發(fā)布時(shí)間：2018-06-10 14:02

  本文選題：麻疹病毒 + 全基因��； 參考：《寧波大學(xué)》2013年碩士論文

【摘要】：目的： 1、了解1999-2011年浙江省麻疹病毒流行株在各個(gè)基因及其全基因?qū)用嫔系暮塑账帷被�、糖基化位點(diǎn)等的變異情況和進(jìn)化規(guī)律，并探討近十年浙江省流行株與疫苗株、其他基因型毒株之間的差異。 2、推算麻疹病毒H基因組流行株N基因和H基因的進(jìn)化速率和進(jìn)化分歧時(shí)間，從而探討麻疹病毒H基因組的進(jìn)化特征和進(jìn)化規(guī)律。 方法： 選擇浙江省1999-2011年間分離的9株麻疹病毒流行株，用Vero/slam細(xì)胞進(jìn)行病毒增殖，實(shí)時(shí)熒光定量RT-PCR進(jìn)行病毒鑒定，RT-PCR進(jìn)行病毒全基因序列擴(kuò)增，用多種生物軟件對(duì)獲得的序列進(jìn)行分析，同時(shí)與以S191為主的疫苗株、國(guó)外其他基因型流行株(D4、B3基因型)進(jìn)行全基因?qū)用娴谋容^分析，最后利用貝葉斯-馬爾科夫鏈-蒙特卡洛(Bayesian-MCMC)和分子鐘方法對(duì)不同來(lái)源、不同年代分離的麻疹H基因組毒株的N基因和H基因序列進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育學(xué)分析，計(jì)算麻疹H基因組可能的起源時(shí)間與分歧時(shí)間。 結(jié)果： 1、9株浙江省麻疹流行株的全基因組序列長(zhǎng)度均為15894個(gè)核苷酸。與疫苗株S191相比，核苷酸差異數(shù)為595~669個(gè)，氨基酸位點(diǎn)差異數(shù)為135~139個(gè)。核苷酸和氨基酸的變異趨勢(shì)不同，前者N基因變異程度最大(5.5%)，后者P基因的變異程度最大(7.7%)。 2、浙江省麻疹流行株N、H和F三個(gè)基因的細(xì)胞表位區(qū)分別存在14個(gè)、6個(gè)、7個(gè)氨基酸位點(diǎn)的改變，其他基因也有不同數(shù)量的氨基酸變異，某些氨基酸位點(diǎn)存在回復(fù)突變，熵值也較高，但是各位點(diǎn)的Ka/Ks均小1。 3、浙江省麻疹流行株共5個(gè)糖基化位點(diǎn)改變，，P基因和L基因上各增加了一個(gè)糖基化位點(diǎn)，在F基因和H基因上均減少了一個(gè)糖基化位點(diǎn)，L基因1712位糖基化位點(diǎn)在1999~2012年間不穩(wěn)定。 4、近十年浙江省麻疹流行株均屬于H基因組，H1基因型。除99-2流行株為H1b基因亞型外，其余年份的流行株均為H1a基因亞型，且流行株之間沒有明顯的時(shí)間和地域分布差異。 5、在全基因組層面上，浙江省流行株與世界各地疫苗株的遺傳距離大于B3基因型流行株與世界各地疫苗株的遺傳距離(t=-12.39，P0.05)，同時(shí)也大于D4基因型流行株與世界各地疫苗株的遺傳距離(t=-9.76，P0.05)。 6、麻疹病毒N基因的核苷酸平均堿基替代率為8.802×10-4替代/位點(diǎn)/年(95%HPD:5.688×10-4~1.184×10-3)，推算麻疹A(yù)基因組和H基因組的最近共同祖先出現(xiàn)在1945年(95%HPD:1920~1954)，H基因組的分化時(shí)間點(diǎn)為1977年(95%HPD:1954~1987)，H1基因型的分化時(shí)間點(diǎn)為1986年(95%HPD:1980~1990)。H基因的核苷酸平均堿基替代率為6.349×10-4替代/位點(diǎn)/年(95%HPD:4.397×10-4~8.214×10-4)，推算麻疹A(yù)基因組和H基因組的最近共同祖先出現(xiàn)在1938年(95%HPD:1908~1954)，H基因組的分化時(shí)間點(diǎn)為1973年(95%HPD:1959~1985)，H1基因型的分化時(shí)間點(diǎn)為1982年(95%HPD:1973~1988)。 結(jié)論： 浙江省麻疹流行株屬于H1基因型，與疫苗株S191在各個(gè)基因上均產(chǎn)生了較大的變異。H1基因型流行株與現(xiàn)行疫苗株之間的差異超過了國(guó)外優(yōu)勢(shì)流行株(D4、B3基因型)與疫苗株之間的差異。兩者分別屬于的H基因組和A基因組的最近共同祖先出現(xiàn)在20世紀(jì)初到20世紀(jì)中葉，H基因組在1975年左右開始分化，約10年后H1基因型也出現(xiàn)了分化。我國(guó)應(yīng)密切注意這些變異趨勢(shì)，在加強(qiáng)麻疹病毒分子流行病學(xué)及進(jìn)化方向研究的同時(shí)，及早研究后備麻疹免疫毒株。
[Abstract]:Objective:
1, to understand the variation and evolution of the nucleotide, amino acid, glycosylation site and other genes of the measles virus epidemic strains in Zhejiang province for the last 1999-2011 years, and to explore the difference between the epidemic strains of Zhejiang province and the vaccine strains and other genotypes in the last ten years.
2, the evolution rate and evolution time of the N and H genes of the measles virus H genome are calculated and the evolutionary characteristics and evolution rules of the measles virus H genome are discussed.
Method錛

本文編號(hào)：2003470