目的利用iBAQ(intensity-based absolute-protein-quantification)非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析鑒定生物被膜形成能力不同的鮑曼不動桿菌株蛋白質(zhì)組學(xué)差異。方法 64株臨床分離的鮑曼不動桿菌株按生物被膜形成能力不同分為強組和弱組,收集兩組菌株蛋白質(zhì)樣本進行FASP(filter-aided sample preparation)酶解,酶解產(chǎn)物進行LC-MS/MS質(zhì)譜分析。使用Maxquant軟件對LC-MS/MS原始文件進行查庫以及iBAQ非標(biāo)定量分析。Maxquant軟件查庫文件使用Perseus軟件分析,通過GO(Gene Ontology)數(shù)據(jù)庫對鑒定出的差異蛋白及特異蛋白從生物學(xué)過程、細胞成分和分子功能3方面進行功能注釋,通過KAAS(KEGG automatic annotation server)分析差異蛋白涉及的代謝通路。結(jié)果實驗通過LC-MS/MS分析共鑒定到1 120個肽段,457個蛋白質(zhì),其中13個蛋白質(zhì)的表達在生物被膜形成能力強組和弱組間差異具有統(tǒng)計學(xué)意義,其中7個蛋白質(zhì)在弱組顯著性低表達,6個在強組顯著性低表達。另外,還鑒定出在生物被膜形成能力弱組(7個)和強組(5個)特異性表達的蛋白質(zhì),并對其參與的細胞過程及信號通路進行了分析。結(jié)論基于iBAQ的非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法鑒定出多種與生物被膜形成能力相關(guān)的蛋白質(zhì),可為分析生物被膜形成的原因、機制及治療提供參考。
【部分圖文】：

對培養(yǎng)至第5天的64株鮑曼不動桿菌生物被膜形成能力重復(fù)進行3次半定量測定,其中生物被膜形成能力陰性11株,占總數(shù)的17.19%;生物被膜形成能力陽性53株,占總數(shù)的82.81%,其中18株(33.96%)生物被膜形成能力較強,35株(66.04%)生物被膜形成能力較弱。分別收集兩組樣本:生物被膜形成能力強者組(3株菌)和弱者組(3株菌)。菌株擴增培養(yǎng)后收集總蛋白,進行SDS-PAGE。兩組樣品條帶較為均一,蛋白提取效果良好(圖1)。2.2 蛋白質(zhì)鑒定及定量結(jié)果

表4 生物被膜形成能力強組中特異性表達蛋白及其參與信號通路Tab.4 A list of the specially expressed proteins and involved KEGG pathways in the strong biofilm-forming group 蛋白質(zhì) KEGG信號通路 isocitrate lyase Glyoxylate and dicarboxylate metabolism; Nicotinate and nicotinamide metabolism; Propanoate metabolism Polyribonucleotidenucleotidyl transferase decarboxylase Pyrimidine metabolism; Purine metabolism G protein-coupled receptor 34 Thiamine metabolism; Purine metabolism Lysine 6-aminotransferase Esterase/lipase Drug metabolism - other enzymes圖3 特異性表達蛋白質(zhì)的GO注釋結(jié)果

特異性表達蛋白質(zhì)的GO注釋結(jié)果
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本文編號：2878595