發(fā)布時(shí)間：2020-07-18 15:05

【摘要】：目的:于分子層面分析探究EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)相關(guān)的伯基特淋巴瘤(Burkitt lymphoma,BL)的差異表達(dá)基因(DEGs),明確EBV陽(yáng)性BL細(xì)胞系中鈣黏蛋白1(Calcium mucin 1,CDH1),泛素結(jié)合酶(Ubiquitin binding Enzyme,UBE2N),前mRNA加工因子(pre-mRNA processing factor 19,PRPF19)的表達(dá)情況,分析差異表達(dá)基因產(chǎn)生的原因以及EBV潛伏基因?qū)Σ町惢蜣D(zhuǎn)錄表達(dá)的影響,探討在EBV相關(guān)BL發(fā)生發(fā)展中EBV和差異基因的相互作用,為闡明生物信息學(xué)在深入探討B(tài)L發(fā)生中的意義提供理論和實(shí)驗(yàn)依據(jù)。方法:(1)自美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)獲取EBV陽(yáng)性及陰性BL細(xì)胞系相關(guān)基因芯片數(shù)據(jù)集GSE100458,采用morpheus軟件篩選差異表達(dá)的基因,分別把上調(diào)與下調(diào)的基因輸入名為DAVID的數(shù)據(jù)庫(kù)(Database for Annotation,VisualizationandIntegrated Discovery,DAVID,https://david.ncifcrf.gov),并進(jìn)行GO(http://www.geneontology.org)分析;進(jìn)一步采用cytoscape軟件篩選出10個(gè)TOP基因。(2)采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qRT-PCR)檢測(cè)EBV陽(yáng)性BL細(xì)胞系Raji、Daudi和EBV陰性淋巴瘤細(xì)胞系Ramos中篩選出TOP基因的轉(zhuǎn)錄表達(dá)。(3)基于焦亞硫酸氫鹽修飾的基因組測(cè)序法(Bisulfite genomic sequencing,BGS)用于檢測(cè)EBV陽(yáng)性BL細(xì)胞系及EBV陰性BL細(xì)胞系中PRPF19基因啟動(dòng)子區(qū)甲基化情況。(4)采用t檢驗(yàn)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。結(jié)果:(1)GO分析200個(gè)上調(diào)基因和200個(gè)下調(diào)基因,上調(diào)基因主要集中在細(xì)胞外間隙通路、肝素結(jié)合通路和生長(zhǎng)因子活性通路;下調(diào)基因主要集中在逆行性小囊泡運(yùn)輸通路、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜通路和伽馬微管蛋白結(jié)合通路。將差異表達(dá)基因進(jìn)行實(shí)時(shí)蛋白質(zhì)相互作用分析后,篩選出PRPF19等10個(gè)核心基因。(2)qRT-PCR驗(yàn)證結(jié)果顯示,在EBV陽(yáng)性細(xì)胞系和陰性BL細(xì)胞系組間,PRPF19等7個(gè)基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)有顯著性差異,乙酰輔酶A羧化酶beta(acetyl-CoA carboxylase beta,ACACB)等3個(gè)基因無(wú)顯著性差異。(3)對(duì)PRPF19和UBE2N基因啟動(dòng)子區(qū)甲基化情況進(jìn)行檢測(cè),BGS測(cè)序結(jié)果顯示EBV陽(yáng)性BL細(xì)胞系和EBV陰性BL細(xì)胞系中PRPF19及UBE2N基因啟動(dòng)子區(qū)均未發(fā)生甲基化。(4)選取其中UBE2N、CDH1、PRPF19基因進(jìn)行蛋白水平驗(yàn)證,Western blotting結(jié)果顯示EBV陽(yáng)性和陰性BL淋巴瘤細(xì)胞系中UBE2N差異表達(dá)(t=18.56,P=0.0029),PRPF19表達(dá)水平均較高,無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(t=0.5369,P=0.6286),CDH1基本不表達(dá)。結(jié)論:(1)EBV陽(yáng)性BL細(xì)胞系中PRPF19,UBE2N的轉(zhuǎn)錄水平明顯低于EBV陰性BL細(xì)胞系,EBV陽(yáng)性BL細(xì)胞系中CDH1的轉(zhuǎn)錄水平明顯高于EBV陰性BL細(xì)胞系,提示EBV感染可調(diào)控差異基因的轉(zhuǎn)錄水平。(2)EBV陽(yáng)性BL和EBV陰性BL細(xì)胞系中PRPF19,UBE2N啟動(dòng)子區(qū)甲基化狀態(tài)未發(fā)生改變,提示EBV陽(yáng)性BL中差異基因轉(zhuǎn)錄水平下調(diào)不是由啟動(dòng)子區(qū)甲基化引起。(3)BL陽(yáng)性組織與BL陰性組織中UBE2N蛋白的陽(yáng)性率有明顯差異,BL陽(yáng)性組織與BL陰性組織中PRPF19蛋白的陽(yáng)性率無(wú)明顯差異,可能與本次研究的BL樣本較少有關(guān),或許在BL組織中差異基因表達(dá)可能還存在其他更加復(fù)雜的調(diào)控途徑。(4)EBV感染可導(dǎo)致宿主細(xì)胞基因表達(dá)譜的改變,生物信息學(xué)分析法可初步篩選出差異表達(dá)基因和相互作用的蛋白,為進(jìn)一步深入研究提供有價(jià)值的信息和思路。
【學(xué)位授予單位】：青島大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：R373
【圖文】：

圖 1. 差異基因表達(dá)聚類分析al gene expression clustering analysis. Blue for low expressio

上調(diào)基因GO分析

圖 3. 下調(diào)基因 GO 分析Figure 3 Downgrade gene GO analysis為 GOTERM_MP DIRECT(分子功能)，紅色條帶為 GOTERM_CC DIRE為 GOTERM_BP DIRECT(生物過(guò)程)。

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3 陳文磊，張杰英，王靜，吳文新;伯基特淋巴瘤（附8例報(bào)告）[J];河北醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào);1995年02期

4 王淑真;伯基特淋巴瘤五例臨床病理分析[J];實(shí)用癌癥雜志;1991年02期

5 劉淑真;宋曉紅;翁瑞治;董端琴;朱霞;;我國(guó)伯基特淋巴瘤2例[J];中國(guó)腫瘤臨床;1987年03期

6 申文江;;中樞神經(jīng)系統(tǒng)伯基特淋巴瘤的放射治療[J];國(guó)外醫(yī)學(xué)(臨床放射學(xué)分冊(cè));1979年01期

7 ;伯基特淋巴瘤的遺傳學(xué)和漸成學(xué)改變的作用[J];中華醫(yī)學(xué)信息導(dǎo)報(bào);2002年20期

8 徐承東;黃國(guó)權(quán);汪建文;;青少年闌尾原發(fā)巨大腫塊型伯基特淋巴瘤1例[J];安徽醫(yī)學(xué);2018年12期

9 滿杰;翟曉文;;兒童伯基特淋巴瘤預(yù)后因素的研究進(jìn)展[J];中國(guó)小兒血液與腫瘤雜志;2019年01期

10 朱國(guó)民;吳建鋒;;伯基特淋巴瘤1例報(bào)告[J];吉林醫(yī)學(xué);2010年15期

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3 孫曉非;劉冬耕;甄子俊;夏奕;向曉娟;凌家瑜;羅文標(biāo);鄭磊;林慧;何友兼;管忠震;;短療程高強(qiáng)度化療明顯改善兒童青少年伯基特淋巴瘤的生存率[A];第十次全國(guó)淋巴瘤學(xué)術(shù)會(huì)議論文匯編[C];2007年

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5 徐紅艷;楊文萍;;兒童散發(fā)性伯基特淋巴瘤的研究進(jìn)展[A];中華醫(yī)學(xué)會(huì)第十七次全國(guó)兒科學(xué)術(shù)大會(huì)論文匯編（下冊(cè)）[C];2012年

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9 張明智;;侵襲性非霍奇金淋巴瘤規(guī)范化治療[A];第十次全國(guó)淋巴瘤學(xué)術(shù)會(huì)議論文匯編[C];2007年

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4 魏潔;伯基特淋巴瘤中JAK2磷酸化TOPK的作用機(jī)制及中國(guó)人熱點(diǎn)基因突變的研究[D];第四軍醫(yī)大學(xué);2017年

5 黃慧;兒童散發(fā)性伯基特淋巴瘤的分子遺傳學(xué)特征分析[D];南昌大學(xué);2011年

6 張明增;組蛋白去乙�；敢种苿┞�(lián)合蛋白酶體抑制劑對(duì)伯基特淋巴瘤細(xì)胞株Raji生長(zhǎng)調(diào)控的研究[D];河北醫(yī)科大學(xué);2013年

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本文編號(hào)：2761051