本文關(guān)鍵詞：microRNA生物標(biāo)志物的數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建及生物信息學(xué)分析，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：micro RNA是一類(lèi)小的非編碼RNA分子,廣泛存在于真核生物中。由于它們?cè)谡０l(fā)育和疾病病變過(guò)程中,作為基因表達(dá)的調(diào)控者,因此成為了生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)。許多研究已經(jīng)報(bào)道m(xù)icro RNA可作為候選的生物標(biāo)志物,被應(yīng)用于疾病或者癌癥的診斷、預(yù)后和療效等方面。本論文的研究?jī)?nèi)容可分了兩個(gè)部分。第一部分,我們開(kāi)發(fā)了一個(gè)高質(zhì)量的網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)用于存儲(chǔ)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證過(guò)的micro RNA與癌癥之間的相互關(guān)系,從而幫助癌癥研究者獲取更多micro RNA標(biāo)志物信息。mi R-abc,一個(gè)人工精選的數(shù)據(jù)庫(kù),旨在提供micro RNA作為人類(lèi)癌癥生物標(biāo)志物的全面信息。目前,mi R-abc包含了228個(gè)micro RNA與25種癌癥之間的568個(gè)關(guān)系對(duì)。這些數(shù)據(jù)是通過(guò)對(duì)Pub Med中的2174篇文獻(xiàn)進(jìn)行處理,從其中的430篇文獻(xiàn)中提取挖掘出來(lái)的。mi R-abc的網(wǎng)址為http://sysbio.suda.edu.cn/mi R-abc/。第二部分,基于生物信息學(xué)模型,我們分析了人類(lèi)micro RNA-m RNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò),識(shí)別可用于膿毒癥早期診斷的micro RNA生物標(biāo)志物。通過(guò)分析micro RNA表達(dá)數(shù)據(jù)和micro RNA-m RNA的調(diào)控網(wǎng)絡(luò),我們獲得了膿毒癥候選的micro RNA生物標(biāo)志物。我們利用通路分析,本體論富集分析,蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析和ROC曲線分析驗(yàn)證這些micro RNA作為生物標(biāo)志物的可靠性。最終,我們識(shí)別了8個(gè)新的膿毒癥診斷生物標(biāo)志物。
【關(guān)鍵詞】：microRNA 生物標(biāo)志物 數(shù)據(jù)庫(kù) 癌癥 膿毒癥
【學(xué)位授予單位】：蘇州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類(lèi)號(hào)】：R3416;Q811.4
【目錄】：

• 中文摘要4-5
• Abstract5-8
• 第1章 引言8-19
• 1.1 課題的研究背景8-14
• 1.1.1 生物標(biāo)志物的概念及其分類(lèi)8-9
• 1.1.2 癌癥生物標(biāo)志物的研究背景9-11
• 1.1.3 microRNA作為生物標(biāo)志物的研究背景11-13
• 1.1.4 膿毒癥生物標(biāo)志物的研究現(xiàn)狀13-14
• 1.2 本文的研究?jī)?nèi)容14-15
• 1.2.1 癌癥microRNA生物標(biāo)志物數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建14-15
• 1.2.2 生物信息學(xué)方法尋找新的膿毒癥microRNA生物標(biāo)志物15
• 1.3 本課題的研究目的和意義15-17
• 1.3.1 第一部分：癌癥microRNA生物標(biāo)志物數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建15-16
• 1.3.2 第二部分：生物信息學(xué)方法尋找新的膿毒癥microRNA生物標(biāo)志物16-17
• 1.4 本文的組織架構(gòu)17-19
• 第2章miR-abc: 人類(lèi)癌癥microRNA生物標(biāo)志物數(shù)據(jù)庫(kù)19-30
• 2.1 數(shù)據(jù)庫(kù)開(kāi)發(fā)工具介紹19-21
• 2.1.1 XAMPP建站集成軟件包19-20
• 2.1.2 Web端-開(kāi)發(fā)技術(shù)20
• 2.1.3 數(shù)據(jù)庫(kù)管理方案20-21
• 2.2 MiR-abc數(shù)據(jù)庫(kù)的設(shè)計(jì)21-23
• 2.2.1 數(shù)據(jù)庫(kù)概念結(jié)構(gòu)21-22
• 2.2.2 數(shù)據(jù)庫(kù)功能模塊圖22-23
• 2.3 miR-abc數(shù)據(jù)庫(kù)的實(shí)現(xiàn)23-30
• 第3章miR-abc數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)收集與數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)30-37
• 3.1 人類(lèi)高發(fā)性癌癥的選取30-31
• 3.2 microRNA生物標(biāo)志物數(shù)據(jù)的收集31-33
• 3.2.1 Pubmed文獻(xiàn)搜索關(guān)鍵詞的設(shè)定31-33
• 3.2.2 MicroRNA生物標(biāo)志物的信息注釋33
• 3.3 數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)33-37
• 3.3.1 數(shù)據(jù)庫(kù)中記錄的microRNA生物標(biāo)志物條目統(tǒng)計(jì)33-34
• 3.3.2 各類(lèi)型癌癥microRNA標(biāo)志物分類(lèi)統(tǒng)計(jì)34-35
• 3.3.3 癌癥與microRNA生物標(biāo)志物對(duì)應(yīng)關(guān)系統(tǒng)計(jì)35
• 3.3.4 癌癥與microRNA生物標(biāo)志對(duì)應(yīng)關(guān)系的可視化圖形35-37
• 第4章 生物信息學(xué)方法尋找新的膿毒癥microRNA生物標(biāo)志物37-52
• 4.1 流程介紹37-38
• 4.2 材料及方法38-41
• 4.2.1 已報(bào)道的膿毒癥miRNA生物標(biāo)志物的數(shù)據(jù)收集38
• 4.2.2 microRNA芯片數(shù)據(jù)分析38-39
• 4.2.3 統(tǒng)計(jì)分析方法39
• 4.2.4 miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建39
• 4.2.5 基因功能富集分析39-41
• 4.3 結(jié)果與討論41-51
• 4.3.1 已報(bào)道的膿毒癥microRNA生物標(biāo)志物分析41-42
• 4.3.2 膿毒癥microRNA生物標(biāo)志物的預(yù)測(cè)結(jié)果42-45
• 4.3.3 候選microRNA靶基因的富集分析45-47
• 4.3.4 候選microRNA標(biāo)志物調(diào)控的蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)功能分析47-51
• 4.4 總結(jié)51-52
• 第5章 結(jié)論與展望52-54
• 參考文獻(xiàn)54-58
• 附錄58-67
• 攻讀學(xué)位期間公開(kāi)發(fā)表（待發(fā)表）的論文67-68
• 致謝68-69

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