禽致病性大腸桿菌(avian pathogenic Escherichia. coli, APEC)為禽大腸桿菌病病原,可引起家禽局部或全身性感染,主要造成家禽敗血癥(sepsis)、心包炎(pericarditis)和氣囊炎(airsacculitis)等,該病原菌在世界范圍內(nèi)的流行對(duì)家禽業(yè)造成巨大的經(jīng)濟(jì)損失。目前,雖然很多與APEC菌株致病力相關(guān)的毒力因子已經(jīng)被報(bào)道,但是,不同來(lái)源和不同致病型菌株之間基因組的多樣性和頻繁的轉(zhuǎn)座事件及基因的水平轉(zhuǎn)移,為APEC的致病機(jī)制研究帶來(lái)很多困難。當(dāng)前,關(guān)于APEC的致病機(jī)制仍不甚清楚。 隨著第二代高通量測(cè)序技術(shù)的普及和第三代測(cè)序技術(shù)的開(kāi)發(fā),測(cè)序成本越來(lái)越低,獲得序列信息的病原微生物越來(lái)越多,為揭示病原微生物的致病機(jī)制及其規(guī)律提供了新的行之有效的方法。目前,NCBI基因組數(shù)據(jù)庫(kù)中只有2株APEC的全基因組序列信息,對(duì)APEC菌株的全基因組信息了解還比較少,為了更好地研究禽致病性大腸桿菌的遺傳規(guī)律和致病機(jī)制,我們選取了2株APEC優(yōu)勢(shì)血清型078血清型菌株,進(jìn)行了全基因組的測(cè)序和比較基因組分析的研究,主要研究?jī)?nèi)容包括： 1.禽致病性大腸桿菌全基因...

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略詞
1 文獻(xiàn)綜述
    1.1 微生物基因組學(xué)研究
        1.1.1 微生物基因組學(xué)的研究背景
        1.1.2 基因組測(cè)序技術(shù)的發(fā)展
        1.1.3 基因組學(xué)的研究方法
        1.1.4 微生物基因組學(xué)的應(yīng)用
    1.2 禽致病性大腸桿菌研究進(jìn)展
        1.2.1 禽致病性大腸桿菌病原學(xué)
        1.2.2 禽致病性大腸桿菌流行病學(xué)
        1.2.3 禽致病性大腸桿菌毒力因子研究進(jìn)展
        1.2.4 禽致病性大腸桿菌基因組學(xué)研究進(jìn)展
2 研究目的和意義
3 材料和方法
    3.1 材料
        3.1.1 菌株
        3.1.2 主要工具酶及試劑
        3.1.3 主要培養(yǎng)基及溶液的配制
        3.1.4 主要儀器與設(shè)備
    3.2 方法
        3.2.1 測(cè)序菌株的保存與復(fù)蘇
        3.2.2 細(xì)菌全基因組的提取
        3.2.3 禽致病性大腸桿菌基因組序列的測(cè)定
        3.2.4 禽致病性大腸桿菌基因組注釋與分析
        3.2.5 禽致病性大腸桿菌比較基因組學(xué)分析
        3.2.6 禽致病性大腸桿菌基因組進(jìn)化分析
4 結(jié)果與分析
    4.1 所測(cè)禽致病性大腸桿菌的基本特征
    4.2 所測(cè)禽致病性大腸桿菌基因組的基本特征
        4.2.1 所測(cè)菌株基因組測(cè)序拼接結(jié)果的統(tǒng)計(jì)
        4.2.2 所測(cè)菌株基因組基本結(jié)構(gòu)和特征
        4.2.3 基因組中的插入序列(IS)的分析
        4.2.4 基因組中的噬菌體相關(guān)編碼基因
    4.3 禽致病性大腸桿菌比較基因組學(xué)分析
        4.3.1 4株禽致病性大腸桿菌同源基因聚類(lèi)分析
        4.3.2 基因組共線性分析
        4.3.3 插入和缺失分析
    4.4 相關(guān)質(zhì)粒的分析
    4.5 相關(guān)毒力因子的分析
    4.6 基因組進(jìn)化分析
5 討論
    5.1 基因組測(cè)序策略
    5.2 比較基因組學(xué)分析
    5.3 相關(guān)質(zhì)粒的分析
    5.4 相關(guān)毒力因子的分析
    5.5 后續(xù)工作展望
6 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
附錄



本文編號(hào)：3812286