本文關(guān)鍵詞：東莞地區(qū)諾如病毒ORF2基因克隆與進(jìn)化樹分析

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【摘要】：目的探討東莞地區(qū)嬰幼兒感染的諾如病毒ORF2基因序列特性,分析東莞地區(qū)諾如病毒的基因型。方法收集2004年和2009年東莞地區(qū)嬰幼兒腹瀉標(biāo)本66份,參考諾如病毒Farmington Hills株(AY502023)基因組序列,自行設(shè)計(jì)了引物兩段擴(kuò)增ORF2基因的引物,短片段作為檢測標(biāo)本的片段,分段擴(kuò)增病毒ORF2全長基因,PCR產(chǎn)物克隆于T載體上,序列測定,用ClustalW/X和MEGA5.0等軟件進(jìn)行序列特性分析和基因型分析。結(jié)果獲得了3株ORF2全長基因,全長為1623bp,ORF2編碼主要結(jié)構(gòu)蛋白衣殼蛋白(VP1),VP1蛋白有兩個(gè)主要區(qū)域:P區(qū)(protruding)和S區(qū)(shell);將病毒株NVdgsl0902、NVdgsl0910的P2區(qū)與諾如病毒GⅡ-4基因型中a、b、c、d、e、f 6個(gè)亞型的P2區(qū)氨苷酸序列進(jìn)行同源性比較,同源性為86.0%～91.0%,而與2006b新變株為97.0%,病毒株NVdgsl0412的P2區(qū)與諾如病毒GⅡ-4基因型中a、b、c、d、f5個(gè)亞型的P2區(qū)氨苷酸序列進(jìn)行同源性比較,同源性為88.0%～93.0%,與e亞型的同源性為98.1%。結(jié)論 NVdgsl0412屬于GⅡ-4e型,NVdgsl0902、NVdgsl0910屬于GⅡ-4f亞型的2006b新變異株,2004年與2009年東莞地區(qū)的諾如病毒流行株發(fā)生了變異,目前是以2006b新變異株作為主要的流行株。
【作者單位】： 東莞市兒科研究所分子生物研究室;
【分類號】：R373
【正文快照】： 腹瀉是全世界范圍內(nèi)嬰幼兒最常見的疾病之一,諾如病毒(Norovirus)是引起嬰幼兒急性腹瀉的重要病原體。諾如病毒屬于杯狀病毒科,基因組全長約為7.7kb,整個(gè)基因組有3個(gè)編碼框?yàn)镺RF1、ORF2和ORF3,諾如病毒現(xiàn)分為5個(gè)基因組(Genogroups)[1],其中GⅠ、GⅡ是引起人急性胃腸炎兩個(gè)最

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