【摘要】：采用分子動力學模擬和結合自由能計算研究了抑制劑APV與HIV-1蛋白酶的作用機制.研究結果表明范德瓦爾斯作用主控了APV與HIV-1蛋白酶的結合.采用基于殘基的自由能分解方法計算了抑制劑-殘基相互作用,結果表明9個殘基Gly27、Ile32、Val47、Ile50、Ile84、Ala28'、Gly49'、Ile50'和Arg87'與APV產(chǎn)生了大于1.0 kcal/mol的強相互作用,而且證明CH-π,CH-O相互作用和極性作用是其結合的主要形式.期待該結果可以為以HIV-1蛋白酶為靶標的抗艾滋病藥物設計提供理論上的指導.
[Abstract]:The interaction mechanism of inhibitor APV with HIV-1 protease was studied by molecular dynamics simulation and free energy calculation. The results showed that van der Waals interaction controlled the binding of APV and HIV-1 protease. The free energy decomposition method based on residue was used to calculate the depressant residue interaction. The results showed that 9 residues Gly27,Ile32,Val47,Ile50,Ile84,Ala28',Gly49',Ile50' and Arg87' had strong interaction with APV more than 1.0 kcal/mol. It is also proved that CH- 蟺, CH-O interaction and polarity are the main forms of its binding. The results are expected to provide theoretical guidance for the design of anti-AIDS drugs targeting HIV-1 protease.
【作者單位】： 山東建筑大學理學院;山東師范大學物理與電子科學學院;
【基金】：國家自然科學基金(11274206) 山東省自然科學基金(ZR2011HM048,ZR2013AM014) 山東建筑大學博士啟動基金(XNBS1268)
【分類號】：R512.91

【參考文獻】

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【共引文獻】

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10 王U，

本文編號：2420418