目的基于基因表達譜芯片數(shù)據(jù),篩選和分析中東呼吸綜合癥病毒（Middle East respiratory syndrome coronavirus, MERS-CoV）感染人類呼吸道上皮細胞后的差異基因,確定參與致病的信號傳導通路和關(guān)鍵分子。方法在美國國立生物技術(shù)信息中心的Gene Expression Omnibus（GEO）數(shù)據(jù)庫搜選MERS-CoV病毒感染支氣管上皮細胞表達譜數(shù)據(jù),使用在線分析工具GEOR分析MERS-CoV感染支氣管上皮細胞正常組和感染組各種基因的表達情況,以具有統(tǒng)計學意義的在表達量上升或下降2倍以上的差異基因為研究對象,使用基因功能分析注釋工具DAVID對差異基因進行基因本體分析和信號傳導通路分析,使用STRING構(gòu)建基因間相互作用網(wǎng)絡(luò),利用cytoscape篩選相互作用網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵基因。結(jié)果對比感染與未感染組的基因表達,篩選到了差異基因1 553個,其中上調(diào)基因850個,下調(diào)基因703個�；蚬δ芨患治鼋Y(jié)果提示這些差異基因涉及免疫反應(yīng),炎癥反應(yīng),凋亡過程,支氣管纖毛形成和運動等多條信號傳導通路。結(jié)論研究MERS-CoV感染肺部支氣管細胞基因表達譜,發(fā)現(xiàn)在細胞... 

【文章來源】：中國人獸共患病學報. 2020年09期 北大核心

【文章頁數(shù)】：7 頁

【部分圖文】：

MERS-CoV感染的對支氣管上皮細胞基因表達的影響

KEGG是一個整合了基因組、化學和系統(tǒng)功能信息的數(shù)據(jù)庫。用于分析分子水平的信息,尤其是基因組測序和其他高通量生成的大規(guī)模分子數(shù)據(jù),集中了解生物系統(tǒng)高級功能的實用工具。為了更明確的理解MERS-CoV對細胞功能的影響,分析了感染MERS-CoV病毒引起的細胞表達增加和表達下降兩類基因參與的KEGG通路。結(jié)果發(fā)現(xiàn):MERS-CoV感染上調(diào)的信號通路包括,甲型流感、單純皰疹感染和麻疹感染引起的信號通路,還參與了TNF、Toll樣受體、NOD樣受體和Jak-STAT信號通路并且能參與細胞因子與受體相互作用以及參與胞漿DNA傳感途徑(圖3A)。而病毒感染后細胞表達下降的分子則主要參與了糖酵解/糖異生通路、影響了細胞色素P450對藥物和外源物質(zhì)代謝,對藥物、碳、視黃醇、谷胱甘肽、丙酮酸等多種物質(zhì)的代謝,以及類固醇激素的合成(圖3B)。圖3 差異基因與的KEGG通路分析

差異基因與的KEGG通路分析


本文編號：2938540