發(fā)布時(shí)間：2018-04-22 13:30

  本文選題：艾滋病病毒 + 分子流行病學(xué)��； 參考：《中國(guó)艾滋病性病》2015年05期

【摘要】：目的研究婚內(nèi)性傳播的艾滋病病毒(HIV)準(zhǔn)種傳播和進(jìn)化規(guī)律,并探討樣本類(lèi)型(全血、血漿)對(duì)分析結(jié)果的潛在影響。方法選擇傳播關(guān)系和傳播時(shí)間明確的4對(duì)婚內(nèi)新近傳播HIV夫妻作為研究對(duì)象,采集血液樣本,分別提取全血、血漿中的總核酸、核糖核酸(RNA),進(jìn)行HIV基因亞型分析。以HIV-1包膜蛋白(env)基因區(qū)為目的片段,分別將總核酸或RNA反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物進(jìn)行巢式聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)擴(kuò)增,構(gòu)建脫氧核糖核酸(DNA)文庫(kù),Miseq高通量測(cè)序,分析HIV準(zhǔn)種分布,計(jì)算樣本內(nèi)、夫妻樣本間的基因離散率,并做系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)分析。結(jié)果4對(duì)夫妻的HIV基因亞型分別相同。除1對(duì)夫妻的血漿樣本PCR擴(kuò)增失敗外,其余14份全血、血漿樣本成功進(jìn)行Miseq測(cè)序,獲得134 135(67 831~178 392)條有效序列,代表101(12~455)個(gè)獨(dú)特準(zhǔn)種。多數(shù)樣本中前20個(gè)準(zhǔn)種序列的頻數(shù)占總序列數(shù)的比例80%;6/8的受檢者全血樣本中,第1個(gè)優(yōu)勢(shì)序列的頻數(shù)占了90%以上;同一受檢者全血樣本中高頻準(zhǔn)種的分布比血漿中更集中。基因離散率、系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)分析結(jié)果顯示,4對(duì)夫妻的婚內(nèi)HIV傳播關(guān)系都與預(yù)期相符,傳播方向除1份血漿樣本外同樣與預(yù)期相符。結(jié)論 HIV準(zhǔn)種的多樣性和頻數(shù)分布有助于了解HIV的傳播和進(jìn)化規(guī)律,全血樣本所得的HIV感染溯源分析結(jié)果比血漿樣本更可靠、更實(shí)用。
[Abstract]:Objective to study the law of quasi-species transmission and evolution of sexually transmitted HIV (HIV) in marriage, and to explore the potential influence of sample types (whole blood, plasma) on the results of analysis. Methods four newly transmitted HIV couples with definite transmission relationship and time were selected as study subjects. Blood samples were collected, total nucleic acid in whole blood, total nucleic acid in plasma and RNA RNA in ribonucleic acid were extracted, and the subtypes of HIV gene were analyzed. The total nucleic acid or RNA reverse transcription products were amplified by nested polymerase chain reaction (PCR) with the HIV-1 envelope protein env gene region as the target fragments. The HIV-1 DNA library was constructed by high throughput sequencing. The distribution of HIV quasispecies was analyzed, and the distribution of HIV quasispecies was calculated. The genetic dispersion rate between husband and wife samples was analyzed by phylogenetic tree. Results the subtypes of HIV gene were the same in 4 couples. Except for the failure of PCR amplification in the plasma samples of one couple, the other 14 whole blood samples were sequenced by Miseq successfully, and the effective sequence of 134135G 67 831C 178392 was obtained, representing 101C 12455) unique quasispecies. The frequency of the first 20 quasispecies sequences accounted for more than 90% in the whole blood samples of 80 / 6 / 8 of the subjects, and the distribution of high frequency quasispecies in the same sample was more concentrated than that in the plasma. The results of genetic dispersion and phylogenetic tree analysis showed that the marital HIV transmission relationships of the four couples were in accordance with expectations, and the direction of transmission was the same as that of one plasma sample. Conclusion the diversity and frequency distribution of HIV quasispecies are helpful to understand the law of HIV transmission and evolution. The traceability of HIV infection from whole blood samples is more reliable and practical than that of plasma samples.
【作者單位】： 中國(guó)疾病預(yù)防控制中心性病艾滋病預(yù)防控制中心;云南省德宏州疾病預(yù)防控制中心;山東大學(xué)第二醫(yī)院;
【基金】：國(guó)家十二五科技重大專(zhuān)項(xiàng)(2012ZX10001001-001)~~
【分類(lèi)號(hào)】：R512.91

【共引文獻(xiàn)】

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1 趙琦;高通量測(cè)序技術(shù)用于HIV感染溯源調(diào)查的研究[D];中國(guó)疾病預(yù)防控制中心;2014年

2 時(shí)麗麗;HIV暴露后感染溯源技術(shù)的研究[D];中國(guó)疾病預(yù)防控制中心;2013年

【相似文獻(xiàn)】

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1 王齊欣,魏來(lái),高燕,孫德貴,蔣棟,徐小元,陳紅松,王宇;丙型肝炎病毒感染自然過(guò)程中的準(zhǔn)種變化[J];中華傳染病雜志;2004年05期

2 王琦;成軍;;HBV準(zhǔn)種的研究進(jìn)展[J];診斷學(xué)理論與實(shí)踐;2008年01期

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8 王齊欣,魏來(lái),高燕,陳志軍,孫德貴,蔣棟,徐小元,陳紅松,王宇;丙型肝炎病毒感染自然過(guò)程中準(zhǔn)種的構(gòu)成變化[J];中華醫(yī)學(xué)雜志;2003年10期

9 田輝,王占英,李穎,黃芬,劉沛;慢性丙型肝炎患者HCV準(zhǔn)種的變化及其意義[J];肝臟;2003年01期

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相關(guān)會(huì)議論文 前10條

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相關(guān)博士學(xué)位論文 前6條

1 蘭林;HBV準(zhǔn)種特性及其與干擾素治療關(guān)系的研究[D];第三軍醫(yī)大學(xué);2002年

2 陳嵩;丙型肝炎病毒結(jié)構(gòu)區(qū)準(zhǔn)種的優(yōu)化篩選及其功能性蛋白的表達(dá)[D];第三軍醫(yī)大學(xué);2002年

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6 張萍;HCV感染者免疫狀況、病毒基因變異與疾病轉(zhuǎn)歸的相關(guān)性研究[D];浙江大學(xué);2004年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 田輝;慢性丙型肝炎病人HCV準(zhǔn)種的變化及其意義[D];中國(guó)醫(yī)科大學(xué);2002年

2 王鵬;慢加急性肝衰竭患者中乙型肝炎病毒S區(qū)基因準(zhǔn)種與疾病關(guān)系的研究[D];蚌埠醫(yī)學(xué)院;2013年

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4 馬其歡;基于深度測(cè)序從全基因組分析母子患者血清HBV準(zhǔn)種多態(tài)性[D];重慶醫(yī)科大學(xué);2013年

5 丁花花;乙型肝炎病毒共價(jià)閉合環(huán)狀DNA逆轉(zhuǎn)錄酶區(qū)準(zhǔn)種特性分析及耐藥相關(guān)位點(diǎn)變異觀察[D];第二軍醫(yī)大學(xué);2012年

6 朱研;基于HCV 6Kb擴(kuò)增子的動(dòng)態(tài)準(zhǔn)種優(yōu)勢(shì)株的確定及包膜2基因正選擇位點(diǎn)分析[D];第三軍醫(yī)大學(xué);2010年

7 吳曉莉;拉米夫定治療慢性乙型肝炎患者BCP/PC區(qū)準(zhǔn)種與復(fù)發(fā)的關(guān)系研究[D];廣西醫(yī)科大學(xué);2014年

8 鄭彩霞;慢加急性肝衰竭患者中乙型肝炎病毒前C/C區(qū)準(zhǔn)種分布研究[D];福建醫(yī)科大學(xué);2011年

9 王保健;拉米夫定治療慢性乙型肝炎患者HBV DNA P區(qū)準(zhǔn)種特點(diǎn)與復(fù)發(fā)的關(guān)系研究[D];廣西醫(yī)科大學(xué);2014年

10 趙琦;高通量測(cè)序技術(shù)用于HIV感染溯源調(diào)查的研究[D];中國(guó)疾病預(yù)防控制中心;2014年

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本文編號(hào)：1787415