本文關(guān)鍵詞：三種三齒線蟲線粒體全基因組擴增與親緣關(guān)系分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：三齒線蟲是寄生于馬、驢、騾等馬屬動物大腸內(nèi)的小型圓線蟲。它呈世界性分布,可導致宿主貧血和卡他性炎癥、創(chuàng)傷和潰瘍,胃腸道障礙、營養(yǎng)不良、消瘦,給畜牧業(yè)生產(chǎn)造成嚴重的經(jīng)濟損失。目前對三齒線蟲的研究僅限于蟲體形態(tài)學、流行病學、病原診斷及綜合防治等方面,關(guān)于線粒體基因組序列分析及親緣關(guān)系的研究還未見報道。本研究的蟲體采自然感染馬匹,經(jīng)形態(tài)學鑒定為鋸齒三齒線蟲(Triodontophorus serratus)、短尾三齒線蟲(T.brevicauda)和日本三齒線蟲(T.nipponicus)后,采用PCR方法對三種三齒線蟲線粒體基因組全序列進行擴增、分析。結(jié)果:鋸齒三齒線蟲、短尾三齒線蟲和日本三齒線蟲線粒體基因組全序列長度分別為13 794 bp、14 305 bp、13 701 bp。每個線粒體基因組均包含36個基因,即12個蛋白編碼基因、22個t RNA基因和2個r RNA基因;非編碼區(qū)(noncoding region)分別為2個、3個和2個。三種三齒線蟲線粒體基因組全序列的同源性分別為86.5%(鋸齒~短尾)、86.4%(短尾~日本)、85.6%(日本~鋸齒),12個蛋白編碼基因串聯(lián)氨基酸序列的同源性分別為93.6%(鋸齒~短尾)、93.4%(短尾~日本)、92.8%(日本~鋸齒)。三種線蟲12個蛋白編碼基因長度相同,編碼基因長度順序為:nad5cox1nad4cytbnad1nad2cox3cox2atp6nad6nad3nad4L。三種三齒線蟲的基因排列順序均屬于GA3型。為探討三種三齒線蟲之間及與其它圓線蟲間的親緣關(guān)系,以串聯(lián)的12個蛋白編碼基因氨基酸序列為基因標記,采用最大簡約法(maximum parsimony,MP)、最大似然法(maximum likelihood,ML)及貝葉斯法(Bayesian inference,BI)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹。結(jié)果三種方法構(gòu)建的進化樹相同或相似,進化樹形成兩個大的分支,寄生于消化系統(tǒng)和呼吸系統(tǒng)的線蟲各形成一個分支;三種三齒線蟲位于消化系統(tǒng)這一分支上,且與杯環(huán)屬和圓線屬形成一個小的分支,三齒屬與杯環(huán)屬的關(guān)系較圓線屬近,鋸齒三齒線蟲與短尾三齒線蟲的關(guān)系較日本三齒線蟲近。本研究首次獲得了鋸齒三齒線蟲、短尾三齒線蟲和日本三齒線蟲線粒體基因組全序列,不僅對寄生線蟲的線粒體基因組庫進行了補充,同時也為進一步研究三齒屬線蟲的遺傳變異、分子分類和進化奠定了基礎(chǔ)。
【關(guān)鍵詞】：鋸齒三齒線蟲 短尾三齒線蟲 日本三齒線蟲 線粒體基因組 進化分析
【學位授予單位】：黑龍江八一農(nóng)墾大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：S852.7
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-9
• 第一章 文獻綜述9-37
• 1.1 三齒線蟲病11-15
• 1.1.1 病原11
• 1.1.2 三種三齒線蟲的形態(tài)特征11-13
• 1.1.3 三齒線蟲的生活史13
• 1.1.4 三齒線蟲的流行病學13-14
• 1.1.5 三齒線蟲病的臨床癥狀及危害14
• 1.1.6 三齒線蟲病的防治14-15
• 1.2 線蟲mt DNA的研究概況15-35
• 1.2.1 線蟲線粒體基因組特點15-33
• 1.2.2 線粒體基因組的應(yīng)用33-35
• 1.3 研究的目的和意義35-37
• 第二章 材料與方法37-51
• 2.1 材料37-39
• 2.1.1 蟲體樣本37
• 2.1.2 主要儀器37
• 2.1.3 試劑和酶37-38
• 2.1.4 溶液的配制38
• 2.1.5 培養(yǎng)基的配制38-39
• 2.1.6 主要應(yīng)用軟件39
• 2.1.7 引物的設(shè)計與合成39
• 2.2 方法39-51
• 2.2.1 蟲體總DNA的提取39-43
• 2.2.2 三種三齒線蟲線粒體基因組各部分的擴增及測序43-47
• 2.2.3 三種三齒線蟲線粒體基因組的拼接與分析47-48
• 2.2.4 系統(tǒng)發(fā)生的研究48-51
• 第三章 結(jié)果51-83
• 3.1 三種三齒線蟲線粒體全基因組中各段基因序列的擴增及鑒定51-61
• 3.2 三種三齒線蟲線粒體基因組全序列的分析61-78
• 3.2.1 三種三齒線蟲線粒體基因組的特征分析61-68
• 3.2.2 三種三齒線蟲t RNA和r RNA基因68-74
• 3.2.3 三種三齒線蟲的非編碼區(qū)74
• 3.2.4 三種三齒線蟲線粒體基因組的基因排列順序和密碼子的使用74
• 3.2.5 親緣關(guān)系分析74-78
• 3.3 討論78-83
• 3.3.1 三種三齒線蟲線粒體基因組的結(jié)構(gòu)特征78-79
• 3.3.2 蛋白編碼基因的特征79-80
• 3.3.3 tRNA基因和r RNA基因80-81
• 3.3.4 非編碼區(qū)81
• 3.3.5 進化分析81-83
• 第四章 全文結(jié)論83-85
• 附錄85-91
• 參考文獻91-103
• 致謝103-105
• 個人簡歷105-106

【參考文獻】

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本文編號：371078