背景在后全基因組關(guān)聯(lián)研究（Genome-Wide Association Study,GWAS）時(shí)代,揭示稀有/低頻變異的影響以及廣泛存在的基因間非線性交互是解決“遺傳缺失”問(wèn)題的重要途徑,然而利用高維低頻變異數(shù)據(jù)挖掘基因交互作用在統(tǒng)計(jì)功效、維度困擾及生物學(xué)解釋上仍然是重大挑戰(zhàn)。基于通路分析選擇變量的方法是解決維度困擾、提高效能以及獲得更優(yōu)生物學(xué)解釋的重要途徑。在統(tǒng)計(jì)方法上,隨機(jī)森林方法是目前常用的關(guān)聯(lián)位點(diǎn)篩選方法,可在一定程度上發(fā)現(xiàn)位點(diǎn)間的非線性交互作用。還有學(xué)者提出在GWAS研究篩選位點(diǎn)的BGTA（Backward Genotype-Trait Association）算法,利用GTD（genotype-trait distortion）得分可檢測(cè)無(wú)/弱主效應(yīng)位點(diǎn)間的交互作用。本研究基于通路分析的策略,運(yùn)用兩階段的BGTA算法,分別從SNP（Single Nucleotide Polymorphism）水平和基因水平上探索全基因組關(guān)聯(lián)研究中的遺傳交互作用,構(gòu)建可視化遺傳交互網(wǎng)絡(luò),并與隨機(jī)森林方法結(jié)果比較。為識(shí)別無(wú)主效應(yīng)交互作用提供有效的統(tǒng)計(jì)分析策略,為進(jìn)一步探索疾病相關(guān)通路的生物學(xué)... 

【文章來(lái)源】：廣東藥科大學(xué)廣東省

【文章頁(yè)數(shù)】：80 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 前言
    1.1 檢測(cè)交互作用的遺傳關(guān)聯(lián)分析策略
    1.2 基于BGTA算法的遺傳交互網(wǎng)絡(luò)方法
    1.3 本文的主要內(nèi)容和研究意義
第二章 方法原理
    2.1 反向遺傳關(guān)聯(lián)算法（BGTA）
        2.1.1 BGTA算法基本原理
        2.1.2 基于隨機(jī)子集的BGTA篩選
        2.1.3 重復(fù)次數(shù)B與隨機(jī)子集k
    2.2 基于GTD得分的基因交互網(wǎng)絡(luò)方法
        2.2.1 整合基因交互信息
        2.2.2 統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)
    2.3 基于隨機(jī)森林的交互作用篩選方法
第三章 研究數(shù)據(jù)及研究方案
    3.1 本研究數(shù)據(jù)
        3.1.1 GAW19 數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介
        3.1.2 KEGG簡(jiǎn)介
        3.1.3 青少年腹型肥胖的遺傳關(guān)聯(lián)研究數(shù)據(jù)
    3.2 GAW19 數(shù)據(jù)預(yù)處理
        3.2.1 高血壓關(guān)聯(lián)通路的選擇
        3.2.2 候選SNP的確定
    3.3 研究方案
        3.3.1 基于高血壓關(guān)聯(lián)通路的遺傳交互網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建策略
        3.3.2 青少年腹型肥胖的遺傳關(guān)聯(lián)研究
    3.4 統(tǒng)計(jì)分析軟件
第四章 結(jié)果
    4.1 兩階段BGTA算法構(gòu)建SNP水平遺傳交互網(wǎng)絡(luò)
        4.1.1 第一階段SNP篩選
        4.1.2 第二階段交互作用分析
        4.1.3 logistic驗(yàn)證結(jié)果
    4.2 基于RASS的隨機(jī)森林交互作用分析
        4.2.1 隨機(jī)森林位點(diǎn)篩選
        4.2.2 決策樹(shù)分析交互作用
        4.2.3 logistic驗(yàn)證結(jié)果
        4.2.4 BGTA算法與隨機(jī)森林的交互作用結(jié)果比較
    4.3 基因水平上的基因交互網(wǎng)絡(luò)
    4.4 LNCRNA HOTAIR調(diào)控通路與青少年腹型肥胖的遺傳關(guān)聯(lián)研究
第五章 討論
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
綜述
    參考文獻(xiàn)
附錄
攻讀碩士期間發(fā)表論文
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Dnmt1通過(guò)Cdkn1a甲基化調(diào)控脂肪分化的過(guò)程（英文）[J]. 楊益,易凡,張沛,李華,杜權(quán).  Journal of Chinese Pharmaceutical Sciences. 2017(07)
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碩士論文
[1]LncRNA HOTAIR調(diào)控通路遺傳變異與腹型肥胖和脂肪分布的關(guān)聯(lián)研究[D]. 鄧煜盛.廣東藥科大學(xué) 2018
[2]肥胖指標(biāo)及血壓身高比對(duì)城市學(xué)齡兒童高血壓的預(yù)測(cè)作用研究[D]. 薛建.山東大學(xué) 2014



本文編號(hào)：2905135