【摘要】：目的:于分子層面分析探究EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)相關(guān)的伯基特淋巴瘤(Burkitt lymphoma,BL)的差異表達基因(DEGs),明確EBV陽性BL細胞系中鈣黏蛋白1(Calcium mucin 1,CDH1),泛素結(jié)合酶(Ubiquitin binding Enzyme,UBE2N),前mRNA加工因子(pre-mRNA processing factor 19,PRPF19)的表達情況,分析差異表達基因產(chǎn)生的原因以及EBV潛伏基因?qū)Σ町惢蜣D(zhuǎn)錄表達的影響,探討在EBV相關(guān)BL發(fā)生發(fā)展中EBV和差異基因的相互作用,為闡明生物信息學(xué)在深入探討B(tài)L發(fā)生中的意義提供理論和實驗依據(jù)。方法:(1)自美國國立生物技術(shù)信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)獲取EBV陽性及陰性BL細胞系相關(guān)基因芯片數(shù)據(jù)集GSE100458,采用morpheus軟件篩選差異表達的基因,分別把上調(diào)與下調(diào)的基因輸入名為DAVID的數(shù)據(jù)庫(Database for Annotation,VisualizationandIntegrated Discovery,DAVID,https://david.ncifcrf.gov),并進行GO(http://www.geneontology.org)分析;進一步采用cytoscape軟件篩選出10個TOP基因。(2)采用實時熒光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qRT-PCR)檢測EBV陽性BL細胞系Raji、Daudi和EBV陰性淋巴瘤細胞系Ramos中篩選出TOP基因的轉(zhuǎn)錄表達。(3)基于焦亞硫酸氫鹽修飾的基因組測序法(Bisulfite genomic sequencing,BGS)用于檢測EBV陽性BL細胞系及EBV陰性BL細胞系中PRPF19基因啟動子區(qū)甲基化情況。(4)采用t檢驗進行統(tǒng)計學(xué)分析。結(jié)果:(1)GO分析200個上調(diào)基因和200個下調(diào)基因,上調(diào)基因主要集中在細胞外間隙通路、肝素結(jié)合通路和生長因子活性通路;下調(diào)基因主要集中在逆行性小囊泡運輸通路、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜通路和伽馬微管蛋白結(jié)合通路。將差異表達基因進行實時蛋白質(zhì)相互作用分析后,篩選出PRPF19等10個核心基因。(2)qRT-PCR驗證結(jié)果顯示,在EBV陽性細胞系和陰性BL細胞系組間,PRPF19等7個基因轉(zhuǎn)錄表達有顯著性差異,乙酰輔酶A羧化酶beta(acetyl-CoA carboxylase beta,ACACB)等3個基因無顯著性差異。(3)對PRPF19和UBE2N基因啟動子區(qū)甲基化情況進行檢測,BGS測序結(jié)果顯示EBV陽性BL細胞系和EBV陰性BL細胞系中PRPF19及UBE2N基因啟動子區(qū)均未發(fā)生甲基化。(4)選取其中UBE2N、CDH1、PRPF19基因進行蛋白水平驗證,Western blotting結(jié)果顯示EBV陽性和陰性BL淋巴瘤細胞系中UBE2N差異表達(t=18.56,P=0.0029),PRPF19表達水平均較高,無統(tǒng)計學(xué)差異(t=0.5369,P=0.6286),CDH1基本不表達。結(jié)論:(1)EBV陽性BL細胞系中PRPF19,UBE2N的轉(zhuǎn)錄水平明顯低于EBV陰性BL細胞系,EBV陽性BL細胞系中CDH1的轉(zhuǎn)錄水平明顯高于EBV陰性BL細胞系,提示EBV感染可調(diào)控差異基因的轉(zhuǎn)錄水平。(2)EBV陽性BL和EBV陰性BL細胞系中PRPF19,UBE2N啟動子區(qū)甲基化狀態(tài)未發(fā)生改變,提示EBV陽性BL中差異基因轉(zhuǎn)錄水平下調(diào)不是由啟動子區(qū)甲基化引起。(3)BL陽性組織與BL陰性組織中UBE2N蛋白的陽性率有明顯差異,BL陽性組織與BL陰性組織中PRPF19蛋白的陽性率無明顯差異,可能與本次研究的BL樣本較少有關(guān),或許在BL組織中差異基因表達可能還存在其他更加復(fù)雜的調(diào)控途徑。(4)EBV感染可導(dǎo)致宿主細胞基因表達譜的改變,生物信息學(xué)分析法可初步篩選出差異表達基因和相互作用的蛋白,為進一步深入研究提供有價值的信息和思路。
【學(xué)位授予單位】：青島大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號】：R373
【圖文】：

圖 1. 差異基因表達聚類分析al gene expression clustering analysis. Blue for low expressio

上調(diào)基因GO分析

圖 3. 下調(diào)基因 GO 分析Figure 3 Downgrade gene GO analysis為 GOTERM_MP DIRECT(分子功能)，紅色條帶為 GOTERM_CC DIRE為 GOTERM_BP DIRECT(生物過程)。

【相似文獻】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 林敬連,向彬;伯基特淋巴瘤1例[J];大連大學(xué)學(xué)報;2000年02期

2 許進秀,李宗憲,夏如寧,趙世葉;伯基特淋巴瘤一例[J];河南腫瘤學(xué)雜志;2000年04期

3 陳文磊，張杰英，王靜，吳文新;伯基特淋巴瘤（附8例報告）[J];河北醫(yī)學(xué)院學(xué)報;1995年02期

4 王淑真;伯基特淋巴瘤五例臨床病理分析[J];實用癌癥雜志;1991年02期

5 劉淑真;宋曉紅;翁瑞治;董端琴;朱霞;;我國伯基特淋巴瘤2例[J];中國腫瘤臨床;1987年03期

6 申文江;;中樞神經(jīng)系統(tǒng)伯基特淋巴瘤的放射治療[J];國外醫(yī)學(xué)(臨床放射學(xué)分冊);1979年01期

7 ;伯基特淋巴瘤的遺傳學(xué)和漸成學(xué)改變的作用[J];中華醫(yī)學(xué)信息導(dǎo)報;2002年20期

8 徐承東;黃國權(quán);汪建文;;青少年闌尾原發(fā)巨大腫塊型伯基特淋巴瘤1例[J];安徽醫(yī)學(xué);2018年12期

9 滿杰;翟曉文;;兒童伯基特淋巴瘤預(yù)后因素的研究進展[J];中國小兒血液與腫瘤雜志;2019年01期

10 朱國民;吳建鋒;;伯基特淋巴瘤1例報告[J];吉林醫(yī)學(xué);2010年15期

相關(guān)會議論文 前10條

1 楊文萍;黃慧;宮麗平;吳艷;徐紅艷;鄒音;呂蓓蓓;鐘華生;鄧慶強;肖強;曾松濤;朱才娣;;兒童散發(fā)性伯基特淋巴瘤的分子遺傳學(xué)特征分析[A];中華醫(yī)學(xué)會病理學(xué)分會2010年學(xué)術(shù)年會日程及論文匯編[C];2010年

2 孫曉非;劉冬耕;甄子俊;夏奕;向曉娟;夏忠軍;黃慧強;凌家瑜;羅文標(biāo);鄭磊;林慧;姜文奇;何友兼;管忠震;;兒童青少年淋巴母細胞淋巴瘤和伯基特淋巴瘤的治療[A];第十次全國淋巴瘤學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2007年

3 孫曉非;劉冬耕;甄子俊;夏奕;向曉娟;凌家瑜;羅文標(biāo);鄭磊;林慧;何友兼;管忠震;;短療程高強度化療明顯改善兒童青少年伯基特淋巴瘤的生存率[A];第十次全國淋巴瘤學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2007年

4 林慧;孫曉非;甄子俊;夏奕;向曉娟;凌家瑜;劉冬耕;夏忠軍;黃慧強;羅文標(biāo);鄭磊;管忠震;;31例兒童青少年伯基特淋巴瘤臨床特點分析[A];中國抗癌協(xié)會第七屆全國小兒腫瘤學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2007年

5 徐紅艷;楊文萍;;兒童散發(fā)性伯基特淋巴瘤的研究進展[A];中華醫(yī)學(xué)會第十七次全國兒科學(xué)術(shù)大會論文匯編（下冊）[C];2012年

6 林慧;孫曉非;甄子俊;夏奕;凌家瑜;劉冬耕;夏忠軍;黃慧強;羅文標(biāo);鄭磊;林桐榆;;44例Burkitt淋巴瘤臨床分析[A];第十次全國淋巴瘤學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2007年

7 童向民;張學(xué)武;姚航平;童茵;范劍;金潔;;RON基因在淋巴瘤中的表達及意義[A];2012年浙江省血液病學(xué)年會論文集[C];2012年

8 羅文標(biāo);孫曉非;張昌卿;夏奕;甄子俊;王智輝;林慧;鄭磊;;兒童青少年NHL和ALL患者治療前后血清VEGF水平與臨床療效關(guān)系探討[A];中國抗癌協(xié)會第七屆全國小兒腫瘤學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2007年

9 張明智;;侵襲性非霍奇金淋巴瘤規(guī)范化治療[A];第十次全國淋巴瘤學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2007年

10 童向民;張學(xué)武;姚航平;童茵;范劍;金潔;;RON介導(dǎo)Raji細胞相關(guān)通路癌性信號分子活化以及單抗ZT/F2(2F2)的拮抗作用[A];2012年浙江省血液病學(xué)年會論文集[C];2012年

相關(guān)重要報紙文章 前1條

1 附二醫(yī)血液腫瘤科 姚榮欣;化療,對癥選擇[N];溫州日報;2006年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前7條

1 鄭雨薇;EB病毒相關(guān)伯基特淋巴瘤差異基因表達分析初探[D];青島大學(xué);2019年

2 孫佩佩;TSA對伯基特淋巴瘤細胞生物學(xué)活性的影響及機制研究[D];南方醫(yī)科大學(xué);2018年

3 劉學(xué)潮;雷帕霉素下調(diào)基質(zhì)金屬蛋白酶表達抑制伯基特淋巴瘤細胞轉(zhuǎn)移的作用和機制研究[D];承德醫(yī)學(xué)院;2018年

4 魏潔;伯基特淋巴瘤中JAK2磷酸化TOPK的作用機制及中國人熱點基因突變的研究[D];第四軍醫(yī)大學(xué);2017年

5 黃慧;兒童散發(fā)性伯基特淋巴瘤的分子遺傳學(xué)特征分析[D];南昌大學(xué);2011年

6 張明增;組蛋白去乙�；敢种苿┞�(lián)合蛋白酶體抑制劑對伯基特淋巴瘤細胞株Raji生長調(diào)控的研究[D];河北醫(yī)科大學(xué);2013年

7 周蕾;CpG ODN對肺癌和淋巴瘤細胞的作用研究[D];吉林大學(xué);2009年

本文編號：2761051