【摘要】：采用分子動(dòng)力學(xué)模擬和結(jié)合自由能計(jì)算研究了抑制劑APV與HIV-1蛋白酶的作用機(jī)制.研究結(jié)果表明范德瓦爾斯作用主控了APV與HIV-1蛋白酶的結(jié)合.采用基于殘基的自由能分解方法計(jì)算了抑制劑-殘基相互作用,結(jié)果表明9個(gè)殘基Gly27、Ile32、Val47、Ile50、Ile84、Ala28'、Gly49'、Ile50'和Arg87'與APV產(chǎn)生了大于1.0 kcal/mol的強(qiáng)相互作用,而且證明CH-π,CH-O相互作用和極性作用是其結(jié)合的主要形式.期待該結(jié)果可以為以HIV-1蛋白酶為靶標(biāo)的抗艾滋病藥物設(shè)計(jì)提供理論上的指導(dǎo).
[Abstract]:The interaction mechanism of inhibitor APV with HIV-1 protease was studied by molecular dynamics simulation and free energy calculation. The results showed that van der Waals interaction controlled the binding of APV and HIV-1 protease. The free energy decomposition method based on residue was used to calculate the depressant residue interaction. The results showed that 9 residues Gly27,Ile32,Val47,Ile50,Ile84,Ala28',Gly49',Ile50' and Arg87' had strong interaction with APV more than 1.0 kcal/mol. It is also proved that CH- 蟺, CH-O interaction and polarity are the main forms of its binding. The results are expected to provide theoretical guidance for the design of anti-AIDS drugs targeting HIV-1 protease.
【作者單位】： 山東建筑大學(xué)理學(xué)院;山東師范大學(xué)物理與電子科學(xué)學(xué)院;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金(11274206) 山東省自然科學(xué)基金(ZR2011HM048,ZR2013AM014) 山東建筑大學(xué)博士啟動(dòng)基金(XNBS1268)
【分類(lèi)號(hào)】：R512.91

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前3條

1 程偉淵;梁志強(qiáng);張慶剛;伊長(zhǎng)虹;王偉;王克彥;;p53-MDM2相互作用的分子力學(xué)和動(dòng)力學(xué)研究[J];原子與分子物理學(xué)報(bào);2012年03期

2 扈國(guó)棟;張少龍;劉新國(guó);張慶剛;;分子動(dòng)力學(xué)模擬和自由能計(jì)算研究孕酮和孕酮受體蛋白的結(jié)合模式(英文)[J];原子與分子物理學(xué)報(bào);2010年02期

3 伊長(zhǎng)虹;陳建中;朱通;張慶剛;;Asp25質(zhì)子化有利于HIV-1蛋白酶與抑制劑GRL02031結(jié)合[J];原子與分子物理學(xué)報(bào);2011年01期

【共引文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 王薇;黃陽(yáng)玉;朱曉燕;陳俠;許多;肖奕;謝琳;;靶向轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子-βⅡ型受體核酸適配子結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)及相關(guān)驗(yàn)證研究[J];重慶醫(yī)學(xué);2014年09期

2 孟現(xiàn)美;王加磊;張少龍;張慶剛;;分子動(dòng)力學(xué)研究2-乙酸苯并噻吩在HIV-1蛋白酶與抑制劑結(jié)合中的作用[J];化學(xué)學(xué)報(bào);2013年08期

3 李博;周銳;何谷;郭麗;黃維;;螺環(huán)吲哚類(lèi)MDM2抑制劑的分子對(duì)接、定量構(gòu)效關(guān)系和分子動(dòng)力學(xué)模擬[J];化學(xué)學(xué)報(bào);2013年10期

4 顧勇亮;董珂珂;王偉;朱小蕾;;DPP-4與氰基吡咯烷類(lèi)抑制劑相互作用的分子動(dòng)力學(xué)模擬[J];南京工業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2015年03期

5 常珊;梁立;劉嵬;胡建平;茍小軍;;HTLV-1蛋白酶與印地那韋識(shí)別的分子動(dòng)力學(xué)模擬[J];湖北農(nóng)業(yè)科學(xué);2015年12期

6 梁立;劉嵬;何紅秋;茍小軍;胡建平;;HIV-1整合酶核心區(qū)的同源模建及優(yōu)化研究[J];湖北農(nóng)業(yè)科學(xué);2015年13期

7 杜文義;梁立;劉嵬;左柯;胡建平;茍小軍;;流感病毒A型核酸內(nèi)切酶與羥基嘧啶酮衍生物識(shí)別的分子動(dòng)力學(xué)模擬[J];計(jì)算機(jī)與應(yīng)用化學(xué);2015年08期

8 李代禧;郭柏松;蔡?hào)|晨;龔俊波;王金戌;高志峰;張育;王晨光;;奧拉西坦凍干粉針劑的分子調(diào)控技術(shù)研究[J];計(jì)算機(jī)與應(yīng)用化學(xué);2015年09期

9 程偉淵;陳建中;王偉;梁志強(qiáng);伊長(zhǎng)虹;張少龍;張慶剛;;抑制劑Amprenavir與HIV-2蛋白酶作用機(jī)制的分子動(dòng)力學(xué)研究[J];生物物理學(xué)報(bào);2014年01期

10 王U，

本文編號(hào)：2420418