發(fā)布時(shí)間：2021-01-04 16:30

　　第一部分小鼠睪丸熱激前后測序的差異miRNA分析及驗(yàn)證【目的】對小鼠睪丸熱激前后miRNA測序結(jié)果進(jìn)行生物信息學(xué)分析及驗(yàn)證,以發(fā)現(xiàn)在睪丸熱激致生精損傷的關(guān)鍵miRNA及重要途徑�！痉椒ā炕谡n題組之前測序結(jié)果,對得到的差異miRNAs（倍數(shù)≥2）進(jìn)行生物信息學(xué)分析,包括用miRanda軟件預(yù)測差異miRNAs靶基因,并對預(yù)測的靶基因進(jìn)行GO富集和KEGG通路分析。然后43℃水浴小鼠睪丸,獲取小鼠睪丸組織,分別提取熱激前后小鼠的睪丸組織的RNA,然后用莖環(huán)引物RT-qPCR法驗(yàn)證miRNA測序結(jié)果。【結(jié)果】總共預(yù)測到差異miRNA的5392個(gè)靶基因,通過GO分析發(fā)現(xiàn)它們富集于生物過程、細(xì)胞成分和分子功能,通過KEGG通路分析發(fā)現(xiàn)主要參與幾種途徑,包括核糖體通路,缺氧誘導(dǎo)因子1（HIF-1）信號通路、絲裂原活化蛋白激酶（MAPK）通路和氧化磷酸化等。通過對這些差異的miRNAs進(jìn)行莖環(huán)RT-qPCR發(fā)現(xiàn)7個(gè)下調(diào)的miRNAs與測序結(jié)果一致,而4個(gè)上調(diào)的miRNAs中,只有miR-21a-3p與測序結(jié)果一致�！窘Y(jié)論】由結(jié)果我們可以看出miR-449a-3p、miR-298-5p、miR-92... 

【文章來源】：華中科技大學(xué)湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：84 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

基因GO分析miRNA靶基因注：A，B和C分別代表富集的生物過程，細(xì)胞組分和分子功能（p<0.05）

19圖 1.2 miRNA 靶基因 KEGG 途徑分析注：KEGG 途徑分析主要參與以下幾種途徑，包括核糖體途徑，缺氧誘導(dǎo)因子 1（HIF-1）信號通路，絲裂原活化蛋白激酶（MAPK）和氧化磷酸化等（p<0.05）。二、測序差異 miRNA 驗(yàn)證使用莖環(huán)RT-qPCR在來自對照組和熱處理組的10只動物中驗(yàn)證所有11種差異表達(dá)的 miRNA。睪丸組織 11 種 miRNA 及 U6 基因 PCR 的擴(kuò)增曲線及融解曲線如圖 2.1及圖 2.2 所示。在短暫的陰囊熱處理后 6 小時(shí)，發(fā)現(xiàn)其中 7 種 miRNA 顯著下調(diào)（miR-449a-3p，miR-298-5p，miR-92a-1-5p，miR-423-5p，miR-423-3p，miR-128-3p，

華 中 科 技 大 學(xué) 碩 士 學(xué) 位 論 文miR-340-3p），發(fā)現(xiàn) 1 個(gè)顯著上調(diào)（miR-21a-3p），結(jié)果與我們的測序數(shù)據(jù)一致。然而，如圖 2.3 所示，在我們基于 qPCR 的驗(yàn)證中，未發(fā)現(xiàn) 11 個(gè)先前鑒定的 miRNA 中的 3 個(gè)（miR-98-5p，miR-3968 和 miR-201-3p）的表達(dá)水平顯著改變，與我們的測序數(shù)據(jù)不符。因此，僅選擇具有一致改變的表達(dá)水平的 miRNA 用于進(jìn)一步研究。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]lncRNA SNHG16在結(jié)直腸癌組織和細(xì)胞中表達(dá)及其調(diào)控結(jié)腸癌細(xì)胞中GPAM表達(dá)的機(jī)制[J]. 周云松,溫小輝,張琦,寇煒.  中國腫瘤生物治療雜志. 2019(01)
[2]miR-128-3p在宮頸癌中的表達(dá)及其發(fā)病機(jī)制[J]. 張華東,張顯峰,劉桂琴,閆曉歌.  臨床與病理雜志. 2018(07)



本文編號：2957065