本文關(guān)鍵詞：全球背景下人源甲型流感病毒傳播行為分析

  更多相關(guān)文章： 人源甲型流感病毒 傳播行為特征 傳播網(wǎng)絡(luò) 網(wǎng)絡(luò)特征參數(shù)

【摘要】：一直以來,流行性感冒長期肆虐人類。特別是到了二十世紀(jì),流感病毒多次變異造成了嚴(yán)重的人源甲型流感大爆發(fā)。甲型流感病毒自身變異性極強,導(dǎo)致了流感強大的傳播能力。加之交通工具日益發(fā)展,大大加快了流感疫情的傳播速度,兩者相互結(jié)合使得流感病毒的防控成為了世界各國的難題。本文以全球性流感監(jiān)控數(shù)據(jù)為研究對象,利用生物信息學(xué)方法結(jié)合疫情地理、時間信息探索人源甲型流感病毒的傳播行為特征。其成果的取得,期望能夠從全球的角度及時、準(zhǔn)確地分析近期的人源流感傳播行為特征,為科學(xué)地防控流感大流行提供知識儲備和理論基礎(chǔ),從而提高流感疫情的防控能力。論文提出了兩類病毒序列的相似度分類方法,在分類的基礎(chǔ)上,建立流感病毒傳播子網(wǎng),通過對網(wǎng)絡(luò)參數(shù)分析挖掘出流感病毒傳播特征,并以此作為防治流感病毒的理論基礎(chǔ)和理論依據(jù)。論文的主要工作包括:(1)提出了兩種蛋白質(zhì)序列特征提取方法,并以兩種特征提取方法為基礎(chǔ),提出了人源甲型流感病毒HA基因蛋白序列相似度計算方法,通過對經(jīng)典ND蛋白序列的相似度分析驗證了相似度計算方法的有效性,并將方法應(yīng)用于甲型流感病毒蛋白質(zhì)序列的分類。(2)提出了全球背景下人源甲型流感病毒傳播網(wǎng)絡(luò)的建立方法。該方法首先利用序列的特征向量進行PCA降維聚類,分離出變異子群的毒株。然后以地點為節(jié)點,以分代傳播為模型,建立新型毒株樣本對應(yīng)的傳播網(wǎng)絡(luò)。提出了幾個網(wǎng)絡(luò)參數(shù)作為流感病毒傳播的特征指標(biāo),以節(jié)點度、傳播距離、傳播時間、傳播速率等作為探究流感病毒傳播中重要地點、傳播廣度、傳播快慢的幾個重要特征指標(biāo)。(3)構(gòu)建了1975年至2015年人源甲型H1N1和H3N2流感病毒的傳播網(wǎng)絡(luò),以網(wǎng)絡(luò)參數(shù)作為特征指標(biāo)探究全球背景下人源甲型H1N1和H3N2流感病毒在1975年至2015年的傳播行為特征。
【關(guān)鍵詞】：人源甲型流感病毒 傳播行為特征 傳播網(wǎng)絡(luò) 網(wǎng)絡(luò)特征參數(shù)
【學(xué)位授予單位】：石家莊鐵道大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R511.7
【目錄】：

• 摘要3-4
• Abstract4-9
• 第一章 緒論9-17
• 1.1 課題研究背景9-10
• 1.2 課題研究的目的及意義10-11
• 1.2.1 課題研究目的10
• 1.2.2 課題研究意義10-11
• 1.3 流感病毒進化與傳播的研究現(xiàn)狀11-14
• 1.3.1 國外研究現(xiàn)狀11-13
• 1.3.2 國內(nèi)研究現(xiàn)狀13-14
• 1.4 研究內(nèi)容及研究方法14-15
• 1.4.1 主要研究內(nèi)容14
• 1.4.2 主要研究方法14-15
• 1.5 論文結(jié)構(gòu)安排15-17
• 第二章 流感及流感病毒相關(guān)知識17-25
• 2.1 概述17
• 2.2 流感病毒概況17-20
• 2.2.1 流感病毒簡介17-19
• 2.2.2 甲型流感流行史19-20
• 2.3 流感病毒的變異20-21
• 2.4 生物信息學(xué)研究21-23
• 2.4.1 生物信息學(xué)簡介22
• 2.4.2 流感病毒數(shù)據(jù)庫22-23
• 2.5 本章小結(jié)23-25
• 第三章 人源甲型流感病毒蛋白質(zhì)序列相似度分析方法25-43
• 3.1 概述25-26
• 3.2 兩種蛋白質(zhì)序列特征提取方法26-31
• 3.2.1 基于k詞的蛋白質(zhì)序列特征提取方法26-27
• 3.2.2 基于氨基酸物理化學(xué)性質(zhì)的特征提取方法27-31
• 3.3 特征提取方法在序列相似度分析中的應(yīng)用31-41
• 3.3.1 序列相似度計算方法33-34
• 3.3.2 ND5蛋白質(zhì)樣本的相似度分析34-39
• 3.3.3 流感病毒樣本的相似度分析39-41
• 3.4 本章小結(jié)41-43
• 第四章 人源甲型流感病毒傳播網(wǎng)絡(luò)分析方法43-63
• 4.1 概述43
• 4.2 新舊兩類病毒毒株的分離43-48
• 4.2.1 毒株樣本的獲取44-45
• 4.2.2 毒株經(jīng)緯度信息的獲取45
• 4.2.3 基于PCA降維的子群劃分方法45-48
• 4.3 流感病毒傳播網(wǎng)絡(luò)的建立48-56
• 4.3.1 節(jié)點的確定48-50
• 4.3.2 節(jié)點連通情況的確定50-53
• 4.3.3 邊長的計算方法53-56
• 4.4 流感病毒傳播網(wǎng)絡(luò)的特征指標(biāo)56-62
• 4.4.1 度56-59
• 4.4.2 傳播距離59-61
• 4.4.3 傳播時間61
• 4.4.4 傳播速率61-62
• 4.5 本章小結(jié)62-63
• 第五章 人源甲型流感病毒傳播行為分析(1975-2015)63-74
• 5.1 概述63-64
• 5.2 全球背景下H1N1病毒傳播行為分析64-70
• 5.2.1 H1N1大樣本的序列聚類及子群劃分64-67
• 5.2.2 H1N1流感病毒傳播子網(wǎng)的建立67
• 5.2.3 H1N1流感病毒傳播行為特征分析67-70
• 5.3 全球背景下H3N2病毒傳播行為分析70-73
• 5.3.1 H3N2大樣本的序列聚類及子群劃分71
• 5.3.2 H3N2流感病毒傳播子網(wǎng)的建立71
• 5.3.3 H3N2流感病毒傳播行為特征分析71-73
• 5.4 本章小結(jié)73-74
• 第六章 結(jié)論與展望74-76
• 6.1 結(jié)論74-75
• 6.2 展望75-76
• 參考文 獻76-81
• 致謝81-82
• 個人簡歷、在學(xué)期間的研究成果及發(fā)表的學(xué)術(shù)論文82-83

【相似文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 ;什么方式可以殺滅甲型H1N1流感病毒?[J];中華疾病控制雜志;2009年03期

2 ;為什么“豬流感病毒”改稱甲型H1N1流感病毒?[J];中華疾病控制雜志;2009年03期

3 高峰;;甲型H1N1流感病毒大流行的預(yù)防應(yīng)重視兒童及中青年患者[J];醫(yī)學(xué)與哲學(xué)(臨床決策論壇版);2009年07期

4 李皓;;流感病毒與防控措施[J];科技潮;2009年12期

5 魏成軍;江新泉;高佩安;;甲型H1N1流感病毒特征及快速檢驗方法[J];醫(yī)學(xué)研究雜志;2011年04期

6 陳慧英;;流感病毒將可“定位追蹤”[J];瀘州科技;2013年03期

7 苗鳳源;;經(jīng)鼻接種A型流感病毒對鼷鼠嗅粘膜的影響[J];國外醫(yī)學(xué).耳鼻咽喉科學(xué)分冊;1987年02期

8 劉美琴,白小平,樊陜生,肖和宇;B型流感病毒流感22例報告(摘要)[J];臨床兒科雜志;1988年06期

9 郝莉萍;于樹芬;俞秀廉;齊云華;;荊、防、柴、菊抑制流感病毒的實驗研究[J];人民軍醫(yī);1992年11期

10 鄭賓;鐘江;;禽流感蔓延給人類敲響警鐘[J];科學(xué)生活;2005年11期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 伍銳;段正贏;劉澤文;楊克禮;梁望旺;鄧均華;周丹娜;田永祥;;A型流感病毒為載體的開發(fā)及其應(yīng)用[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會畜牧獸醫(yī)生物技術(shù)學(xué)分會暨中國免疫學(xué)會獸醫(yī)免疫分會第八次學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2010年

2 杜雄偉;李葉;楊卓;;A型流感病毒對小鼠致病機制的研究進展[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會家畜傳染病學(xué)分會第七屆全國會員代表大會暨第十三次學(xué)術(shù)研討會論文集（上冊）[C];2009年

3 曲敬來;;流感病毒A上呼吸道感染快速診治的研究[A];中醫(yī)藥防治感染病之研究（九）——第九次全國中醫(yī)藥防治感染病學(xué)術(shù)交流大會論文集[C];2009年

4 高福;;流感病毒侵入與多肽抑制藥物[A];第二屆傳染病診治高峰論壇暨2009年浙江省感染病、肝病學(xué)術(shù)年會論文匯編[C];2009年

5 楊琴;張興曉;楊靈芝;郭慶棟;;流感病毒在三種細(xì)胞中的生長對比[A];山東畜牧獸醫(yī)學(xué)會禽病學(xué)專業(yè)委員會第一次學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2009年

6 袁達(dá)康;黃勇;楊華可;黎景全;李艷芬;;東莞市2004-2008年流感病毒監(jiān)測結(jié)果及分析[A];新發(fā)傳染病防治學(xué)習(xí)研討會論文集[C];2008年

7 高玉偉;夏咸柱;扈榮良;王立剛;劉丹;鄒嘯環(huán);黃耕;賀文琦;;虎流感病毒的分離、鑒定、基因分析與抗體調(diào)查(摘要)[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會家畜傳染病學(xué)分會成立20周年慶典暨第十次學(xué)術(shù)研討會論文集（下）[C];2003年

8 李葉;廖明;辛朝安;;A型流感病毒對小鼠致病機制的研究進展[A];人畜共患傳染病防治研究新成果匯編[C];2004年

9 曲敬來;常曉;;流感病毒A上呼吸道感染快速診治的研究[A];2005年全國危重病急救醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)會議學(xué)術(shù)論文集[C];2005年

10 祝艷華;王雯慧;陳懷濤;;中藥抗流感病毒作用的研究進展[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會獸醫(yī)病理學(xué)分會第十五次、中國病理生理學(xué)會動物病生專業(yè)委員會第十四次學(xué)術(shù)討論會論文集[C];2007年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 記者 江卉邋通訊員 胡運海 實習(xí)生 汪紅燕;今冬江城流感病毒有加劇趨勢[N];湖北日報;2008年

2 ;新流感病毒可能已在豬身上悄悄傳播多年[N];新華每日電訊;2009年

3 記者 葛進　陳超;日拍到新型流感病毒真實形態(tài)[N];科技日報;2009年

4 特約記者 吳志軍　記者 蔡鵬程;研制成功迅速殺滅流感病毒新產(chǎn)品[N];解放軍報;2009年

5 河北省邢臺市第一醫(yī)院副主任醫(yī)師 黃根柱;流感病毒有四怕[N];健康報;2009年

6 本報記者 馬佳;陳繼明：為流感病毒繪制族譜[N];北京科技報;2009年

7 江南雪舞;禽流感病毒與流感病毒有何關(guān)系？[N];大眾衛(wèi)生報;2005年

8 主任醫(yī)師 冀衡;流感病毒[N];農(nóng)村醫(yī)藥報（漢）;2003年

9 楊孝文　編譯;揭開20世紀(jì)初西班牙大流感致命秘密[N];北京科技報;2007年

10 本報駐美國記者 毛黎;“狼”依然在家門口徘徊[N];科技日報;2008年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 張文婧;抗A型流感病毒和腸道病毒71型天然化合物的篩選及其抗病毒分子機制研究[D];武漢大學(xué);2012年

2 吳玲;A型流感病毒四種亞型同步檢測分型方法建立及兩株H5N1亞型禽流感病毒地方株的特性研究[D];武漢大學(xué);2013年

3 范文輝;犬Ⅲ型干擾素的功能特點及B型流感病毒NEP蛋白出核功能研究[D];廣西大學(xué);2015年

4 申新田;寡聚噻吩及皂苷類衍生物抑制流感病毒進入靶細(xì)胞的作用及機制[D];南方醫(yī)科大學(xué);2015年

5 趙化陽;小鼠動物模型在哮喘氣道高反應(yīng)治療和抗流感藥物篩選中的應(yīng)用研究[D];中國農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

6 萬志敏;抗體壓下H9N2流感病毒囊膜糖蛋白關(guān)鍵抗原表位氨基酸的變異分析[D];揚州大學(xué);2015年

7 林焱;H3N2亞型犬流感病毒江蘇分離株基因組特征與致病特性研究[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

8 高偉;新型甲型H1N1流感病毒致ALI發(fā)病機制研究—炎癥、細(xì)胞凋亡以及免疫調(diào)控[D];南京大學(xué);2012年

9 陽元娥;抗甲型流感病毒卵黃抗體的制備、活性評價及其應(yīng)用研究[D];廣東工業(yè)大學(xué);2016年

10 江靜雯;B型流感病毒誘發(fā)天然免疫應(yīng)答及M1核質(zhì)穿梭對于病毒復(fù)制的調(diào)控研究[D];中國科學(xué)技術(shù)大學(xué);2016年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 胡云光;人季節(jié)性流感病毒H3N2小鼠適應(yīng)株的建立及分子機制的初步探究[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2015年

2 劉兵;SPF雞與BALB/c小鼠體內(nèi)流感病毒唾液酸受體組織分布的差異性分析[D];中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院;2015年

3 劉曉艷;復(fù)方龍芩草微乳液抗H1N1流感病毒的作用、物質(zhì)基礎(chǔ)及機制研究[D];北京中醫(yī)藥大學(xué);2016年

4 李巍巍;粗粒度下流感病毒基因網(wǎng)絡(luò)信息的建模與應(yīng)用[D];江南大學(xué);2016年

5 趙苗苗;廣東省H3N2亞型犬流感血清流行病學(xué)調(diào)查和病毒的分離、鑒定及遺傳進化分析[D];甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué);2016年

6 資海榮;江蘇省2010-2014年流感監(jiān)測及甲型H1N1分子流行病學(xué)研究[D];東南大學(xué);2015年

7 孟麗君;宿主蛋白CDC25B調(diào)控A型流感病毒復(fù)制以及流感病毒NA蛋白ELISA方法建立的研究[D];安徽大學(xué);2016年

8 姜穎越;重組hIFITM3腺病毒的構(gòu)建及抗流感病毒作用研究[D];延邊大學(xué);2016年

9 金夢哲;全球背景下人源甲型流感病毒傳播行為分析[D];石家莊鐵道大學(xué);2016年

10 王艷翠;CXCL4在小鼠呼吸道感染甲型流感病毒H1N1中的生物學(xué)作用及其免疫調(diào)節(jié)機制研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2016年

，

本文編號：932952