本文關(guān)鍵詞：荷斯坦奶牛CXCL8基因SNPs檢測及其與乳房炎和產(chǎn)奶性狀的關(guān)聯(lián)分析

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【摘要】：白介素8(interkeukin8,IL8)作為一種中性粒細胞趨化因子是趨化因子大家族的一員。曾有試驗CXCL8在乳腺炎患者的血清中的分泌量高于健康對照者的血清分泌量。CXCL8的研究主要集中在人類的乳腺癌上,本試驗以CXCL8基因作為影響奶牛生產(chǎn)性狀及乳房炎的候選基因,探索其與奶牛的生產(chǎn)性能及乳房炎的相關(guān)性。本研究先利用DNAMAN軟件、在線軟件Ex PASy及在線軟件PSORT II Prediction等生物軟件對奶牛CXCL8基因進行生物信息學分析。提取446份經(jīng)產(chǎn)奶牛的頸靜脈血樣中的DNA,用PCR技術(shù)擴增目的基因,使用直接測序檢測該基因中的多態(tài)位點。采用PCR-RFLP和四引物法技術(shù)對多態(tài)性位點進行基因分型,最后與荷斯坦奶牛乳腺炎和產(chǎn)奶性狀進行關(guān)聯(lián)分析,旨在篩查與奶牛多種產(chǎn)奶性狀及乳房炎相關(guān)的多態(tài)位點,為對于中國荷斯坦奶牛種質(zhì)資源選育和高效養(yǎng)殖提供遺傳基礎(chǔ)。本次測試的主要結(jié)果如下:1.CXCL8基因的生物信息學分析對CXCL8進行奶牛、綿羊、豬、家犬、兔子、人和野馬之間的核苷酸同源性分析,得出奶牛的CXCL8和綿羊、豬之間的同源性在90%以上,說明該基因在奶牛,豬,綿羊這三個物種間有很高的保守性。對奶牛CXCL8基因編碼的蛋白質(zhì)進行結(jié)構(gòu)和功能預(yù)測,結(jié)果表明CXCL8蛋白為親水性蛋白,在細胞內(nèi)質(zhì)網(wǎng)有少量存在。2.CXCL8基因遺傳變異檢測本研究對CXCL8基因進行測序檢測,最終檢測到4個SNPs位點。CXCL8基因的C202T、C264T、A302G和A2471G均位于內(nèi)含子區(qū)。3.CXCL8基因群體遺傳學分析對CXCL8基因進行群體遺傳學分析發(fā)現(xiàn),其中三個SNP位點C202T、C264T和A302G均處于中度多態(tài),只有A2471G位點為低度多態(tài)。CXCL8基因的C202T、A302G兩個突變位點均處于Hard-Weinberg平衡(P0.05),C264T、A2471G兩個突變位點均不處于Hard-Weinberg平衡(P0.05)。4.CXCL8基因與奶牛的生產(chǎn)性狀及乳房炎的關(guān)聯(lián)分析利用SPSS 20.0進行最小二乘均值分析表明CXCL8基因A2471G位點與奶牛的乳脂率顯著相關(guān)(P0.05),AG基因型具有較低的乳脂率。中國荷斯坦奶牛CXCL8基因的生物信息學分析、多態(tài)位點檢測及其與產(chǎn)奶性狀和乳房炎的關(guān)聯(lián)分析,為進一步研究CXCL8基因的生物學功能提供了理論依據(jù),為了解其在乳房炎抗性中的作用機理提供一定的理論基礎(chǔ)。
【關(guān)鍵詞】：CXCL8 荷斯坦奶牛 乳房炎 SNPs 關(guān)聯(lián)分析
【學位授予單位】：西北農(nóng)林科技大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：S823;S858.23
【目錄】：

• 摘要6-8
• ABSTRACT8-12
• 第一章 綜述12-22
• 1.1 奶牛乳房炎12
• 1.2 乳房炎的分類12-14
• 1.2.1 隱性乳房炎12-13
• 1.2.2 臨床性乳房炎13
• 1.2.3 慢性乳房炎13-14
• 1.3 SNP概述14-17
• 1.3.1 SNP概念14
• 1.3.2 SNP主要檢測方法14-17
• 1.4 CXCL8簡介及研究現(xiàn)狀17-21
• 1.4.1 白介素17-18
• 1.4.2 白介素8及其研究現(xiàn)狀18-21
• 1.5 研究目的及意義21-22
• 第二章 CXCL8基因的生物信息學分析22-27
• 2.1 材料與方法22-23
• 2.1.1 材料22
• 2.1.2 試驗方法22-23
• 2.2 結(jié)果與分析23-26
• 2.2.1 奶牛CXCL8基因序列相似性比較23
• 2.2.2 奶牛CXCL8基因的系統(tǒng)進化樹分析23-24
• 2.2.3 奶牛CXCL8蛋白理化性質(zhì)分析24-25
• 2.2.4 奶牛CXCL8蛋白的亞細胞定位25
• 2.2.5 奶牛CXCL8蛋白的結(jié)構(gòu)域分析25-26
• 2.3 小結(jié)26-27
• 第三章 CXCL8基因遺傳變異檢測及其與乳房炎和產(chǎn)奶性狀的關(guān)聯(lián)分析27-37
• 3.1 試驗材料27-28
• 3.1.1 奶牛血樣采集27
• 3.1.2 儀器和設(shè)備27
• 3.1.3 藥品和試劑27-28
• 3.2 試驗步驟28-30
• 3.2.1 血樣采集28
• 3.2.2 血樣中DNA的提取28
• 3.2.3. 提取的血樣DNA檢測28
• 3.2.4 引物的設(shè)計28-29
• 3.2.5 PCR擴增、測序與酶切，，四引物檢測29-30
• 3.3 試驗結(jié)果30-33
• 3.3.1 CXCL8基因SNP位點檢測30-32
• 3.3.2 CXCL8基因SNP位點分型32-33
• 3.3.3 CXCL8基因SNP位點分布33
• 3.4 結(jié)果分析33-35
• 3.4.1 CXCL8基因的群體遺傳學分析33-34
• 3.4.2 CXCL8基因多態(tài)性與產(chǎn)奶性狀、乳房炎的關(guān)聯(lián)分析34-35
• 3.5 CXCL8基因在荷斯坦奶牛分子育種中的應(yīng)用理論35-36
• 3.5.1 荷斯坦奶牛生產(chǎn)性狀相關(guān)的CXCL8基因標記理論研究方案35
• 3.5.2 荷斯坦奶牛的本品種選育35-36
• 3.6 討論36
• 3.7 小結(jié)36-37
• 結(jié)論與創(chuàng)新點37-38
• 參考文獻38-44
• 附錄44-51
• 致謝51-52
• 作者簡介52

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