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一種基于新型再測序芯片的不明原因呼吸道感染樣品檢測方法的建立

發(fā)布時間:2019-12-03 23:17
【摘要】:再測序芯片(Resequencing Pathogen Microarray,RPM)是一種新的基于微陣列DNA芯片的病原體檢測與鑒定技術(shù)。為了將RPM應(yīng)用于不明原因呼吸道感染的檢測,提高應(yīng)對傳染病暴發(fā)的能力,本研究建立了基于一種新型RPM的呼吸道多病原檢測方法。該方法可以同時檢測19種常見呼吸道病毒、9種甲型流感(Flu A)和11種鼻病毒(HRV)、28種腸病毒、18種少見呼吸道病毒。選取已驗(yàn)證的16種常見呼吸道病毒感染陽性的樣本評價RPM的特異性,用克隆質(zhì);蝮w外轉(zhuǎn)錄的RNA梯度稀釋液來檢驗(yàn)RPM的靈敏度,在10~103拷貝/反應(yīng)水平時RPM仍能檢測和分辨出相近的病毒亞型。將8份不明原因的咽拭子樣品提取的核酸合并,用新建立的方法進(jìn)行檢測,根據(jù)RPM結(jié)果再以普通PCR加測序作為驗(yàn)證,同時和Abbott公司的質(zhì)譜測序(PLEX-ID)結(jié)果進(jìn)行比較,除RPM檢出假陽性PIV1外,三者的其余檢測結(jié)果一致。結(jié)果表明,這種基于新型RPM的方法具有高靈敏度、高通量的優(yōu)點(diǎn),對應(yīng)對新發(fā)和突發(fā)傳染病具有重要意義。

【參考文獻(xiàn)】

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