目的評價3種濃度核酸酶消化在蜱蟲宏基因組學(xué)研究中的作用。方法經(jīng)過3種濃度的核酸酶處理蜱蟲樣本后,采用Illumina Miseq二代測序儀測序,分析比較蜱蟲宏基因組學(xué)物種的種類及優(yōu)勢物種reads的豐度,初步評價不同終濃度（0 U/μl、0. 05 U/μl和0. 2 U/μl）的核酸酶處理樣本對宏基因組學(xué)結(jié)果的影響。結(jié)果采用核酸酶處理雖然降低了可檢出物種的種類,但能夠有效提高大部分優(yōu)勢物種的檢出比例,尤其是立克次體屬、不動桿菌屬和Andromedavirus病毒屬等物種的檢出率;低劑量的核酸酶處理組的提高效果比高劑量處理組和無核酸酶處理組都要好。結(jié)論采用低劑量核酸酶（0. 05 U/μl）處理蜱蟲樣本會提高宏基因組研究中發(fā)現(xiàn)立克次體及病毒等病原的幾率,為蜱蟲及其他生物樣本的深度測序過程中樣本富集步驟的優(yōu)化提供了一個初步的實驗依據(jù)。 

【文章來源】：中國衛(wèi)生檢驗雜志. 2020,30(08)

【文章頁數(shù)】：7 頁

【部分圖文】：

硬骨脊椎動物分類結(jié)果比較

蛛形綱分類結(jié)果(屬水平)比較

MEGAN軟件提供了一個可視化的分類學(xué)結(jié)果，并提供了多個樣本的宏基因組學(xué)分類結(jié)果的比較。在進化樹的界面中(圖3)，可以清楚地看出優(yōu)勢物種及其用酶處理前后的二代測序結(jié)果表現(xiàn)。與前面的分析結(jié)果一致的是，細菌中的立克次體屬、考克斯氏體屬、不動桿菌屬及真核中的硬蜱屬均為優(yōu)勢物種。并且用酶處理后的趨勢也是完全相同，如立克次體屬、不動桿菌屬、Andromedavirus屬、硬蜱屬/恙螨屬/血蜱屬、犬屬的比例都提高了，而考克斯氏體屬、假單胞菌屬和鼠的比例下降了。對于這53個屬的物種，采用MEGAN比對堿基的數(shù)目(如圖4)能夠更清晰地體現(xiàn)這種不同處理方法地變化。其中有27個屬的物種(52.8%)在用酶處理后比對堿基數(shù)百分比是上升的，有14個屬的物種(26.4%)下降了，其中有9個(17.0%)下降到檢測不到的水平。這說明用酶處理樣本在提高一半多物種的堿基數(shù)百分比的同時，也降低了近1/4物種的比例。圖4 有酶組和無酶組處理樣本中物種(屬水平)豐度的比較箱圖

【參考文獻】：
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