本文關鍵詞：莫氏巴貝斯蟲物理圖譜的繪制及系統(tǒng)發(fā)育分析

  更多相關文章： 巴貝斯蟲 染色體 核型分析 系統(tǒng)發(fā)育分析 物理圖譜

【摘要】：巴貝斯蟲病是由巴貝斯蟲寄生于動物的紅細胞中經蜱傳播而引起的一種血液原蟲病,可大范圍的感染牛、羊、馬、犬等動物�？稍跓釒А啛釒б约皽貛У貐^(qū)傳播,傳播范圍廣,患病后動物表現(xiàn)出發(fā)熱、黃疸、溶血性貧血和血紅蛋白尿等臨床病癥。一旦受到感染,便很難根除,該病的傳播對世界養(yǎng)殖業(yè)造成嚴重的影響。目前在巴貝斯蟲的入侵、致病、傳播及診斷、防控技術方面取得了很大進展,但在分子機制、基因水平上的研究相對較少,高通量測序技術的出現(xiàn),為該病的研究提供了新的契機。本研究依在我國危害范圍大的羊巴貝斯蟲未定種新疆株和莫氏巴貝斯蟲臨潭株為研究對象,采用蟲體體外培養(yǎng),接種方式感染除脾羊進行繁殖,采集羊血液中的蟲體并進行純化處理,獲得處于裂殖子階段的蟲體,將獲得的蟲體進行低熔點瓊脂糖包埋,用蛋白酶K對包埋塊進行消化處理,獲得鑒定蟲體完整性的蟲體基因組DNA;利用PFGE電泳技術分析兩種蟲體染色體大小及條數(shù);利用Pacbio三代高通量測序技術進行全基因組序列的測定,并與NCBI公布的部分頂復門寄生蟲的單拷貝基因進行比對,得到兩種巴貝斯蟲系統(tǒng)發(fā)育樹;通過已有的莫氏巴貝斯蟲臨潭株基因組第三代測序拼接數(shù)據(jù),選取四條測序拼接較大的Scaffold,每間隔50kb設計一對引物,共設計了221對引物,利用已建好的莫氏巴貝斯蟲臨潭株的細菌人工染色體BAC文庫,采用酶切指紋圖譜法進行篩選,獲得陽性克隆之間的重疊關系。研究結果表明:通過核型分析發(fā)現(xiàn)兩種巴貝斯蟲均有4條染色體,莫氏巴貝斯蟲臨潭株基因組大小約為11.1Mb,羊巴貝斯蟲未定種新疆株基因組大小約為7.0Mb,大小差異明顯,且基因大小都小于測序拼接數(shù)據(jù);通過與部分頂復門原蟲的單拷貝基因比對,得到羊巴貝斯蟲未定種新疆株與牛巴貝斯蟲的親緣性較近,莫氏巴貝斯蟲臨潭株與雙芽巴貝斯蟲的親緣關系較近;通過對莫氏巴貝斯蟲臨潭株BAC文庫(約1.4萬個PCR)篩選和酶切指紋圖譜驗證,獲得了230個陽性克隆,初步完成了總長度約為11.3Mb的4條Scaffold物理圖譜的搭建工作;通過陽性克隆篩選發(fā)現(xiàn)在已有的拼接數(shù)據(jù)中,3對引物出現(xiàn)實際目的片段大小與預期存在差異;5對引物沒有篩選到陽性克隆。說明測序結果數(shù)據(jù)中可能有錯誤存在,需進一步進行驗證工作。該研究還初步完成了莫氏巴貝斯蟲臨潭株克隆系G7的基因組物理圖譜繪制及測序數(shù)據(jù)拼接驗證工作,為下一步精細物理圖譜和序列圖譜的繪制打下了堅實的基礎性工作。
【關鍵詞】：巴貝斯蟲 染色體 核型分析 系統(tǒng)發(fā)育分析 物理圖譜
【學位授予單位】：西北農林科技大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：S852.7
【目錄】：

• 摘要5-6
• ABSTRACT6-10
• 文獻綜述10-17
• 第一章 巴貝斯蟲及基因組圖譜進展10-17
• 1.1 巴貝斯蟲研究進展10-12
• 1.1.1 巴貝斯蟲概述10
• 1.1.2 巴貝斯蟲病概述10-11
• 1.1.3 巴貝斯蟲研究現(xiàn)狀11-12
• 1.1.4 巴貝斯蟲基因組相關研究12
• 1.2 基因組圖譜簡介12-14
• 1.2.1 基因組圖譜概述12-13
• 1.2.2 遺傳圖譜13
• 1.2.3 物理圖譜13
• 1.2.4 序列圖譜13-14
• 1.3 物理圖譜的構建14-16
• 1.3.1 基因文庫構建14-15
• 1.3.2 克隆重疊群構建15-16
• 1.4 本研究目的和意義16-17
• 試驗研究17-47
• 第二章 兩種羊巴貝斯蟲的系統(tǒng)發(fā)育分析17-25
• 2.1 材料和方法17-20
• 2.1.1、試驗蟲體17
• 2.1.2 主要儀器設備17-18
• 2.1.3 主要試劑18
• 2.1.4 主要溶液的配制18
• 2.1.5 蟲體的純化18
• 2.1.6 高分子量基因組DNA包埋塊的包埋與消化18-19
• 2.1.7 包埋塊中DNA的純化19
• 2.1.8 大片段DNA包埋塊完整性檢測19
• 2.1.9 核型分析19-20
• 2.1.10 基因家族分析20
• 2.1.11 系統(tǒng)發(fā)育分析20
• 2.2 結果20-23
• 2.2.1 大片段DNA包埋塊完整性檢測20-21
• 2.2.2 核型分析21
• 2.2.3 基因家族分析21-23
• 2.2.4 系統(tǒng)發(fā)育分析23
• 2.3 討論23-24
• 2.4 小結24-25
• 第三章 莫氏巴貝斯蟲物理圖譜的繪制25-47
• 3.1 材料和方法25-29
• 3.1.1 主要儀器25
• 3.1.2 主要試劑25
• 3.1.3 主要溶液的配制25-26
• 3.1.4 BAC文庫26
• 3.1.5 莫氏巴貝斯蟲臨潭株基因組的提取26-27
• 3.1.6 莫氏巴貝斯蟲臨潭株BAC文庫的復制27
• 3.1.7 BAC文庫384孔板板池、行庫、列庫混合質粒的提取27-28
• 3.1.8 BAC文庫中單克隆質粒的提取28
• 3.1.9 文庫的篩選28-29
• 3.1.10 陽性克隆酶切指紋圖譜驗證及重疊群搭建29
• 3.2 實驗結果29-46
• 3.2.1 三代測序數(shù)據(jù)結果及分析29-30
• 3.2.2 引物設計及篩選結果30-41
• 3.2.3 陽性克隆酶切指紋圖譜分析及重疊群搭建41-46
• 3.3 討論46
• 3.4 小結46-47
• 結論47-48
• 參考文獻48-55
• 致謝55-56
• 作者簡介56

【相似文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 高德才;郭續(xù);;一例犬吉氏巴貝斯蟲的診治與臨床分析[J];中國動物保健;2012年10期

2 王軼男;錢年超;黃國明;胡詩悅;薛書江;賈立軍;張守發(fā);;牛瑟氏泰勒蟲與牛卵形巴貝斯蟲多重PCR檢測方法的建立[J];中國獸醫(yī)科學;2013年04期

3 白啟，劉光遠，韓根鳳，，惠禹;甘肅張家川牛卵形巴貝斯蟲的分離及補充傳播試驗[J];中國獸醫(yī)科技;1994年09期

4 陳啟軍，李德昌;巴貝斯蟲分子生物學研究進展[J];中國獸醫(yī)科技;1995年06期

5 殷宏,羅建勛,呂文順,呂文祥,張其才,王玉英,劉天斌,律光啟,李忠義,竇云龍,趙鵬宇,常思明;莫氏巴貝斯蟲和羊巴貝斯蟲在我國的分離及形態(tài)學觀察[J];中國獸醫(yī)科技;1997年10期

6 任鈺峰;馬瑛;錢麗莉;;一例犬感染吉氏巴貝斯蟲的病例報告[J];畜牧獸醫(yī)科技信息;2014年02期

7 白音查汗,五十嵐郁男;牛卵形巴貝斯蟲的體外培養(yǎng)[J];中國獸醫(yī)寄生蟲病;2001年02期

8 梁億林;鄧耿高;楊龍飛;龐偉;;犬韋氏巴貝斯蟲的分子鑒定[J];廣東農業(yè)科學;2011年14期

9 黃國明;賈立軍;薛書江;張守發(fā);;牛卵形巴貝斯蟲巢式PCR診斷方法的建立及初步應用[J];中國獸醫(yī)學報;2012年10期

10 王婧;周緒正;李冰;魏曉娟;范穎;劉翠翠;張繼瑜;;抗巴貝斯蟲藥物的研究進展[J];中國畜牧獸醫(yī);2013年04期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 牛慶麗;關貴全;馬米玲;劉志杰;劉愛紅;高金亮;任巧云;李有全;劉軍龍;羅建勛;殷宏;;用反向線狀印跡方法檢測和區(qū)別羊的泰勒蟲和巴貝斯蟲[A];中國畜牧獸醫(yī)學會家畜寄生蟲學分會第六次代表大會暨第十次學術研討會論文集[C];2009年

2 周金林;沈杰;小沼操;;吉氏巴貝斯蟲二個亞細胞標記分子的克隆和部分功能鑒定[A];中國畜牧獸醫(yī)學會2003年學術年會論文集[C];2003年

3 羅建勛;殷宏;劉光遠;關貴全;劉志杰;劉愛紅;黨志勝;馬米玲;魯炳義;孫彩琴;白啟;呂文順;陳溥言;;我國牛的巴貝斯蟲分子分類學研究[A];中國畜牧獸醫(yī)學會家畜寄生蟲學分會第五次代表大會暨第八次學術研討會論文集[C];2004年

4 黃國明;賈立軍;薛書江;張守發(fā);;牛卵形巴貝斯蟲巢式PCR診斷方法的建立及初步應用[A];中國畜牧獸醫(yī)學會家畜寄生蟲學分會第六次代表大會暨第十一次學術研討會論文集[C];2011年

5 關貴全;Emmanuelle Moreau;Nadine Brisseau;羅建勛;殷宏;Alain Chauvin;;不同種綿羊的紅細胞對巴貝斯蟲體外易感性的研究[A];中國畜牧獸醫(yī)學會家畜寄生蟲學分會第六次代表大會暨第十一次學術研討會論文集[C];2011年

6 謝俊仁;劉光遠;田占成;羅金;沈輝;;用反向線性印跡方法檢測和區(qū)分馬泰勒蟲和駑巴貝斯蟲的研究[A];中國畜牧獸醫(yī)學會家畜寄生蟲學分會第六次代表大會暨第十一次學術研討會論文集[C];2011年

7 羅建勛;殷宏;劉光遠;關貴全;劉志杰;劉愛紅;黨志勝;馬米玲;魯炳義;孫彩琴;白啟;呂文順;陳溥言;;牛的巴貝斯蟲未定種在小亞璃眼蜱飽血雌蟲體內的發(fā)育形態(tài)觀察[A];中國畜牧獸醫(yī)學會家畜寄生蟲學分會第五次代表大會暨第八次學術研討會論文集[C];2004年

8 劉愛紅;羅建勛;關貴全;馬米玲;劉志杰;黨志勝;高金亮;任巧云;殷宏;;建立于18S rRNA基因測序基礎上的羊巴貝斯蟲分子分類學研究[A];中國畜牧獸醫(yī)學會家畜寄生蟲學分會第五次代表大會暨第八次學術研討會論文集[C];2004年

9 羅金;劉光遠;謝俊仁;田占成;沈輝;;18S rRNA序列差異在馬梨形蟲分類學中的應用[A];中國畜牧獸醫(yī)學會家畜寄生蟲學分會第六次代表大會暨第十一次學術研討會論文集[C];2011年

10 張慶麗;胡敏;周艷琴;趙俊龍;;東方巴貝斯入侵相關的牛紅細胞糖蛋白受體基因的克隆及功能研究[A];中國畜牧獸醫(yī)學會家畜寄生蟲學分會第六次代表大會暨第十一次學術研討會論文集[C];2011年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 李延生;務實成就賽貝斯數(shù)據(jù)庫管理龍頭地位[N];中國企業(yè)報;2003年

2 美聯(lián);菲·莫成功收購納貝斯克[N];廠長經理日報;2000年

3 ;增持浙江蘭貝斯[N];中國證券報;2003年

4 本報記者 劉曦　通訊員 何爾海;深圳知名臺企資方棄廠躲債[N];中華工商時報;2005年

5 由健;擅長設計博物館的建筑師——利貝斯金德[N];中華建筑報;2004年

6 本報記者　　劉波;墨西哥外長德爾貝斯：中墨能源協(xié)議討論中[N];21世紀經濟報道;2006年

7 貝斯印;貝斯印的平臺式結構:將省錢進行到底[N];中國包裝報;2009年

8 本報記者 姜洪軍;老鼠曾經絆大象 “性感”世通毀于造假丑聞[N];中國計算機報;2011年

9 記者 張四代;印度將參與加拿大鉀肥項目[N];農資導報;2009年

10 深圳特區(qū)報記者 梁婷　實習生 王艷春;五彩膠帶組合出大千世界[N];深圳特區(qū)報;2011年

中國博士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 羅建勛;巴貝斯蟲未定種的發(fā)現(xiàn)及牛巴貝斯蟲病的免疫診斷和藥物防治研究[D];南京農業(yè)大學;2004年

2 楊其清;犬吉氏巴貝斯蟲重組表達抗原檢測技術的建立及其在流行病學調查上的應用[D];南京農業(yè)大學;2013年

中國碩士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 許艷起;莫氏巴貝斯蟲物理圖譜的繪制及系統(tǒng)發(fā)育分析[D];西北農林科技大學;2016年

2 楊強;我國羊巴貝斯蟲分子流行病學調查及基因組物理圖譜繪制[D];中國農業(yè)科學院;2016年

3 王錦明;莫氏巴貝斯蟲在我國的流行狀況調查及馬達復合物組件蛋白基因的初步研究[D];中國農業(yè)科學院;2013年

4 尚澤松;犬巴貝斯蟲套式PCR檢測方法的建立與應用[D];河南科技大學;2014年

5 張楊;馬駑巴貝斯蟲二溫式、熒光PCR檢測方法的建立及其初步應用[D];新疆農業(yè)大學;2015年

6 劉愛紅;建立于18SrRNA基因測序基礎上的羊巴貝斯蟲分子分類學研究[D];甘肅農業(yè)大學;2003年

7 劉鐵;梅里貝斯·德姆的聲樂教學理論對我國聲樂教學的啟示[D];曲阜師范大學;2014年

8 薛書江;駑巴貝斯蟲BC-48基因片段在大腸桿菌中的表達與初步應用[D];延邊大學;2007年

9 張浩浩;羊巴貝斯蟲細菌人工染色體文庫構建及物理圖譜繪制[D];中國農業(yè)科學院;2014年

10 羅金;馬泰勒蟲分類學定位佐證及PCR、ELISA檢測方法的建立[D];甘肅農業(yè)大學;2011年

本文編號：731953