目的評(píng)價(jià)3種濃度核酸酶消化在蜱蟲宏基因組學(xué)研究中的作用。方法經(jīng)過(guò)3種濃度的核酸酶處理蜱蟲樣本后,采用Illumina Miseq二代測(cè)序儀測(cè)序,分析比較蜱蟲宏基因組學(xué)物種的種類及優(yōu)勢(shì)物種reads的豐度,初步評(píng)價(jià)不同終濃度（0 U/μl、0. 05 U/μl和0. 2 U/μl）的核酸酶處理樣本對(duì)宏基因組學(xué)結(jié)果的影響。結(jié)果采用核酸酶處理雖然降低了可檢出物種的種類,但能夠有效提高大部分優(yōu)勢(shì)物種的檢出比例,尤其是立克次體屬、不動(dòng)桿菌屬和Andromedavirus病毒屬等物種的檢出率;低劑量的核酸酶處理組的提高效果比高劑量處理組和無(wú)核酸酶處理組都要好。結(jié)論采用低劑量核酸酶（0. 05 U/μl）處理蜱蟲樣本會(huì)提高宏基因組研究中發(fā)現(xiàn)立克次體及病毒等病原的幾率,為蜱蟲及其他生物樣本的深度測(cè)序過(guò)程中樣本富集步驟的優(yōu)化提供了一個(gè)初步的實(shí)驗(yàn)依據(jù)。 

【文章來(lái)源】：中國(guó)衛(wèi)生檢驗(yàn)雜志. 2020,30(08)

【文章頁(yè)數(shù)】：7 頁(yè)

【部分圖文】：

硬骨脊椎動(dòng)物分類結(jié)果比較

蛛形綱分類結(jié)果(屬水平)比較

MEGAN軟件提供了一個(gè)可視化的分類學(xué)結(jié)果，并提供了多個(gè)樣本的宏基因組學(xué)分類結(jié)果的比較。在進(jìn)化樹(shù)的界面中(圖3)，可以清楚地看出優(yōu)勢(shì)物種及其用酶處理前后的二代測(cè)序結(jié)果表現(xiàn)。與前面的分析結(jié)果一致的是，細(xì)菌中的立克次體屬、考克斯氏體屬、不動(dòng)桿菌屬及真核中的硬蜱屬均為優(yōu)勢(shì)物種。并且用酶處理后的趨勢(shì)也是完全相同，如立克次體屬、不動(dòng)桿菌屬、Andromedavirus屬、硬蜱屬/恙螨屬/血蜱屬、犬屬的比例都提高了，而考克斯氏體屬、假單胞菌屬和鼠的比例下降了。對(duì)于這53個(gè)屬的物種，采用MEGAN比對(duì)堿基的數(shù)目(如圖4)能夠更清晰地體現(xiàn)這種不同處理方法地變化。其中有27個(gè)屬的物種(52.8%)在用酶處理后比對(duì)堿基數(shù)百分比是上升的，有14個(gè)屬的物種(26.4%)下降了，其中有9個(gè)(17.0%)下降到檢測(cè)不到的水平。這說(shuō)明用酶處理樣本在提高一半多物種的堿基數(shù)百分比的同時(shí)，也降低了近1/4物種的比例。圖4 有酶組和無(wú)酶組處理樣本中物種(屬水平)豐度的比較箱圖

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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