發(fā)布時間：2017-10-05 14:24

  本文關(guān)鍵詞：廣州市男男性行為人群HIV-1感染者的亞型分布及輔助受體預(yù)測分析

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【摘要】：目的了解2008年至2012年廣州市男男性行為人群中HIV-1感染者的基因亞型動態(tài)分布,探索新的流行重組型CRF和獨(dú)特重組型URF,分析目標(biāo)人群的V3環(huán)頂端四肽的特征及變異情況,預(yù)測研究樣本中病毒對輔助受體的利用。方法選擇2008年至2012年廣州地區(qū)新確證且現(xiàn)住址為廣州、經(jīng)男男性行為傳播、尚未接受抗病毒治療的HIV-1抗體陽性的血清樣本986份,從中提取病毒RNA,經(jīng)過兩輪的巢式逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Nested-PCR)擴(kuò)增gag區(qū)和env區(qū)基因,第二輪產(chǎn)物進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳,將成功擴(kuò)增的樣本由測序公司進(jìn)行純化和測序。使用Chromas軟件對基因序列和波形圖峰值進(jìn)行剪輯與分析,使用MEGA6.0軟件將樣本gag區(qū)和env區(qū)的基因序列進(jìn)行排列、對比、校正。使用鄰位連接法(Neighbor Joining)構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。綜合考慮gag區(qū)和env區(qū)基因的亞型的分析結(jié)果,最終確定樣本亞型。使用Geno2pheno[coreceptor]2.5對HIV-1輔助受體進(jìn)行預(yù)測。人口學(xué)資料使用SPSS17.0軟件進(jìn)行統(tǒng)計分析。結(jié)果1.2008年至2012年廣州地區(qū)MSM樣本人群多為20-39歲青壯年,占80%以上;以未婚人士居多,占39%以上;大專及以上占20%以上。2.2008年至2012年廣州地區(qū)MSM人群陽性感染者中,存在著多種HIV-1亞型,有B、A、F1、CRF01_AE、CRF07_BC、CRF59_01B、CRF54_01B,其中以CRF01_AE和CRF07_BC為主,其次為B亞型。B亞型近年來所占比例逐漸降低,重組型URF所占比例逐年增高。3.在2008年至2009年廣州MSM人群中,CRF01_AE重組型的V3環(huán)頂端四肽存在GPGQ(88.1%)、GPGR(7.3%)、GPGK(3.4%)、GPGA(0.2%)、GPGS(0.7%)、GPGM(0.2%)六種類型,以GPGQ為主。B亞型存在GPGR、GPGS、GWGR、APGR、AGGR等13種類型。CRF07_BC重組型中存在GPGQ(99.4%)、GPGR(0.3%)、GPAQ(0.3%)三種類型,以GPGQ為主。CRF59_01B重組型僅存在5例GPGR(45.5%)和6例GPGK(54.5%)兩種類型。唯一1例CRF54_01B重組型V3環(huán)頂端四肽為GPGQ。4.861份樣本中約有65.5%的毒株使用CCR5作為輔助受體,約有34.5%的病毒使用CXCR4或CCR5/CXCR4作為輔助受體。64.7%的CRF01_AE重組型病毒使用CXCR4或CCR5/CXCR4作為輔助受體,而99.0%的CRF07_BC重組型病毒和85.7%的B亞型使用CCR5作為輔助受體。唯一一例CRF54_01B重組型為CXCR4或CCR5/CXCR4,72.7%的CRF59_01B重組型為CCR5,78.0%的URF為CCR5。結(jié)論1.2008年至2012年廣州市MSM樣本人群HIV-1感染者平均年齡在30歲左右,多為20-39歲的青壯年,以未婚者居多,文化程度較高。2.在2008年至2012年廣州市MSM樣本人群陽性感染者中,存在著多種HIV-1亞型的流行,以CRF01_AE和CRF07_BC流行重組型為優(yōu)勢流行株,其次為B亞型,但近年有所降低。近年來MSM人群出現(xiàn)新的流行株CRF59_01B,CRF59_01B,獨(dú)特重組型URF逐年增多。3.在2008年至2012年廣州市MSM樣本人群中,CRF01_AE重組型的V3環(huán)頂端四肽存在GPGQ、GPGR、GPGK、GPGA、GPGS、GPGM六種類型,以GPGQ為主。B亞型中頂端四肽的變異顯著,存在13種類型,遠(yuǎn)大于CRF01_AE和CRF07_BC重組型。CRF07_BC重組型中GPGQ占大多數(shù),呈現(xiàn)出較高的保守性。CRF59_01B重組型僅存在5例GPGR和6例GPGK。4.在本次研究樣本中,約有65.5%的毒株可能使用CCR5作為輔助受體,為NSI病毒。約有34.5%的病毒被預(yù)測為CXCR4或CCR5/CXCR4輔助受體。不同的HIV-1亞型的輔助受體表現(xiàn)出不一樣的特征。
【關(guān)鍵詞】：MSM人群 HIV-1 亞型 輔助受體
【學(xué)位授予單位】：廣東藥學(xué)院
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：R512.91
【目錄】：

• 摘要5-8
• ABSTRACT8-11
• 一、前言11-14
• 二、材料與方法14-21
• 1 材料14-15
• 1.1 樣本來源14
• 1.2 實(shí)驗(yàn)試劑14
• 1.3 實(shí)驗(yàn)設(shè)備14-15
• 2 實(shí)驗(yàn)方法15-21
• 2.1 病毒RNA的提取15-16
• 2.2 目的基因的擴(kuò)增16-19
• 2.3 產(chǎn)物鑒定19
• 2.4 PCR產(chǎn)物的純化與測序19
• 2.5 序列分析與確定亞型19-20
• 2.6 輔助受體預(yù)測20
• 2.7 統(tǒng)計分析20-21
• 三、結(jié)果21-26
• 1 人口學(xué)特征21-22
• 2 HIV-1 亞型的分布特點(diǎn)22-24
• 2.1 env區(qū)和gag區(qū)擴(kuò)增22-23
• 2.2 亞型分布23-24
• 3 V3 環(huán)頂端四肽特征24
• 4 輔助受體預(yù)測24-26
• 四、討論26-30
• 1 人口學(xué)特征26
• 2 HIV-1 亞型的分布特點(diǎn)26-27
• 3 V3 環(huán)頂端四肽特征27-28
• 4 輔助受體預(yù)測28-30
• 五、全文小結(jié)30-31
• 六、不足之處及展望31-32
• 參考文獻(xiàn)32-36
• 綜述36-43
• 參考文獻(xiàn)40-43
• 研究生期間發(fā)表論文43-44
• 附錄（英文縮略詞表）44-45
• 致謝45

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前6條

1 楊成勇;劉翌;;HIV-1 gag與gp41基因片段的序列特征與亞型研究[J];病毒學(xué)報;2006年01期

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3 劉志英;李海英;張彤;黃曉婕;魏飛力;徐萌;焦艷梅;徐小寧;陳德喜;吳昊;;北京市部分男男同性戀人群中HIV-1分子流行病學(xué)研究[J];首都醫(yī)科大學(xué)學(xué)報;2009年05期

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本文編號：977297