發(fā)布時(shí)間：2024-03-31 18:20

　　為探究奶牛集落刺激因子3(CSF3)基因的遺傳免疫功能,采用DNA混合池?cái)U(kuò)增后用直接測(cè)序法對(duì)奶牛CSF3基因的5個(gè)外顯子進(jìn)行單核苷酸多態(tài)性(SNP)位點(diǎn)篩選,并采用生物信息學(xué)方法對(duì)CSF3基因開(kāi)放閱讀框(ORF)區(qū)、編碼蛋白質(zhì)信號(hào)肽跨膜區(qū)、氨基酸理化性質(zhì)、蛋白質(zhì)親/疏水性、mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)、蛋白質(zhì)二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測(cè)分析。結(jié)果顯示,奶牛CSF3基因外顯子2上存在3個(gè)SNP位點(diǎn),分別為T⁶⁶C、C⁶⁷A、C¹¹⁸A,全部為錯(cuò)義突變,分別導(dǎo)致絲氨酸(Ser)、脯氨酸(Pro)變?yōu)榻M氨酸(His)。mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)結(jié)果表明,T⁶⁶C和C⁶⁷A降低了奶牛CSF3基因mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性,而C¹¹⁸A增大了其穩(wěn)定性。理化特征分析結(jié)果表明,奶牛CSF3基因全長(zhǎng)為1 460 bp,共編碼195個(gè)氨基酸,是一種混合型可溶蛋白,編碼產(chǎn)物存在信號(hào)肽跨膜區(qū),其二級(jí)結(jié)構(gòu)的主要成分為α-螺旋和無(wú)規(guī)則卷曲。

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【部分圖文】：

圖1奶牛CSF3基因PCR擴(kuò)增產(chǎn)物檢測(cè)

奶牛CSF3基因與NCBI中的該基因序列(NM_174028.1)進(jìn)行比對(duì),結(jié)果如圖2、圖3所示,奶牛CSF3基因共有3個(gè)SNP位點(diǎn),均位于外顯子2上,分別為T66C、C67A、C118A,全部為錯(cuò)義突變,分別導(dǎo)致絲氨酸(Ser)、脯氨酸(Pro)變?yōu)榻M氨酸(His)[10]。圖....

圖2奶牛CSF3基因擴(kuò)增產(chǎn)物測(cè)序發(fā)現(xiàn)的SNP位點(diǎn)

圖1奶牛CSF3基因PCR擴(kuò)增產(chǎn)物檢測(cè)圖3奶牛CSF3基因突變位點(diǎn)示意圖

圖3奶牛CSF3基因突變位點(diǎn)示意圖

圖2奶牛CSF3基因擴(kuò)增產(chǎn)物測(cè)序發(fā)現(xiàn)的SNP位點(diǎn)2.3奶牛CSF3基因SNP位點(diǎn)基因頻率

圖4奶牛CSF3基因各個(gè)位點(diǎn)mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)

表2奶牛CSF3基因SNP位點(diǎn)基因頻率Table2CSF3geneSNPlocusgenefrequencySNPs所處位置Location等位基因頻率AllelefrequencyT66C外顯子2Exon2T(0.79)C(0.21)C67....

本文編號(hào)：3944326