深入了解乳腺發(fā)育與泌乳的分子機制對于改善奶的生產(chǎn)能力有重要的指導意義，為找到miRNA在泌乳期乳腺的生長發(fā)育及泌乳過程中發(fā)揮的基因表達調(diào)控作用，本研究根據(jù)已有的嶗山奶山羊不同泌乳時期miRNA表達譜及奶牛乳腺組織轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)，通過聚類分析、靶基因預測及功能注釋等數(shù)據(jù)挖掘和生物信息學分析方法，對其中差異表達的miRNA做了乳腺發(fā)育相關的生物學解釋。經(jīng)生物信息學分析后，以嶗山奶山羊單克隆乳腺分泌上皮細胞為試驗材料，通過載體構(gòu)建和細胞轉(zhuǎn)染，利用qRT-PCR、雙熒光素酶報告基因系統(tǒng)及Western-blot等方法驗證miR-135a與PRLR基因的靶向關系。主要研究結(jié)果如下： （1）通過對miRNA在三個時期高通量測序表達譜中表達量的差異分析，在不同泌乳時期篩選到差異表達miRNA共有66個，其表達模式被聚為6類； （2）以奶牛不同泌乳期乳腺組織轉(zhuǎn)錄本為基礎，經(jīng)TargetScan6.2軟件進行靶基因預測后，共獲得62個miRNA調(diào)控的候選靶基因813個； （3）通過功能注釋，共對804條序列進行了GO注釋，其中有8個基因直接注釋到乳腺發(fā)育功能，分別為PRLR、TGFBR2、ERBB...

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【學位級別】：碩士

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中文摘要
ABSTRACT
1 引言
    1.1 MicroRNA 的研究進展
        1.1.1 miRNA 的基本特征及作用機制
        1.1.2 miRNA 的鑒定
        1.1.3 miRNA 靶基因的預測及驗證
        1.1.4 乳腺發(fā)育及泌乳相關 miRNA 的研究進展
        1.1.5 miR-135a 的在動物中的研究進展
    1.2 乳腺發(fā)育、泌乳及退化相關功能基因及通路
        1.2.1 GO 注釋與 KEGG 注釋
        1.2.2 JAK-STAT 信號通路
    1.3 PRLR 研究進展
    1.4 本研究的目的意義
2 材料和方法
    2.1 數(shù)據(jù)挖掘與分析
        2.1.1 試驗數(shù)據(jù)
        2.1.2 主要數(shù)據(jù)庫及生物分析軟件
        2.1.3 差異表達 miRNA 的篩選與聚類
        2.1.4 差異表達 miRNA 的靶基因的預測
        2.1.5 miRNA 及靶基因的生物信息學分析
    2.2 分子試驗材料與方法
        2.2.1 菌株、載體和細胞
        2.2.2 主要儀器設備
        2.2.3 主要試劑及來源
        2.2.4 常用試劑的配置
        2.2.5 miR-135a 真核表達載體及 PRLR 報告基因載體構(gòu)建
        2.2.6 重組載體去內(nèi)毒素質(zhì)粒提取
        2.2.7 乳腺上皮細胞轉(zhuǎn)染
        2.2.8 熒光定量 PCR 檢測 mir-135a 及 PRLR 基因表達量
        2.2.9 雙熒光素酶報告基因系統(tǒng)驗證 miR-135a 與 PRLR 靶向關系
        2.2.10 Western blot 檢驗 PRLR 蛋白表達量變化
        2.2.11 統(tǒng)計分析
3 結(jié)果與分析
    3.1 miRNA 表達譜的數(shù)據(jù)挖掘及生物信息學分析
        3.1.1 差異表達 miRNA 的篩選與聚類
        3.1.2 差異表達 miRNA 的靶基因預測
        3.1.3 miRNA 靶基因的生物信息學分析
    3.2 miR-135a 與 PRLR 靶向關系分析
        3.2.1 miR-135a 靶基因的生物信息學預測
        3.2.2 miR-135a 真核表達載體及 PRLR 報告基因載體構(gòu)建
        3.2.3 熒光定量 PCR 檢測 mir-135a 及其靶基因 PRLR 表達量
        3.2.4 雙熒光素酶報告基因系統(tǒng)驗證 miR-135a 與 PRLR 靶向關系
        3.2.6 miR-135a 對 PRLR 蛋白表達的影響
4 討論
    4.1 乳腺發(fā)育過程中 miRNA 的表達模式與其功能的相關性
    4.2 miRNA 靶基因預測及其功能預測的關系
    4.3 乳腺發(fā)育及泌乳相關的 miRNA 及其靶基因
    4.4 miR-135a 對乳腺發(fā)育及泌乳的調(diào)節(jié)作用
5 結(jié)論
參考文獻
附錄
致謝
攻讀碩士期間發(fā)表論文情況



本文編號：4041720