本文選題：麻疹病毒 + 全基因��； 參考：《寧波大學(xué)》2013年碩士論文

【摘要】：目的： 1、了解1999-2011年浙江省麻疹病毒流行株在各個基因及其全基因?qū)用嫔系暮塑账�、氨基酸、糖基化位點等的變異情況和進化規(guī)律，并探討近十年浙江省流行株與疫苗株、其他基因型毒株之間的差異。 2、推算麻疹病毒H基因組流行株N基因和H基因的進化速率和進化分歧時間，從而探討麻疹病毒H基因組的進化特征和進化規(guī)律。 方法： 選擇浙江省1999-2011年間分離的9株麻疹病毒流行株，用Vero/slam細胞進行病毒增殖，實時熒光定量RT-PCR進行病毒鑒定，RT-PCR進行病毒全基因序列擴增，用多種生物軟件對獲得的序列進行分析，同時與以S191為主的疫苗株、國外其他基因型流行株(D4、B3基因型)進行全基因?qū)用娴谋容^分析，最后利用貝葉斯-馬爾科夫鏈-蒙特卡洛(Bayesian-MCMC)和分子鐘方法對不同來源、不同年代分離的麻疹H基因組毒株的N基因和H基因序列進行系統(tǒng)發(fā)育學(xué)分析，計算麻疹H基因組可能的起源時間與分歧時間。 結(jié)果： 1、9株浙江省麻疹流行株的全基因組序列長度均為15894個核苷酸。與疫苗株S191相比，核苷酸差異數(shù)為595~669個，氨基酸位點差異數(shù)為135~139個。核苷酸和氨基酸的變異趨勢不同，前者N基因變異程度最大(5.5%)，后者P基因的變異程度最大(7.7%)。 2、浙江省麻疹流行株N、H和F三個基因的細胞表位區(qū)分別存在14個、6個、7個氨基酸位點的改變，其他基因也有不同數(shù)量的氨基酸變異，某些氨基酸位點存在回復(fù)突變，熵值也較高，但是各位點的Ka/Ks均小1。 3、浙江省麻疹流行株共5個糖基化位點改變，，P基因和L基因上各增加了一個糖基化位點，在F基因和H基因上均減少了一個糖基化位點，L基因1712位糖基化位點在1999~2012年間不穩(wěn)定。 4、近十年浙江省麻疹流行株均屬于H基因組，H1基因型。除99-2流行株為H1b基因亞型外，其余年份的流行株均為H1a基因亞型，且流行株之間沒有明顯的時間和地域分布差異。 5、在全基因組層面上，浙江省流行株與世界各地疫苗株的遺傳距離大于B3基因型流行株與世界各地疫苗株的遺傳距離(t=-12.39，P0.05)，同時也大于D4基因型流行株與世界各地疫苗株的遺傳距離(t=-9.76，P0.05)。 6、麻疹病毒N基因的核苷酸平均堿基替代率為8.802×10-4替代/位點/年(95%HPD:5.688×10-4~1.184×10-3)，推算麻疹A(yù)基因組和H基因組的最近共同祖先出現(xiàn)在1945年(95%HPD:1920~1954)，H基因組的分化時間點為1977年(95%HPD:1954~1987)，H1基因型的分化時間點為1986年(95%HPD:1980~1990)。H基因的核苷酸平均堿基替代率為6.349×10-4替代/位點/年(95%HPD:4.397×10-4~8.214×10-4)，推算麻疹A(yù)基因組和H基因組的最近共同祖先出現(xiàn)在1938年(95%HPD:1908~1954)，H基因組的分化時間點為1973年(95%HPD:1959~1985)，H1基因型的分化時間點為1982年(95%HPD:1973~1988)。 結(jié)論： 浙江省麻疹流行株屬于H1基因型，與疫苗株S191在各個基因上均產(chǎn)生了較大的變異。H1基因型流行株與現(xiàn)行疫苗株之間的差異超過了國外優(yōu)勢流行株(D4、B3基因型)與疫苗株之間的差異。兩者分別屬于的H基因組和A基因組的最近共同祖先出現(xiàn)在20世紀(jì)初到20世紀(jì)中葉，H基因組在1975年左右開始分化，約10年后H1基因型也出現(xiàn)了分化。我國應(yīng)密切注意這些變異趨勢，在加強麻疹病毒分子流行病學(xué)及進化方向研究的同時，及早研究后備麻疹免疫毒株。
[Abstract]:Objective:
1, to understand the variation and evolution of the nucleotide, amino acid, glycosylation site and other genes of the measles virus epidemic strains in Zhejiang province for the last 1999-2011 years, and to explore the difference between the epidemic strains of Zhejiang province and the vaccine strains and other genotypes in the last ten years.
2, the evolution rate and evolution time of the N and H genes of the measles virus H genome are calculated and the evolutionary characteristics and evolution rules of the measles virus H genome are discussed.
Method錛

本文編號：2003470