本文關鍵詞：穩(wěn)定表達SHEV ORF3的HepG2細胞的轉錄組研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus, HEV)導致的肝炎已經(jīng)成為一個重要的世界性公共衛(wèi)生問題,嚴重影響著人類的生活。SHEV是一種以豬作為宿主的HEV。ORF3蛋白作為一種調控蛋白,影響著靶細胞的多種信號通路。為了揭示SHEV ORF3對靶細胞的作用機理,本研究實驗一根據(jù)SHEV ORF3基因序列,設計該基因的上下游引物,通過聚合酶鏈式反應從pET42a-ORF3質粒中克隆出基因ⅣV型MEVORF3基因,同時與綠色熒光表達載體pEGFP-N1進行雙酶切,構建pEGFP-ORF3和pEGFP慢病毒載體,將慢病毒載體在HEK 293T細胞內包裝成病毒顆粒,將病毒顆粒感染HepG2細胞,篩選單克隆細胞,使pEGFP-ORF3和pEGFP在HepG2細胞中穩(wěn)定表達。運用流式細胞術和Western blotting進行鑒定,成功建立了HepG2-pEGFP-ORF3穩(wěn)定表達細胞系。實驗二提取HepG2-pEGFP-ORF3穩(wěn)定細胞系的總RNA,應用RNA-seq對HepG2-pEGFP-ORF3細胞系進行測序,分析差異基因表達的情況,qRT-PCR對差異基因進行進一步驗證,通過Gene Ontology對差異顯著的基因進行分類。結果表明,在ORF3的穩(wěn)定表達細胞系HepG2-pEGFP-ORF3中,HepG2細胞的CLDN6、YLPM1、 APOC3、NLRP1、SCARA3、FGA、FGG、FGB和FREM1基因的mRNA水平表達上調；而SLC2A3、DKK1、BPIFB2和PTGR1基因的mRNA水平下調。其中,CLDN6和FREM1基因的表達失調可能導致膜蛋白表達以及基底膜蛋白的完整性失調；NLRP1的表達失調可能會引起HepG2細胞的凋亡；PTGR1的表達失調可能會導致HepG2細胞凋亡。尤其值得注意的是,APOC3、SCARA3和DKK1的表達失調,可能影響到HepG2細胞的脂質代謝。本研究為進一步認識SHEV ORF3的功能提供了科學的線索,對揭示SHEV的致病機理及HE的治療具有重要意義。
【關鍵詞】：豬戊型肝炎病毒 開放閱讀框3 人肝癌細胞 轉錄組測序
【學位授予單位】：海南大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：S852.65
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-9
• 第一章 綜述9-19
• 1 HEV的研究進展9-15
• 1.1 HEV的研究概況9-10
• 1.2 HEV分子流行病學10
• 1.3 HEV基因類型及分布10-11
• 1.4 HEV的基因組結構11-13
• 1.5 HEV ORF3蛋白研究進展13-15
• 1.5.1 ORF3蛋白結構13
• 1.5.2 ORF3蛋白功能13-15
• 2 轉錄組測序的研究進展15-18
• 2.1 轉錄組測序15
• 2.2 轉錄組測序原理及應用15-18
• 2.2.1 轉錄組測序步驟15-16
• 2.2.2 轉錄組測序原理16
• 2.2.3 轉錄組測序應用16-18
• 3 研究目的及意義18-19
• 第二章 建立穩(wěn)定表達SHEV ORF3基因的HepG2細胞系19-36
• 1 實驗材料19-23
• 1.1 細胞和菌種19-20
• 1.2 主要試劑20-21
• 1.3 主要儀器21
• 1.4 主要溶液配制方法21-23
• 1.4.1 細胞培養(yǎng)以及常用溶液配制21-22
• 1.4.2 Western blotting常用溶液配制22-23
• 2 實驗方法23-32
• 2.1 穩(wěn)定細胞系的建立23-32
• 2.1.1 HepG2細胞的培養(yǎng)23-25
• 2.1.2 慢病毒載體的構建25-28
• 2.1.3 慢病毒包裝28
• 2.1.4 慢病毒感染HepG2細胞28
• 2.1.5 穩(wěn)定細胞系的篩選28-29
• 2.1.6 流式細胞術鑒定29
• 2.1.7 Western blotting鑒定29-32
• 3 結果與分析32-34
• 3.1 穩(wěn)定細胞系的建立及鑒定32-34
• 3.1.1 慢病毒綠色熒光蛋白感染HepG2的效率觀察32
• 3.1.2 單克隆細胞的鑒定32-33
• 3.1.3 Western blotting鑒定33-34
• 4 討論34-36
• 第三章 穩(wěn)定表達SHEV ORF3基因的HepG2細胞轉錄組測序及分析36-55
• 1 實驗材料36-38
• 1.1 細胞36
• 1.2 主要試劑36-37
• 1.3 主要儀器37
• 1.4 主要溶液配制方法37-38
• 2 實驗方法38-42
• 2.1 細胞培養(yǎng)與樣本收集38
• 2.2 穩(wěn)定細胞系總RNA的提取38
• 2.3 mRNA的建庫和測序38-39
• 2.4 RNA-seq分析39-40
• 2.4.1 測序數(shù)據(jù)處理39-40
• 2.4.2 基因水平差異表達研究40
• 2.5 差異基因進行qRT-PCR驗證40-42
• 2.5.1 總RNA的反轉錄40-41
• 2.5.2 qRT-PCR技術檢測mRNA41-42
• 2.6 差異表達mRNA分析42
• 3 結果與分析42-53
• 3.1 測序數(shù)據(jù)預處理結果42-43
• 3.2 參考基因組比對43-45
• 3.2.1 測序數(shù)據(jù)與參考基因組比對的reads統(tǒng)計43-44
• 3.2.2 參考基因組比對區(qū)域以及密度分布44-45
• 3.3 基因表達水平分析45-47
• 3.3.1 基因表達值分布45-46
• 3.3.2 基因表達值密度46-47
• 3.4 差異基因表達水平分析47-52
• 3.4.1 差異基因表達水平火山圖分析47-48
• 3.4.2 Venn圖篩選共有差異表達基因48-49
• 3.4.3 共有差異表達基因熱圖49-52
• 3.5 qRT-PCR驗證52
• 3.6 顯著差異表達基因GO聚類分析52-53
• 4 討論53-55
• 結論55-56
• 英文縮略對照表56-58
• 參考文獻58-66
• 附錄66-74
• 致謝74

【參考文獻】

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  本文關鍵詞：穩(wěn)定表達SHEV ORF3的HepG2細胞的轉錄組研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：298447