microRNA工作網(wǎng)絡(luò)在巨噬細胞分化與功能中作用的研究
本文選題:microRNA 切入點:巨噬細胞 出處:《吉林大學》2017年博士論文 論文類型:學位論文
【摘要】:micro RNA(mi RNA)是一種由21-25個堿基組成的非編碼單鏈核苷酸序列,通過特異性結(jié)合m RNA從而抑制其翻譯過程。mi RNA通過調(diào)控蛋白質(zhì)的合成從而參與調(diào)控幾乎所有的細胞代謝,甚至很多疾病的發(fā)生也與mi RNA有密切關(guān)系。目前mi RNA的臨床應(yīng)用也在逐漸被開發(fā),之前的研究表明,mi RNA檢測在疾病的診斷、治療和預(yù)后判斷上具有重要價值。如,mi R-21在惡性腫瘤中普遍升高,對腫瘤具有較高的診斷和判斷預(yù)后作用;mi R-155在B細胞淋巴瘤中明顯上升,mi R-155基因位點的突變可做為B細胞淋巴瘤的檢測指標;抑制活體內(nèi)mi R-126水平可明顯減輕哮喘癥狀,說明其在哮喘中的治療價值。雖然mi RNA的研究僅有幾十年的歷史,但它們?yōu)榧膊〉陌l(fā)生、診斷、治療等方面的作用已被大量開發(fā)。探討各種mi RNA在細胞中的作用和機制也成為一門重要的學科。巨噬細胞是機體免疫系統(tǒng)及其關(guān)鍵的組成部分,參與先天免疫和適應(yīng)性免疫,在對抗外來病原體、參與炎癥反應(yīng)和組織修復(fù)方面發(fā)揮重要作用。研究認為,多種疾病的發(fā)生都與巨噬細胞有密切關(guān)系:由于巨噬細胞對機體免疫和防御反應(yīng)方面具有重要功能,缺乏會導(dǎo)致抵抗下降,使機體發(fā)生感染的機會大大增加;M2型巨噬細胞主要可激活Th2相關(guān)疾病如哮喘等,還對腫瘤的發(fā)生發(fā)展具有促進作用;同時巨噬細胞在脂質(zhì)代謝方面發(fā)揮重要作用,巨噬細胞攝取修飾低密度脂蛋白過多會導(dǎo)致細胞內(nèi)脂質(zhì)堆積,向泡沫細胞轉(zhuǎn)化,發(fā)生動脈粥樣硬化。mi RNA作為近十幾年來興起的一種調(diào)控因子,在巨噬細胞代謝中發(fā)揮重要作用,mi RNA通過調(diào)控細胞因子的合成,從而調(diào)控巨噬細胞功能。然而,盡管之前有很多研究發(fā)現(xiàn)mi RNA在巨噬細胞的免疫反應(yīng)、脂質(zhì)代謝中具有重要作用,但很少有研究從起源上探討巨噬細胞生長分化相關(guān)的mi RNA。目前廣泛認為,組織巨噬細胞的更新主要來源于骨髓前體細胞的分化,巨噬細胞的分化異常會導(dǎo)致正常巨噬細胞數(shù)目下降或功能異常,從而誘導(dǎo)相關(guān)疾病的發(fā)生。探索mi RNA在骨髓細胞向巨噬細胞分化中的工作網(wǎng)絡(luò)及其調(diào)控機制引起了我們的興趣。因此,從眾多mi RNA中篩選出與巨噬細胞分化相關(guān)的mi RNA成為一個亟待解決的問題。我們的實驗?zāi)康氖峭ㄟ^microarray技術(shù)從上千種mi RNA中篩選出與巨噬細胞生長分化相關(guān)的mi RNA,并分析這些mi RNA與巨噬細胞成熟、免疫炎癥反應(yīng)、脂質(zhì)代謝等功能相關(guān)分子之間的關(guān)系,構(gòu)建mi RNA在這些巨噬細胞中的調(diào)控網(wǎng)絡(luò),從理論上篩選出參與巨噬細胞分化和功能的mi RNA及其相關(guān)分子通路,我們后續(xù)的實驗將會進一步驗證這些理論通路。該實驗是首次分析巨噬細胞分化過程中的mi RNA工作網(wǎng)絡(luò),并篩選出大量之前未被發(fā)現(xiàn)的巨噬細胞功能相關(guān)mi RNA,并提出mi RNA調(diào)控的分子通路假說,具有重要的研究價值。實驗方法:1.選取6-8周野生型BALB/c小鼠作為實驗對象,分離骨髓細胞后應(yīng)用巨噬細胞培養(yǎng)基培養(yǎng),誘導(dǎo)骨髓細胞分化,第3、5、7天收集細胞,Giemsa染色觀察細胞形態(tài),FACS測定巨噬細胞比例,細胞計數(shù)器測量細胞的數(shù)目;2.提取細胞m RNA,用microarray方法檢測骨髓細胞和第3、5、7天巨噬細胞的mi RNA表達水平;篩選表達變化最明顯的mi RNA,通過Target Scan分析這些mi RNA的靶基因,并用Me SH數(shù)據(jù)庫分析這些mi RNA調(diào)控的與巨噬細胞生長和功能有關(guān)的靶分子,通過Venn圖找出這兩種方法所得分子的重疊部分;3.將上述參與巨噬細胞生長功能的mi RNA靶標進行分析,通過Ingenuity Pathways Analysis(IPA)系統(tǒng)研究這些分子參與的巨噬細胞相關(guān)的信號通路,以及與巨噬細胞關(guān)鍵性分子密切相關(guān)的mi RNA。并總結(jié)具有多功能的mi RNA。實驗結(jié)果:1.FACS結(jié)果發(fā)現(xiàn),分化第3、5、7天收集的貼壁細胞中巨噬細胞百分比分別為92.2%、96%、99%。Gimsa染色示巨噬細胞從第3到7天巨噬細胞成熟過程中逐步發(fā)生形態(tài)學變化。細胞計數(shù)結(jié)果顯示骨髓細胞、第3、5、7天巨噬細胞濃度呈明顯上升趨勢。2.共有112種mi RNA在巨噬細胞分化過程中發(fā)生明顯變化,即上調(diào)或下調(diào)5倍以上。在第3天,56種mi RNA表達下降而58種mi RNA表達升高。第5天和第7天,66種mi RNA降低而48種mi RNA升高。3.Target Scan和Me SH軟件發(fā)現(xiàn),上述112種mi RNA共有8367種靶標分子,其中1267種靶標分子參與巨噬細胞的分化和功能,IPA分析發(fā)現(xiàn)這1267種分子與30種巨噬細胞經(jīng)典信號通路密切相關(guān)。如HGF、IL-6、NGF等通路參與調(diào)控細胞的生存和凋亡,糖皮質(zhì)激素受體、NF-κB,RANK等通路是巨噬細胞炎癥反應(yīng)通路。4.通過加入mi Randa和Ingenuity Pathways Analysis(IPA)分析系統(tǒng),進一步研究這112種mi RNA與巨噬細胞關(guān)鍵性功能分子的關(guān)系,我們發(fā)現(xiàn)18種mi RNA可能參與調(diào)節(jié)CSF1R,CD36,MSR1和SCARB1這四種巨噬細胞相關(guān)受體;7種mi RNA與轉(zhuǎn)錄因子RUNX1和PU.1的調(diào)節(jié)有關(guān);14種mi RNA與PPARα和PPARγ的m RNA有潛在的結(jié)合位點;17種mi RNA與TLR2、3、4、7、13這幾種受體的調(diào)節(jié)有關(guān)。5.通過分析上述生物信息軟件發(fā)現(xiàn)的與巨噬細胞關(guān)鍵性分子相關(guān)的mi RNA,我們發(fā)現(xiàn)mi R-155、mi R-18b、mi R-542-3p、mi R-152、mi R-129-5p、mi R-130a這6種mi RNA分別調(diào)控4種巨噬細胞分子;mi R-141和mi R-221這兩種mi RNA分別調(diào)控3種分子,mi R-24、mi R-150、mi R-22、mi R-34a、mi R-326、mi R-363、mi R-27b、mi R-101a、mi R-144、mi R-181c這10種mi RNA參與調(diào)控兩種分子。這些多功能mi RNA,尤其是調(diào)控4種巨噬細胞分子的6種mi RNA在以后研究巨噬細胞分化和功能中具有重要價值。結(jié)論:1.本研究用microarray的方法篩選出在骨髓巨噬細胞分化過程中明顯變化的mi RNA,并通過Target Scan和Me SH等軟件篩選出這些mi RNA的靶標中與巨噬細胞分化和功能有關(guān)的分子,以及這些靶標分子參與的信號通路。2.通過Target Scan、Mi Randa、IPA等軟件分析上述mi RNA以及巨噬細胞關(guān)鍵性分子如MSR1、CD36、SCRAB1、CSF1R、RUNX1、PU.1、PPARα、PPARγ、TLR2、TLR3、TLR4、TLR13和TLR7,篩選與這些分子相關(guān)的mi RNA,構(gòu)建相應(yīng)的mi RNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。3.通過討論分析,確定了具有重要研究價值的mi RNA及其參與調(diào)控的分子和功能,我們將在后續(xù)的實驗中進一步驗證這些通路,發(fā)掘出更多的巨噬細胞相關(guān)mi RNA,為以后研究巨噬細胞相關(guān)疾病提供理論基礎(chǔ)。
[Abstract]:......
【學位授予單位】:吉林大學
【學位級別】:博士
【學位授予年份】:2017
【分類號】:R392
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,本文編號:1626965
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