福建省2015～2018年風疹病毒分子流行病學特征
發(fā)布時間：2021-01-17 07:15
風疹病毒（Rubella virus,RV）的分子流行病學監(jiān)測是控制和消除風疹的重要途徑。為了解福建省2015～2018年流行RV的變異特征,并探討其流行規(guī)律,本研究收集2015～2018年福建省風疹病例咽拭子標本并開展病毒分離,采用RT-PCR方法擴增RV的E1基因739個核苷酸片段并進行序列測定,隨后與WHO的13個基因型的32條RV參考株序列比對進行基因型別鑒定,并與GenBank數(shù)據(jù)庫中2010年以來國內(nèi)外流行1E和2B基因型RV代表株進行比對分析。最終從2015～2018年279例風疹病例中共分離獲得113株RV毒株,基因型別鑒定結(jié)果顯示,25株為2B基因型,88株為1E基因型,后者均來自2018年。2B基因型RV存在4個進化分支（Cluster 1～4）,福建省2B基因型RV毒株均屬于Cluster1分支,與國內(nèi)多數(shù)省份流行情況一致。1E基因型RV存在6個進化分支（Lineage 0～5）,福建省1E基因型RV毒株屬于Lineage 5b分支,不同于我國2018年之前流行的1E基因型RV毒株（Lineage1）,兩者之間的核苷酸和氨基酸遺傳距離分別是0.035～0.050和...
【文章來源】：病毒學報. 2020,36(06)北大核心
【文章頁數(shù)】：10 頁
【部分圖文】：
2015～2018年福建省風疹病毒（RV）與WHO各基因型參考株構(gòu)建的基因親緣性關(guān)系樹
1E基因型RV在24個國家流行過，但Rivailler P等[8]發(fā)現(xiàn)，1E基因型RV分布區(qū)域具有地區(qū)特征，全球1E基因型RV可分成5個分支（Lineage 0～4），其中Lineage 0和Lineage 1主要在中國大陸，為中國所特有，這與朱貞等[9]提出的Cluster A和Cluster B相一致。Lineage 2分支分布在東亞國家，Lineage3分支主要在突尼斯發(fā)現(xiàn)，Lineage 4分支分布在東非和西亞等國。2018年福建株同上述分支代表株構(gòu)建系統(tǒng)進化樹，發(fā)現(xiàn)福建株同中國香港和日本RV共同位于獨立的一個拓撲結(jié)構(gòu)Lineage 5分支上，其中福建株位于Lineage 5b分支。福建株同以往中國本土流行的1E基因型RV相差較大，核苷酸遺傳距離在0.035～0.050，提示外來輸入的可能性大。日本在2012～2018年有散在分布Lineage 5a分支RV，并且從2018年起在日本境內(nèi)出現(xiàn)風疹大流行[16]，同年分離的日本病毒株同福建株共位于Lineage 5b分支，高度同源，提示2018年福建省1E基因型RV由日本輸入的可能性較大。RV的E1蛋白基因全長1 484bp，編碼481aa，組成胞外區(qū)（aa1～452），跨膜螺旋區(qū)（aa453～468）和胞內(nèi)區(qū)（aa469～481）。從晶體結(jié)構(gòu)來看，E1蛋白屬于典型的II類融合蛋白，由三個蛋白結(jié)構(gòu)域（Domain I～III）組成三聚體結(jié)構(gòu)[17]。從蛋白功能來看，aa81～109屬于融合肽，介導(dǎo)病毒與宿主細胞的融合[18]；蛋白上存在多個病毒抗原決定簇（aa221～239、aa234～252、aa254～285、aa280～287、aa385～393、aa412～419)[19‐21]，介導(dǎo)細胞和體液免疫反應(yīng)；并且存在多個血凝結(jié)合位點（aa214～240、aa245～285)[22]。WHO推薦的E1基因739個核苷酸片段可推導(dǎo)246個氨基酸，位于E1蛋白的aa159～404。與中國疫苗株BRDII相比，福建株中有一株出現(xiàn)D241→N241，其余RV在上述重要氨基酸位點均未改變。由于aa241位于抗原決定簇上，D241N是否會影響機體抗原抗體反應(yīng)，尚待研究。不論何種基因型，福建株在A333位點發(fā)生突變頻次最高，2B基因型呈現(xiàn)A333→V333（同標準株Anhui.CHN‐0.00‐2‐2B一致），1E基因型呈現(xiàn)A333→T333。A333位于E1蛋白Domain I和Domain III連接結(jié)構(gòu)上，A333T使得疏水性的丙氨酸被親水性的蘇氨酸替代，可能會導(dǎo)致其連接結(jié)構(gòu)的改變，從而影響E1蛋白結(jié)構(gòu)及功能。
【參考文獻】：
期刊論文
[1]福建省實施風疹疫苗免疫規(guī)劃前后風疹流行特征變化[J]. 陳致飛,周勇,楊秀惠,陳俊磊,李東,張?zhí)K晗,潘偉毅. 中國疫苗和免疫. 2019(01)
[2]2017年福建省1起2B基因型風疹暴發(fā)的病原學分析[J]. 陳致飛,李東,陳丹紅,張?zhí)K晗,鄭凝旋,潘偉毅,周勇,楊秀惠. 中國疫苗和免疫. 2018(06)
[3]中國大陸流行的風疹病毒的變異變遷規(guī)律研究[J]. 朱貞,蔡茹,崔愛利,張燕,毛乃穎,許松濤,姬奕昕,王慧玲,張盛,許文波,吳宏偉. 病毒學報. 2017(01)
[4]北京市2015年風疹病毒發(fā)現(xiàn)2B基因型流行株[J]. 于霞麗,陳萌. 中華微生物學和免疫學雜志. 2016 (03)
本文編號：2982430
【文章來源】：病毒學報. 2020,36(06)北大核心
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【部分圖文】：
2015～2018年福建省風疹病毒（RV）與WHO各基因型參考株構(gòu)建的基因親緣性關(guān)系樹
1E基因型RV在24個國家流行過，但Rivailler P等[8]發(fā)現(xiàn)，1E基因型RV分布區(qū)域具有地區(qū)特征，全球1E基因型RV可分成5個分支（Lineage 0～4），其中Lineage 0和Lineage 1主要在中國大陸，為中國所特有，這與朱貞等[9]提出的Cluster A和Cluster B相一致。Lineage 2分支分布在東亞國家，Lineage3分支主要在突尼斯發(fā)現(xiàn)，Lineage 4分支分布在東非和西亞等國。2018年福建株同上述分支代表株構(gòu)建系統(tǒng)進化樹，發(fā)現(xiàn)福建株同中國香港和日本RV共同位于獨立的一個拓撲結(jié)構(gòu)Lineage 5分支上，其中福建株位于Lineage 5b分支。福建株同以往中國本土流行的1E基因型RV相差較大，核苷酸遺傳距離在0.035～0.050，提示外來輸入的可能性大。日本在2012～2018年有散在分布Lineage 5a分支RV，并且從2018年起在日本境內(nèi)出現(xiàn)風疹大流行[16]，同年分離的日本病毒株同福建株共位于Lineage 5b分支，高度同源，提示2018年福建省1E基因型RV由日本輸入的可能性較大。RV的E1蛋白基因全長1 484bp，編碼481aa，組成胞外區(qū)（aa1～452），跨膜螺旋區(qū)（aa453～468）和胞內(nèi)區(qū)（aa469～481）。從晶體結(jié)構(gòu)來看，E1蛋白屬于典型的II類融合蛋白，由三個蛋白結(jié)構(gòu)域（Domain I～III）組成三聚體結(jié)構(gòu)[17]。從蛋白功能來看，aa81～109屬于融合肽，介導(dǎo)病毒與宿主細胞的融合[18]；蛋白上存在多個病毒抗原決定簇（aa221～239、aa234～252、aa254～285、aa280～287、aa385～393、aa412～419)[19‐21]，介導(dǎo)細胞和體液免疫反應(yīng)；并且存在多個血凝結(jié)合位點（aa214～240、aa245～285)[22]。WHO推薦的E1基因739個核苷酸片段可推導(dǎo)246個氨基酸，位于E1蛋白的aa159～404。與中國疫苗株BRDII相比，福建株中有一株出現(xiàn)D241→N241，其余RV在上述重要氨基酸位點均未改變。由于aa241位于抗原決定簇上，D241N是否會影響機體抗原抗體反應(yīng)，尚待研究。不論何種基因型，福建株在A333位點發(fā)生突變頻次最高，2B基因型呈現(xiàn)A333→V333（同標準株Anhui.CHN‐0.00‐2‐2B一致），1E基因型呈現(xiàn)A333→T333。A333位于E1蛋白Domain I和Domain III連接結(jié)構(gòu)上，A333T使得疏水性的丙氨酸被親水性的蘇氨酸替代，可能會導(dǎo)致其連接結(jié)構(gòu)的改變，從而影響E1蛋白結(jié)構(gòu)及功能。
【參考文獻】：
期刊論文
[1]福建省實施風疹疫苗免疫規(guī)劃前后風疹流行特征變化[J]. 陳致飛,周勇,楊秀惠,陳俊磊,李東,張?zhí)K晗,潘偉毅. 中國疫苗和免疫. 2019(01)
[2]2017年福建省1起2B基因型風疹暴發(fā)的病原學分析[J]. 陳致飛,李東,陳丹紅,張?zhí)K晗,鄭凝旋,潘偉毅,周勇,楊秀惠. 中國疫苗和免疫. 2018(06)
[3]中國大陸流行的風疹病毒的變異變遷規(guī)律研究[J]. 朱貞,蔡茹,崔愛利,張燕,毛乃穎,許松濤,姬奕昕,王慧玲,張盛,許文波,吳宏偉. 病毒學報. 2017(01)
[4]北京市2015年風疹病毒發(fā)現(xiàn)2B基因型流行株[J]. 于霞麗,陳萌. 中華微生物學和免疫學雜志. 2016 (03)
本文編號：2982430
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