外泌體和環(huán)狀RNA在隱球菌病中的作用及機(jī)制研究
發(fā)布時(shí)間：2021-11-25 00:11
第一部分隱球菌腦膜炎患者外周血單個(gè)核細(xì)胞中l(wèi)ncRNAs和mRNAs表達(dá)譜差異性分析目的:lncRNAs在機(jī)體生理和病理學(xué)過程中均發(fā)揮了非常重要的作用。本部分旨在探討lncRNAs在隱球菌腦膜炎中的作用。方法:收集隱球菌腦膜炎患者外周血單個(gè)核細(xì)胞后進(jìn)行芯片檢測,同時(shí)分析差異性基因所在的GO和KEGG通路;建立差異性表達(dá)的lncRNAs和mRNAs的共表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖;采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR驗(yàn)證差異性表達(dá)的lncRNAs和mRNAs的表達(dá)水平,檢測其治療后的動態(tài)變化。結(jié)果:與健康對照組相比,共發(fā)現(xiàn)325個(gè)mRNAs（201個(gè)表達(dá)上調(diào),124個(gè)表達(dá)下調(diào)）和497個(gè)lncRNAs（263個(gè)表達(dá)上調(diào),234個(gè)表達(dá)下調(diào)）在隱球菌腦膜炎患者PBMC中存在差異性表達(dá);差異性表達(dá)的mRNAs中前三個(gè)富集的GO分別是:花生四烯酸結(jié)合（GO:0050544）,激活素受體結(jié)合（GO:0070697）,復(fù)制保護(hù)復(fù)合物（GO:0031298）,其涉及的前三個(gè)KEGG通路分別是:哮喘（hsa05310）,單葉酸碳池（hsa00670）,同種異體排斥反應(yīng)（hsa05330）;通過構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖發(fā)現(xiàn),108個(gè)lncR...
【文章來源】：中國人民解放軍海軍軍醫(yī)大學(xué)上海市 211工程院校
【文章頁數(shù)】：116 頁
【學(xué)位級別】：博士
【部分圖文】：
差異性表達(dá)的mRNAs的GO和KEGG分析（a）GO；（b）KEGG
外泌體和環(huán)狀 RNA 在隱球菌病中的作用及機(jī)制研究（四）隱球菌腦膜炎患者差異性 lncRNAs 的特征性分析進(jìn)一步，我們對差異性表達(dá)的 lncRNAs 的種類進(jìn)行了分析 如圖 3a 所示，在隱球菌腦膜炎患者中差異性表達(dá)的 lncRNA 中，大部分為基因間 lncRNAs（40.12%），其次為外顯子編碼鏈（25.81%），外顯子非編碼鏈（12.3%），內(nèi)含子編碼鏈（10.48%），內(nèi)含子非編碼鏈（6.65%）及雙向性 lncRNA（4.64%） 其中，所有上調(diào)和下調(diào)的 lncRNAs中，基因間 lncRNAs 均為最主要成分（39.54%，40.77%），其次為外顯子編碼鏈（28.14%，23.18%），外顯子非編碼鏈（13.31%，11.16%），內(nèi)含子編碼鏈（9.89%，11.16%），內(nèi)含子非編碼鏈（6.46%，6.87%），以及雙向性 lncRNAs（2.66%，6.87%），見圖 3b 除了雙向性 lncRNAs 中下調(diào)基因超過上調(diào)基因的兩倍外，其余每種 lncRNAs 中上 下調(diào)基因的數(shù)目類似，見圖 3c
-20-圖4lncRNAs和mRNAs的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖 三角符號代表lncRNAs，圓圈代表mRNAs，紅色代表上調(diào)，綠色代表下調(diào)，點(diǎn)狀代表 mRNAs，箭頭代表 lncRNAs （六）實(shí)時(shí)熒光定量 PCR 驗(yàn)證差異性 lncRNAs 和 mRNAs 的表達(dá)及治療后的動態(tài)變化我們隨機(jī)篩選了 9 個(gè) mRNAs 和 7 個(gè) lncRNAs，通過實(shí)時(shí)熒光定量 PCR，在 20例隱球菌腦膜炎患者和 18 例健康對照者 PBMC 中驗(yàn)證其相對表達(dá)量 如圖 5a 5c 所示，與健康對照組相比，芯片中差異性表達(dá)的 mRNAs 中 CAMP，LTF，OLR1，BPI，CTSG，PGLYRP1，ARG1，OLFM4 以及 CEACAM8 在隱球菌腦膜炎患者 PBMC 中的表達(dá)均顯著增高 如圖 5b 5d 所示，與健康對照組相比，芯片中差異性表達(dá)的lncRNAs 中 LINC00968，DPY19L1p1，DEFA8P 和 DEFT1P2 的表達(dá)均顯著增高，但lncRNAs-DDX11L10 和 MTMR9LP 水平均顯著降低，上述變化趨勢均與芯片趨勢一
本文編號：3517028
【文章來源】：中國人民解放軍海軍軍醫(yī)大學(xué)上海市 211工程院校
【文章頁數(shù)】：116 頁
【學(xué)位級別】：博士
【部分圖文】：
差異性表達(dá)的mRNAs的GO和KEGG分析（a）GO；（b）KEGG
外泌體和環(huán)狀 RNA 在隱球菌病中的作用及機(jī)制研究（四）隱球菌腦膜炎患者差異性 lncRNAs 的特征性分析進(jìn)一步，我們對差異性表達(dá)的 lncRNAs 的種類進(jìn)行了分析 如圖 3a 所示，在隱球菌腦膜炎患者中差異性表達(dá)的 lncRNA 中，大部分為基因間 lncRNAs（40.12%），其次為外顯子編碼鏈（25.81%），外顯子非編碼鏈（12.3%），內(nèi)含子編碼鏈（10.48%），內(nèi)含子非編碼鏈（6.65%）及雙向性 lncRNA（4.64%） 其中，所有上調(diào)和下調(diào)的 lncRNAs中，基因間 lncRNAs 均為最主要成分（39.54%，40.77%），其次為外顯子編碼鏈（28.14%，23.18%），外顯子非編碼鏈（13.31%，11.16%），內(nèi)含子編碼鏈（9.89%，11.16%），內(nèi)含子非編碼鏈（6.46%，6.87%），以及雙向性 lncRNAs（2.66%，6.87%），見圖 3b 除了雙向性 lncRNAs 中下調(diào)基因超過上調(diào)基因的兩倍外，其余每種 lncRNAs 中上 下調(diào)基因的數(shù)目類似，見圖 3c
-20-圖4lncRNAs和mRNAs的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖 三角符號代表lncRNAs，圓圈代表mRNAs，紅色代表上調(diào)，綠色代表下調(diào)，點(diǎn)狀代表 mRNAs，箭頭代表 lncRNAs （六）實(shí)時(shí)熒光定量 PCR 驗(yàn)證差異性 lncRNAs 和 mRNAs 的表達(dá)及治療后的動態(tài)變化我們隨機(jī)篩選了 9 個(gè) mRNAs 和 7 個(gè) lncRNAs，通過實(shí)時(shí)熒光定量 PCR，在 20例隱球菌腦膜炎患者和 18 例健康對照者 PBMC 中驗(yàn)證其相對表達(dá)量 如圖 5a 5c 所示，與健康對照組相比，芯片中差異性表達(dá)的 mRNAs 中 CAMP，LTF，OLR1，BPI，CTSG，PGLYRP1，ARG1，OLFM4 以及 CEACAM8 在隱球菌腦膜炎患者 PBMC 中的表達(dá)均顯著增高 如圖 5b 5d 所示，與健康對照組相比，芯片中差異性表達(dá)的lncRNAs 中 LINC00968，DPY19L1p1，DEFA8P 和 DEFT1P2 的表達(dá)均顯著增高，但lncRNAs-DDX11L10 和 MTMR9LP 水平均顯著降低，上述變化趨勢均與芯片趨勢一
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