嵌合RNA（chimeric RNA/fusion RNA）是由來自不同基因的外顯子片段組成的融合轉(zhuǎn)錄物。生物信息學(xué)分析技術(shù)和二代測序技術(shù)近年來迅速發(fā)展,它們具有精確度高、通量大等優(yōu)點(diǎn),被越來越廣泛地應(yīng)用到嵌合RNA的檢測中。不斷降低的成本更極大促進(jìn)了轉(zhuǎn)錄組中嵌合RNA的挖掘。隨著嵌合RNA的廣泛性檢出,其存在的量大大超出了人們之前的預(yù)想,成為轉(zhuǎn)錄組學(xué)的新熱點(diǎn)。嵌合RNA在癌癥診斷和治療中受到關(guān)注,一度被認(rèn)為是腫瘤獨(dú)有的現(xiàn)象。近兩年來,越來越多的嵌合RNA被發(fā)現(xiàn)大量存在于非癌組織和細(xì)胞中,其中一些也可能在正常生理中起重要作用。從更多的正常組織中挖掘嵌合RNA,將有助于我們?nèi)胬斫饣蚪M的構(gòu)成和功能。人臍帶間充質(zhì)干細(xì)胞（human umbilical cord mesenchymal stem cells,hUC-MSCs）是來源于人體臍帶沃頓膠組織中的多能干細(xì)胞,因其具有易于分離培養(yǎng)、高度自我更新能力和多向分化潛能等特點(diǎn),被作為新型的細(xì)胞移植和組織工程的種子細(xì)胞,越來越多地應(yīng)用于再生醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域。但體內(nèi)研究發(fā)現(xiàn)移植的MSCs只有很小一部分可分化為神經(jīng)元細(xì)胞,因此在移植之前需要首先提高M(jìn)... 

【文章來源】：鄭州大學(xué)河南省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：111 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

基因間轉(zhuǎn)錄本PCR實(shí)驗(yàn)示意圖

圖 1.3 嬰幼兒腦組織中嵌合 RNA 的挖掘。A 圖：Circos plot 展示嵌合 RNA 及其基因組定位。圖中外圈表示染色體的編號，線段表示發(fā)生融合的 2 個基因的基因組定位。B 圖：每條染色體上嵌合 RNA 數(shù)量與基因總數(shù)數(shù)量的相關(guān)性。Fig1.3 Identification of chimeric RNAs in infant brain tissue.A:Chimeric RNAs were shown by aCircos plot. The fused genes are illustrated here as a line that connects two parental genes.B:Thedensity of genes participating in fusion formation correlates to the overall gene density onindividual chromosomes.我們根據(jù)其母基因的染色體位置對嵌合 RNA 進(jìn)行分類[9]：INTERCHR，INTRACHR-SS-0GAP，INTRACHR-OTHER。本研究中三種類型的嵌合 RNA 比例分別為 46%，51%，3%（圖 1.4A）。其中 INTRACHR-SS-0GAP 類型的嵌合RNA 比例最高。后續(xù)研究我們也將重點(diǎn)關(guān)注此類嵌合 RNA。為探索嵌合 RNA的形成機(jī)制，我們將相對于母基因外顯子的連接位置把嵌合RNA劃分為：E / E，E / M 或 M / E，M / M，如圖 1.4B 所示。本研究中三種類型的比例分別 36%，21%，43%（圖 1.4C）。根據(jù)蛋白質(zhì)編碼潛力進(jìn)行分類為：in frame-shift，frame-shift，both，NA。本研究中四種類型的比例分別 15 %，21%，1%，63%（圖 1.4D）。

圖 1.4 嬰幼兒腦組織中嵌合 RNA 分類。A 圖：根據(jù)其母基因的染色體位置進(jìn)行分類。INTERCHR：兩個母基因位于不同染色體上的；INTRACHR-SS-0GAP：兩個母基因?yàn)橄嗤D(zhuǎn)錄方向的相鄰基因；INTRACHR-OTHER：兩個母基因在同一染色體的非相鄰基因。B 圖：相對于母基因外顯子的連接位置的劃分標(biāo)準(zhǔn)。C 圖：根據(jù)相對于母基因外顯子的連接位置進(jìn)行分類。E / E：兩側(cè)為已知外顯子末端；E / M 或 M / E：一側(cè)為外顯子末端，另一側(cè)不是；M / M：雙側(cè)均位于外顯子中間。D 圖：根據(jù)蛋白質(zhì)編碼潛力進(jìn)行分類。in frame-shift：嵌合 RNA 的編碼序列與兩個母基因開放閱讀框匹配；frame-shift：嵌合 RNA 下游母基因的開放閱讀框不同于上游母基因；NA：融合位點(diǎn)不在任何一個母基因的開放閱讀框中，或者一個或兩個母基因是非編碼的基因；both：兩種可能類型，即 in frame-shift 或者 frame-shift。Fig1.4 Categories of chimeric RNAs in infant brain tissue.A: Distribution of chimeric RNAsaccording to the chromosomal location of the parental genes. INTERCHR:fusions involvingparental genes located on different chromosomes; INTRACHR-SS-0GAP: fusions involvingneighboring genes transcribing the same strand; and INTRACHR-OTHER: other fusions withparental genes on the same chromosome.B: Determining criterion of the different junctionposition relative to the exon of the parental genes.C:Distribution of chimeric RNAs according tothe junction position relative to the parental exons.E/E: both 5’and 3’using known exonboundaries; E/MorM/E: one side using known exon boundary, the other not;M/M: both sides fallinto the middle of known ex

【參考文獻(xiàn)】：
博士論文
[1]人多能干細(xì)胞定向分化為腹側(cè)神經(jīng)前體細(xì)胞和相應(yīng)神經(jīng)元亞型的研究[D]. 遲連凱.鄭州大學(xué) 2016
[2]豬嵌合mRNA的鑒定、形成機(jī)制及功能研究[D]. 馬磊.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2014



本文編號：2913244