目的:應用生物信息學方法分析幽門螺桿菌(Hp)毒力島基因和空泡毒素基因在伴放線放線桿菌(Aa)中的存在及序列的變化。方法:用ncbi genbank數(shù)據(jù)庫、蛋白同源性比對(blastP和tblastn)、極大似然法構(gòu)建進化樹和計算序列多態(tài)性研究Aa中是否含有Hp的毒力島基因及空泡毒素基因,分析其相應的序列變異特征。結(jié)果:在Aa菌株中含有4個Hp毒力島基因的同源基因,cagE、cagX、cagY和cagBeta。與其他種屬菌株相比,Aa的cagE與Hp有較近的親緣關(guān)系,且Aa菌株含有cagE基因的比列較高;基因多態(tài)性分析發(fā)現(xiàn),cagE在兩個物種中均有較低的Tajima's D值(負值),兩者的Pi值存在明顯差異(P0.01)。結(jié)論:Aa中含有Hp的部分毒力島基因,其中cagE在兩個物種中有較近的親緣關(guān)系,且受到了負向選擇的作用。
【部分圖文】：

表1 Aa中Hp毒力相關(guān)基因的同源性分析Tab 1 Homology analysis of Hp virulence related genes in Aa 基因名 蛋白名 蛋白長度 E值 基因名 蛋白名 蛋白長度 E值 cag1 CagZeta 115 NA cag16 CagM 376 NA cag3 Cag3 481 NA cag17 CagN 306 NA cag4 Cag4 169 NA cag18 CagL 237 NA cag5 CagBeta 748 1.00E-81 cag19 CagI 381 NA cag6 CagZ 199 NA cag20 CagH 370 NA cag7 CagY 1927 2.00E-27 cag21 CagG 142 NA cag8 CagX 522 6.00E-18 cag22 CagF 268 NA cag9 CagW 535 NA cag23 CagE 983 4.00E-87 cag10 CagV 252 NA cag24 CagD 207 NA cag11 CagU 218 NA cag25 CagC 115 NA cag12 CagT 280 NA cagB CagB 75 NA cag13 CagS 196 NA cag26 CagA 1186 NA cag14 CagQ 126 NA vacA VacA 1290 NA cag15 CagP 114 NA - - - - 注:blastP比對后得到的E值,E值越小表示在Aa中無對應蛋白的可能性越大; NA: 表示blastP比對后在Aa中未發(fā)現(xiàn)對應的蛋白圖2 Aa和Hp的CagE蛋白結(jié)構(gòu)域分析

Aa和Hp的CagE蛋白結(jié)構(gòu)域分析

從ncbi中下載含有完整基因組的44 個Hp菌株和8 個Aa菌株,tblastn檢驗結(jié)果發(fā)現(xiàn),所有Hp菌株中均含有cagE基因,而且在8 個Aa菌株中有4 個菌株含有cagE基因,兩者均顯著高于Genbank中其他菌株的比例(15%)(P<0.05)(圖4)。由此可見,與其他非Hp相比,cagE基因普遍存在于Aa菌株中。圖4 不同種細菌菌株中cagE的比例分析
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