目的將深度測序法用于HCV感染者中不同基因型/亞型混合感染的檢測。方法 2例HCV RNA陽性血漿標(biāo)本（標(biāo)記為1和2號標(biāo)本）,以NS5B和E1編碼區(qū)為目的基因,經(jīng)RT-PCR擴(kuò)增后做sanger核苷酸序列測定,對其做基因分型發(fā)現(xiàn)2個(gè)編碼區(qū)的分型結(jié)果后,重復(fù)3次NS5B基因PCR擴(kuò)增;合并3次PCR產(chǎn)物用Ion TorrentTM半導(dǎo)體測序儀做深度測序。獲得的序列用Geneious軟件的"The map to reference algorithm"和"De novo assembly"2種方法做序列分析和比對,并用Mega 5構(gòu)建進(jìn)化樹。結(jié)果 sanger測序:1、2號標(biāo)本NS5B基因分型均為1b,E1基因分型均為2a;深度測序:2個(gè)標(biāo)本均為HCV 1b與2a混合感染,其中The map to reference algorithm（Geneious）方法顯示,1號標(biāo)本中1b占92.7%、2a占3.8%、沒有比對到的序列（unused seq）占3.5%,2號標(biāo)本相應(yīng)為84.3%、5.4%,沒有比對到的序列占10.3%;De novo assembly（Geneious）方法顯示,1號... 

【文章來源】：中國輸血雜志. 2015,28(10)北大核心

【文章頁數(shù)】：5 頁

【文章目錄】：
1材料與方法
2結(jié)果
3討論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Peginterferon and ribavirin treatment for hepatitis C virus infection[J]. Akihito Tsubota,Kiyotaka Fujise,Yoshihisa Namiki,Norio Tada.  World Journal of Gastroenterology. 2011(04)
[2]云南和山西無償獻(xiàn)血人群HCV部分基因的核苷酸序列測定及基因分型[J]. 王敏,周源,陳帆,王怡仲,許茹,夏文杰,聶詠梅,花文峰,付涌水.  中國輸血雜志. 2009(11)
[3]慢性丙型肝炎的臨床診斷及相關(guān)問題[J]. 周永興.  世界華人消化雜志. 2004(10)



本文編號：3094185