本文關(guān)鍵詞： 布魯氏菌 RNA-Seq 轉(zhuǎn)錄組 sRNA　出處：《中國人獸共患病學報》2015年03期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：目的對羊種布魯氏菌的轉(zhuǎn)錄本進行測序,鑒定基因組中新的轉(zhuǎn)錄本和非編碼RNA。方法提取羊布魯氏菌的總RNA,去除rRNA后連接接頭逆轉(zhuǎn)錄成cDNA,PCR擴增后進行測序,以羊布魯氏菌16M的基因組序列為參照對測序得到的reads進行比對作圖,通過生物信息學方法進行新轉(zhuǎn)錄本和非編碼RNA的鑒定。結(jié)果測序數(shù)據(jù)分析顯示,reads在基因組上覆蓋度較好。與現(xiàn)有注釋基因相比,有773個基因的5′或3′端在基因組的原有位置基礎上發(fā)生了延伸,并發(fā)現(xiàn)了16個新的轉(zhuǎn)錄本。根據(jù)測序結(jié)果,共鑒定出241條候選的非編碼RNA(sRNA),進一步的RT-PCR驗證結(jié)果顯示,預測的sRNA在體外條件下有表達。結(jié)論布魯氏菌基因組中存在除了預測以外的新的轉(zhuǎn)錄本,布魯氏菌中存在非編碼RNA且在不同條件下有差異表達。
[Abstract]:Objective to sequence the transcripts of Brucella ovis and identify new transcripts and non-coding RNAs from the genome. Methods the total RNAs of Brucella were extracted, and the ligation of Brucella was amplified by reverse transcription into cDNA-PCR and sequenced. The reads obtained by sequencing was compared with the genomic sequence of Brucella ovis 16m as a reference. New transcripts and non-coding RNA were identified by bioinformatics methods. Results sequencing data analysis showed that RNA had a better coverage on the genome. The 5'or 3'ends of 773 genes were extended on the basis of the original position of the genome and 16 new transcripts were found. According to the sequencing results, a total of 241 candidate noncoding RNAs were identified. Conclusion there are new transcripts in the genome of Brucella, and there are non-coding RNA in Brucella and different expression in different conditions.
【作者單位】： 軍事醫(yī)學科學院疾病預防控制所;空軍司令部門診部;武警總醫(yī)院檢驗科;
【基金】：國家自然科學基金(81171530) 北京市科技新星資助項目(Z131102000413062) 北京市自然基金項目(6122030)~~
【分類號】：R516.7

【參考文獻】

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【共引文獻】

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本文編號：1541136