本文關鍵詞：高通量測序H7N9禽流感病毒基因組模板制備方法的優(yōu)化及應用

  更多相關文章： 禽流感病毒 HN 模板制備 高通量測序

【摘要】：目的:建立一種較優(yōu)的高通量測序H7N9禽流感病毒基因組模板制備方法,用于H7N9禽流感病毒基因組監(jiān)測。方法:分別以6堿基隨機引物反轉錄生成單鏈cDNA,合成雙鏈cDNA;流感病毒通用反轉錄引物U12反轉錄生成單鏈cDNA,6堿基隨機引物合成雙鏈cDNA;U12引物反轉錄生成單鏈cDNA,通用流感病毒全基因擴增引物混合物生成雙鏈cDNA制備高通量測序模板、構建測序文庫、測序并分析數(shù)據(jù),比較3種方法對高通量測序效率的影響,并與傳統(tǒng)Sanger測序方法比較其測序的準確性,選擇其中較優(yōu)的方法用于高通量測序。結果:以U12引物反轉錄cDNA,通用流感病毒全基因擴增引物混合物生成雙鏈cDNA制備的高通量測序模板,在測序族生成數(shù)、覆蓋率、單核苷酸多態(tài)性及讀長等方面均優(yōu)于另外兩種方法。結論:本研究建立的H7N9禽流感病毒基因組模板制備方法用于高通量測序具有準確性高,周期短,成本相對較低,可同時檢測多個樣本等特點,可用于大規(guī)模H7N9禽流感病毒基因組監(jiān)測。
【作者單位】： 江蘇省疾病預防控制中心衛(wèi)生部腸道病原微生物重點實驗室;
【關鍵詞】： 禽流感病毒 HN 模板制備 高通量測序
【基金】：國家科技重大專項課題(2012ZX10004401) 江蘇省科教興衛(wèi)工程(ZX201109,RC2011191) 江蘇省科技支撐項目(BE2011796)
【分類號】：R373;S852.65
【正文快照】： 2013年2月開始,一種新的H7N9亞型禽流感病毒感染人引起死亡的病例不斷被報道[1],目前已引起130例感染,35例死亡[2]。散發(fā)的人感染禽流感病毒包括H5、H7及H9亞型,除了高致病性H5N1亞型病毒引起大約60%的病例死亡之外[3],荷蘭曾報道過1例人感染高致病性H7N7禽流感病毒引發(fā)急性

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 湯奮揚;霍翔;李亮;祖榮強;許可;祁賢;吳斌;嵇紅;朱鳳才;羊海濤;;甲型H1N1流感重癥病例的危險因素[J];南京醫(yī)科大學學報(自然科學版);2010年09期

【共引文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 潘慧瓊;顏仕鵬;李露池;周敏;李曼玲;厲曉玲;;湖南省SARI病例臨床流行病學特征分析[J];實用預防醫(yī)學;2011年05期

中國碩士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 劉欣;甲型H1N1流感病毒性肺炎病例分析及LDH在流感病毒多臟器損傷機制中的意義[D];河北醫(yī)科大學;2011年

【二級參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前4條

1 楊京港;劉永銘;劉艷英;嚴祥;;高脂血癥患者脂代謝紊亂對補體表達及活化的影響[J];中國動脈硬化雜志;2006年02期

2 中國肥胖問題工作組;中國成人超重和肥胖癥預防與控制指南(節(jié)錄)[J];營養(yǎng)學報;2004年01期

3 蔡映云,楊振華;流行性感冒疫苗與藥物的預防作用[J];中華結核和呼吸雜志;2002年11期

4 中國肥胖問題工作組 ,季成葉;中國學齡兒童青少年超重、肥胖篩查體重指數(shù)值分類標準[J];中華流行病學雜志;2004年02期

【相似文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 牧野晶子;姚月歌;;禽流感病毒[J];日本醫(yī)學介紹;2006年09期

2 新華;;H5N1高致病性禽流感病毒可在家禽羽毛中持續(xù)存在[J];中國家禽;2010年20期

3 王新華,王選年,鄭世蓮;雞源禽流感病毒的分離和鑒定[J];河南畜牧獸醫(yī);2000年02期

4 鄭騰,陳枝華;禽流感病毒致病性的分子生物學基礎及研究近況[J];黑龍江畜牧獸醫(yī);2002年02期

5 ;禽流感病毒研究100%基因圖成功解析[J];山東家禽;2004年03期

6 王全英;喬傳玲;申之義;;禽流感病毒神經(jīng)氨酸酶的結構及其生物學功能[J];動物醫(yī)學進展;2005年12期

7 鄭波;;由H9N2流感病毒HA、NA和M1蛋白構成的流感病毒樣顆粒誘導BALB/c小鼠產(chǎn)生保護性免疫應答[J];國際生物制品學雜志;2006年05期

8 黃靈芝;;高致病性禽流感病毒H5N1致病的可能機制[J];國外醫(yī)學(藥學分冊);2006年05期

9 方留民;;為什么病毒會在秋冬季節(jié)活躍[J];自然與人;2006年01期

10 戴秀彬;何春紅;代名軍;馬艷霞;;禽流感病毒的分子生物學研究進展[J];中國動物檢疫;2007年07期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 孫恩澤;謝敏;趙海粟;黃碧海;劉書琳;張萬坡;張志凌;王漢中;龐代文;;量子點標記禽流感病毒[A];第六屆全國化學生物學學術會議論文摘要集[C];2009年

2 陳化蘭;;中國H5N1禽流感病毒的進化和疫苗研究研制及應用[A];全國人畜共患病學術研討會論文集[C];2006年

3 劉桂林;張小輝;王錦平;;禽流感病毒H6N2亞型NA基因序列相關肽鏈特性及其二級結構分析[A];全國動物生理生化第十一次學術交流會論文摘要匯編[C];2010年

4 單芬;鄭煦燦;韋良孟;徐成剛;羅開健;任濤;辛朝安;焦培榮;廖明;;一株H5N2亞型鸚鵡源禽流感病毒分子進化分析[A];中國畜牧獸醫(yī)學會禽病學分會第十五次學術研討會論文集[C];2010年

5 張國良;沈麗;陳心春;曾貞;劉成海;聶廣;周伯平;;基于假病毒技術的抗H5N1禽流感病毒中藥篩選平臺的建立及評價[A];全國第3屆中西醫(yī)結合傳染病學術會議暨中國中西醫(yī)結合學會傳染病專業(yè)委員會第2屆委員會議論文匯編[C];2010年

6 黃瑜;彭春香;傅光華;程龍飛;李文楊;施少華;;禽流感病毒分子生物學研究進展[A];福建省科協(xié)第四屆學術年會衛(wèi)星會議“動物疫病防治與人類健康”學術年會論文集[C];2004年

7 劉桂林;張小輝;王錦平;;禽流感病毒H6N2亞型NA基因序列相關肽鏈特性及二級結構分析[A];2008年全國生物化學與分子生物學學術大會論文摘要[C];2008年

8 田建國;葉叢華;宋建領;張文東;張富強;李靜;呂粵;岳亮;張應國;范泉水;;云南邊境禽流感病毒PB2基因序列分析[A];2008年中國微生物學會學術年會論文摘要集[C];2008年

9 王慧煜;韓雪清;林祥梅;吳紹強;賈廣樂;梅琳;楊澤曉;;禽流感病毒H5亞型正向基因芯片檢測技術的建立[A];中國畜牧獸醫(yī)學會2009學術年會論文集（下冊）[C];2009年

10 黃瑤;秦愛建;邵紅霞;;禽流感病毒核蛋白基因在昆蟲細胞中的表達[A];全國人畜共患病學術研討會論文集[C];2006年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 李學梅;此次流感病毒并未發(fā)生大變異[N];北京日報;2007年

2 葛秋芳;禽流感病毒研究新發(fā)現(xiàn)[N];人民日報;2008年

3 鄭靈巧;禽流感病毒未發(fā)生本質改變[N];健康報;2008年

4 記者 何德功;日本確認島根縣禽流感病毒為H5N1型[N];新華每日電訊;2010年

5 卞晨光;印尼禽流感病毒出現(xiàn)新毒株[N];科技日報;2008年

6 本報記者 張強;陶一之：斗法流感病毒[N];科技日報;2007年

7 付東紅;禽流感病毒可以母嬰傳播[N];健康報;2007年

8 ;美科學家發(fā)現(xiàn)禽流感攻擊人類機制[N];新華每日電訊;2008年

9 記者 王慧峰;中國愿與世界分享禽流感病毒樣品[N];人民政協(xié)報;2006年

10 任珊珊;鐘南山：今冬流感病毒出現(xiàn)變異[N];廣州日報;2007年

中國博士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 宋翠平;H5N1禽流感和鵝Ⅰ型副粘病毒分離株的生物學特性及感染性的研究[D];中國海洋大學;2010年

2 朱光劍;中國南方H9N2禽流感病毒的分子進化分析及其對小鼠致病性研究[D];華東師范大學;2012年

3 鞠湘武;H5N1型禽流感病毒損傷細胞溶酶體的機制研究和南極極端環(huán)境下科考隊員的應激反應研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學院;2012年

4 李永強;H5N1禽流感病毒PB1 T677M 位點與PB2 I63T位點對病毒毒力的影響[D];中國人民解放軍軍事醫(yī)學科學院;2011年

5 李潤明;靶向血凝素蛋白的高致病性禽流感H5N1進入抑制劑的研究[D];南方醫(yī)科大學;2012年

6 張宗德;禽流感病毒H9N2適應小鼠致肺臟CD4~+T細胞Th17應答的研究[D];華中農業(yè)大學;2012年

7 李志萍;H5N1亞型禽流感病毒實驗全過程實驗室微環(huán)境集群監(jiān)測和評價[D];吉林大學;2012年

8 李艷華;抗禽流感病毒中藥及鹽酸金剛烷胺誘導M2基因變異的研究[D];東北農業(yè)大學;2003年

9 饒栓;SARS冠狀病毒和H5N1型禽流感病毒致病機理的研究[D];中國協(xié)和醫(yī)科大學;2008年

10 賈永清;表達禽流感病毒HA基因重組禽痘病毒的構建及其免疫效力的研究[D];東北農業(yè)大學;2000年

中國碩士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 孫宇;禽流感病毒血凝素的分離純化以及快速評估其宿主特異性方法的研究[D];西北大學;2010年

2 劉紅彥;H9N2 AIV的NS1基因原核與真核表達及NS1蛋白對幾種細胞凋亡的影響[D];西北農林科技大學;2010年

3 鄔成業(yè);禽流感病毒H5N1亞型河南分離株NP基因的原核表達及T細胞表位篩選[D];鄭州大學;2010年

4 王建琪;禽流感野鴨源分離株H2N2亞型和H3N8亞型基因特征及遺傳進化分析[D];東北林業(yè)大學;2011年

5 林彬彬;禽流感病毒H9亞型福建分離株的全基因組測定及遺傳演化分析[D];福建農林大學;2011年

6 宮愛艷;雞源抗禽流感病毒Fab噬菌體抗體庫的構建研究[D];西南農業(yè)大學;2005年

7 周凱;禽流感H5N1病毒的RNAi研究[D];河北師范大學;2005年

8 張苗;2種基因分型方法進行野鳥源AIV HA亞型鑒定的應用研究[D];東北林業(yè)大學;2011年

9 鄧國華;禽流感病毒分離株A/Chicken/Xinjiang/1/96(H14N5)全基因克隆及其序列分析[D];東北農業(yè)大學;2000年

10 多海剛;禽流感病毒H7N？血凝素（HA1）基因在大腸桿菌中的表達與純化[D];新疆農業(yè)大學;2003年

，

本文編號：1078626