嚙齒動(dòng)物中冠狀病毒的分子流行病學(xué)研究及登革病毒在非疫區(qū)的再現(xiàn)
本文關(guān)鍵詞:嚙齒動(dòng)物中冠狀病毒的分子流行病學(xué)研究及登革病毒在非疫區(qū)的再現(xiàn) 出處:《中國疾病預(yù)防控制中心》2017年博士論文 論文類型:學(xué)位論文
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【摘要】:冠狀病毒是有包膜的單股正鏈RNA病毒,是目前已知的RNA病毒中基因組最大的。冠狀病毒主要感染呼吸道、腸道、肝臟和神經(jīng)系統(tǒng),可以引起人和動(dòng)物多種疾病,是非常重要的病原體。在2002/2003年SARS冠狀病毒引起的新發(fā)傳染病暴發(fā)流行前,獸醫(yī)、養(yǎng)殖業(yè)對冠狀病毒的重視程度高于公共衛(wèi)生對冠狀病毒的關(guān)注。SARS冠狀病毒新發(fā)傳染病的暴發(fā)使得人們對冠狀病毒高度重視,全世界的科學(xué)家致力于SARS冠狀病毒的溯源研究和新型冠狀病毒的發(fā)現(xiàn)工作。在過去的十幾年間,在人和動(dòng)物中發(fā)現(xiàn)了大量的新型冠狀病毒。2012年MERS冠狀病毒在中東的暴發(fā)流行使得冠狀病毒再次成為關(guān)注的焦點(diǎn)。動(dòng)物中很有可能存在新的未被識(shí)別的冠狀病毒存在跨種間傳播的風(fēng)險(xiǎn)。目前已知的冠狀病毒分為4屬,其中Alpha和Beta屬病毒的宿主主要為哺乳動(dòng)物,Gamma和Delta屬病毒主要發(fā)現(xiàn)于鳥類與禽類。嚙齒動(dòng)物包括約2277種,可傳播60多種已知的人類和家畜傳染病。嚙齒動(dòng)物生活在人類或家養(yǎng)動(dòng)物的附近,一旦接觸被嚙齒動(dòng)物的唾液、尿液和糞便污染的食物和物品以及分泌物形成的氣溶膠,增加了病原體的跨種間傳播風(fēng)險(xiǎn)。鼠等嚙齒動(dòng)物是RNA病毒重要的儲(chǔ)存宿主,但是迄今為止只發(fā)現(xiàn)嚙齒動(dòng)物攜帶一種冠狀病毒,即鼠科冠狀病毒,包括鼠肝炎病毒(Murine hepatitis virus,MHV)和大鼠涎淚腺炎冠狀病毒(Ratsialodacryoadenitiscoronavirus,RCoV)。為了探索冠狀病毒在嚙齒動(dòng)物中的多樣性及其進(jìn)化,我們2011-2013年在浙江省的龍泉市、文成縣和鹿城區(qū)采集了 1,465只嚙齒動(dòng)物,通過逆轉(zhuǎn)錄PCR的方法檢測冠狀病毒RNA,使用深度測序、基因組步移和RACE等方法擴(kuò)增冠狀病毒的全基因組序列。在浙江省龍泉市和溫州市鹿城區(qū)的褐家鼠中發(fā)現(xiàn)了一種新型冠狀病毒,命名為Lucheng Rn rat coronavirus(LRNV);在龍泉市的羅賽鼠、黃胸鼠和社鼠中發(fā)現(xiàn)了鼠科冠狀病毒的新種Longquan R1 rat coronavirus(LRLV),在龍泉市的黑線姬鼠、褐家鼠和羅賽鼠中發(fā)現(xiàn)了Betacoronavirus 1 的新種 Longquan Aa mouse coronavirus(LAMV)。這是鼠科冠狀病毒發(fā)現(xiàn)60年后首次報(bào)道嚙齒動(dòng)物攜帶其它類型的冠狀病毒,并首次發(fā)現(xiàn)嚙齒動(dòng)物攜帶Alpha屬的冠狀病毒,這些數(shù)據(jù)表明嚙齒動(dòng)物是冠狀病毒重要的宿主。系統(tǒng)發(fā)生分析表明LAMV and LRLV都屬于Beta冠狀病毒的A組,該組包括在人、家畜和野生動(dòng)物中發(fā)現(xiàn)的冠狀病毒。有意思的是,褐家鼠攜帶的LRNV在3CLpro和RdRp基因樹中形成單獨(dú)的分支,并與Alpha冠狀病毒聚集在一起,在Hel、ExoN、NendoU和O-MT進(jìn)化樹中形成單獨(dú)分支,并位于Alpha冠狀病毒的根部位置,而在N和S基因樹中形成了更分化的一支,LRNV在基因結(jié)構(gòu)上含有許多獨(dú)特的輔助蛋白基因,表明可能是起源于重組。此外,在LRLV中也發(fā)現(xiàn)了種內(nèi)重組事件。重組是冠狀病毒進(jìn)化的重要方式之一,也是產(chǎn)生遺傳多樣性的重要機(jī)制之一。由此可見,這些數(shù)據(jù)表明嚙齒動(dòng)物可能攜帶未知的冠狀病毒并在Beta冠狀病毒A分支和Alpha冠狀病毒的起源進(jìn)化中起重要的作用。登革病毒是人類最重要的新發(fā)傳染病病原體之一,對世界大約三分之一的人口構(gòu)成威脅。雖然二戰(zhàn)后該疾病在中國消失了 30年,但是登革熱自70年代末以來每年都有報(bào)道。然而,由于暴發(fā)通常高度地域化,因此并沒有引起人們的廣泛關(guān)注。此外,由于人口流動(dòng)性增加,在中國其它氣候條件不適宜該病原體增殖/傳播的省份也有了登革熱輸入病例的報(bào)道。因此,更好地了解這些非流行地區(qū)的登革熱流行病學(xué)將對其預(yù)防和控制具有重大的意義。登革熱輸入病例對非疫區(qū),尤其是埃及伊蚊廣泛分布的地區(qū),可造成威脅人類生命健康的重大公共衛(wèi)生問題。在本研究中,我們在溫州市和武漢市(這兩個(gè)地區(qū)在過去很少有登革熱的報(bào)道)共收集了 20例登革熱病例,其中溫州市5例,武漢市15例。感染的患者表現(xiàn)為典型的登革熱臨床癥狀,包括高燒(100%)、頭痛(100%)、頭暈(45%)、肌痛(50%)、惡心和嘔吐(40%)、皮疹(40%)以及出血點(diǎn)(25%)。系統(tǒng)發(fā)生分析顯示,從四名患者中獲得的病毒基因組序列均為DENV-1,并且與來自印度次大陸的毒株有最近的親緣關(guān)系,表明該登革病毒在兩地間的傳播。值得注意的是,盡管大多數(shù)患者(18/20)有發(fā)病前曾到過國內(nèi)或國外登革熱流行地區(qū)的旅游史,表明這些病例可能是輸入性病例,但包括一名7歲兒童在內(nèi)的其他兩名患者并沒有近期曾到過登革熱流行地區(qū)的旅行史,提示是登革病毒的本地傳播。因此,本研究對中國登革熱的流行病學(xué)、控制和預(yù)防有重要意義,并將與其它非流行情況下的病毒傳播直接相關(guān)。
[Abstract]:......
【學(xué)位授予單位】:中國疾病預(yù)防控制中心
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【學(xué)位授予年份】:2017
【分類號(hào)】:R373
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,本文編號(hào):1349567
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