本文選題：特發(fā)性肺纖維化 + 差異表達(dá)基因��； 參考：《中山大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)科學(xué)版)》2017年06期

【摘要】：【目的】通過生物信息學(xué)的方法發(fā)現(xiàn)特發(fā)性肺纖維化(IPF)的致病基因并為進(jìn)一步研究提供靶點(diǎn)。【方法】從GEO數(shù)據(jù)庫中下載基因芯片數(shù)據(jù)集GSE53845、GSE24206、GSE10667,并使用GEO2R分析工具篩選出正常組織與IPF的差異表達(dá)基因。在DAVID數(shù)據(jù)庫中對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行GO分析和KEGG通路富集分析,以便找到IPF發(fā)病過程中差異表達(dá)基因主要參與的生物功能及其集中的信號(hào)通路。為了研究差異表達(dá)基因與蛋白之間的作用關(guān)系,使用STRING和CYTOSCAPE軟件來構(gòu)建蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò),使用MCODE軟件來提取蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)中的子網(wǎng)絡(luò)模塊。【結(jié)果】發(fā)現(xiàn)了110個(gè)差異表達(dá)基因,其中有92個(gè)在IPF中高表達(dá),18個(gè)低表達(dá)。GO富集分析表明IPF中上調(diào)的差異表達(dá)基因主要影響細(xì)胞粘附、生物粘附、膠原蛋白代謝等相關(guān)的生物過程,富集的分子功能主要參與細(xì)胞外基質(zhì)結(jié)構(gòu)的構(gòu)成、鈣離子的結(jié)合;IPF中下調(diào)的蛋白則主要涉及感覺調(diào)節(jié)的生物過程。KEGG通路分析表明IPF中上調(diào)的差異表達(dá)基因主要參與受體相互作用、細(xì)胞粘附等信號(hào)通路�！窘Y(jié)論】利用生物信息學(xué)篩選出差異表達(dá)基因,其中部分基因已被證實(shí)參與IPF,部分基因尚未有研究,提示其可能是IPF發(fā)病機(jī)制研究新的研究靶點(diǎn)。
[Abstract]:[objective] to identify the pathogenetic genes of idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) by bioinformatics and to provide a target for further study. [methods] the gene chip data set GSE53845 / GSE24206 GSE106677 was downloaded from the GEO database, and the GEO2R analysis tool was used to screen the gene. The differentially expressed genes between normal tissue and IPF were selected. The differential expression genes were analyzed by go analysis and KEGG pathway enrichment analysis in DAVID database in order to find out the biological function and the centralized signal pathway of differential expression genes involved in the pathogenesis of IPF. To study the interaction between differentially expressed genes and proteins, protein interaction networks were constructed using STRING and CYTOSCAPE software. Using MCODE software to extract subnetwork modules in protein-interacting networks. [results] 110 differentially expressed genes were found. Among them, 92 were highly expressed in IPF, and 18 low-expression .GO enrichment analysis showed that up-regulated differentially expressed genes in IPF mainly affect cell adhesion, bioadhesion, collagen metabolism and other related biological processes. The rich molecular function is mainly involved in the structure of extracellular matrix. The down-regulated protein in calcium binding IPF is mainly involved in the biological process of sensory regulation. KEGG pathway analysis shows that the up-regulated differentially expressed genes in IPF are mainly involved in receptor interaction. [conclusion] differentially expressed genes have been screened by bioinformatics, some of which have been confirmed to be involved in IPF, and some genes have not been studied, suggesting that these genes may be a new research target for the pathogenesis of IPF.
【作者單位】： 中山大學(xué)附屬第一醫(yī)院呼吸內(nèi)科;
【分類號(hào)】：R563.9

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本文編號(hào)：2037617