發(fā)布時(shí)間：2021-03-11 12:58

　　研究目的:對(duì)海南省部分地區(qū)野生鼠類樣本攜帶的致病性及潛在致病性病毒進(jìn)行基因組分析,為防控以鼠源性新發(fā)致病性疾病的流行提供數(shù)據(jù)支撐。研究方法:本課題基于本實(shí)驗(yàn)前期對(duì)海南省部分地區(qū)野生鼠類樣本病毒宏基因組高通量測(cè)序及生物信息學(xué)分析的結(jié)果,從中篩選出可能導(dǎo)致人類和動(dòng)物致病鼠源性細(xì)小病毒（parvovirus,ParV）、多瘤病毒（polyomavirus,PyV）及Gemycircularvivus（GemyCV）的reads,分別對(duì)三種病毒通過PCR技術(shù)進(jìn)行全基因組擴(kuò)增、序列拼接、基因組遺傳進(jìn)化分析,初步建立了巢式PCR（Nested PCR）檢測(cè)鼠源性ParV和PyV方法。研究結(jié)果:（1）海南鼠源性ParV的基因組分析基于前期對(duì)海南臨高地區(qū)捕獲的野生鼠咽拭子樣本病毒宏基因組高通量測(cè)序及生物信息學(xué)的結(jié)果分析,發(fā)現(xiàn)了1603條reads與嚙齒類動(dòng)物ParV具有同源性（80%-94%）,疑似ParV（ParV/LG株）。應(yīng)用PCR技術(shù)進(jìn)行全基因組擴(kuò)增、基因全長拼接等方法,獲得ParV/LG株的全基因組序列�；蚪M全長為4691 bp,編碼非結(jié)構(gòu)蛋白（NS1）和衣殼蛋白1（VP1）,分別編碼72... 

【文章來源】：海南醫(yī)學(xué)院海南省

【文章頁數(shù)】：86 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

ParV全基因組分段擴(kuò)增電泳圖（M:Marker，1:Sample，2:Negativecontrol）

ParV的基因組結(jié)構(gòu)圖

20圖 1.3 ParV/LG 株與 KRV 株的 VP1 氨基酸相似性分析Figure 1.3 Similarity analyses of VP1 amino acids in parvovirus of Lingao strain and KRV strain1.2.2.2 細(xì)小病毒同源性分析基于全基因組序列水平的同源性表明，ParV/LG 株與其他 ParV 的核苷酸同源性在 73 %-92 % 之間。其中，與在患腫瘤的大鼠體內(nèi)分離的 Kilham rat virus（KRV）株（GenBank 登錄號(hào) AF321230.1）親緣關(guān)系最密切，全基因組核苷酸水平同源性達(dá)到 92 %，其中 NS1 和 VP1 片段核苷酸水平的同源性分別為 87 %和 97 %，氨基酸水平的同源性分別為 91 %，97 %。

【參考文獻(xiàn)】：
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博士論文
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碩士論文
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本文編號(hào)：3076499