2018(13)
[5]外泌體在寄生原蟲中的研究進(jìn)展[J]. 李佳祺,楊娜,尹德琦,李承桓,陳俊楠,趙琳,王欣欣,孫琬琳,姜寧. 動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2017(10)
[6]大鼠骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞來源的胞外囊泡分離和鑒定[J]. 葛鎖華,馬永賓,芮星,張俊華,汪雪峰,蘇建華. 細(xì)胞與分子免疫學(xué)雜志. 2017(10)
[7]膠質(zhì)瘤細(xì)胞來源外泌體的提取與鑒定[J]. 王維冰,吳世雙,付佳樂,于如同,周秀萍. 臨床神經(jīng)外科雜志. 2017(05)
本文編號(hào):3133048
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