本研究旨在克隆版納微型豬近交系(BMI)PSP-I基因并對(duì)其進(jìn)行生物信息學(xué)分析。通過(guò)RT-PCR方法從15月齡BMI睪丸組織中克隆PSP-I基因,利用生物信息學(xué)方法分析其序列組成特征。結(jié)果表明:克隆的PSP-I基因mRNA序列長(zhǎng)420 bp,其中CDS長(zhǎng)241 bp,編碼79個(gè)氨基酸,推測(cè)編碼蛋白分子量為8.588 9 ku,理論等電點(diǎn)為8.64,酸性氨基酸(Asp+Glu)有8個(gè),堿性氨基酸(Lys+Arg)有10個(gè);PSP-I蛋白質(zhì)屬于穩(wěn)定蛋白,為疏水蛋白,無(wú)跨膜信號(hào)肽位點(diǎn),存在1個(gè)N-糖基化位點(diǎn)和8個(gè)潛在磷酸化位點(diǎn);無(wú)規(guī)則卷曲是PSP-I蛋白的主要結(jié)構(gòu)。

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將PSP-I基因進(jìn)行擴(kuò)增，特異性片段為420bp，經(jīng)電泳檢測(cè)，目的基因片段大小與預(yù)期片段大小一致（圖1）。2.2PSP-I基因序列分析

PSP-I蛋白質(zhì)不穩(wěn)定指數(shù)為34.99，屬于穩(wěn)定蛋白；脂溶指數(shù)為90.00，總的親水性平均系數(shù)（GrandAverageOfHydropathicity,GRAVY）為-0.241，具有疏水性。使用SignalP4.1對(duì)PSP-I蛋白進(jìn)行預(yù)測(cè)，表明PSP-I蛋白沒(méi)有信號(hào)....

圖4PSP-I蛋白跨膜信號(hào)肽位點(diǎn)預(yù)測(cè)NetPhos2.0預(yù)測(cè)表明，PSP-I蛋白存在8個(gè)磷酸化位點(diǎn)，其中5個(gè)絲氨酸（Ser）磷酸化位點(diǎn)（A51、A52、A62、A67、A77）、0個(gè)蘇氨酸（Thr）磷酸化位點(diǎn)、3個(gè)酪氨酸（Tyr）活性位點(diǎn)（A7、A24、A69）（圖6）。

NetPhos2.0預(yù)測(cè)表明，PSP-I蛋白存在8個(gè)磷酸化位點(diǎn)，其中5個(gè)絲氨酸（Ser）磷酸化位點(diǎn)（A51、A52、A62、A67、A77）、0個(gè)蘇氨酸（Thr）磷酸化位點(diǎn)、3個(gè)酪氨酸（Tyr）活性位點(diǎn)（A7、A24、A69）（圖6）。用SOPMA方法預(yù)測(cè)的PSP-I蛋白的二級(jí)....

本文編號(hào)：4008890