發(fā)布時(shí)間：2018-02-04 03:30

  本文關(guān)鍵詞： HIV MSM CRF01_AE CRF07_BC 重組株 分子系統(tǒng)發(fā)生學(xué)　出處：《浙江大學(xué)》2017年博士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】：在全球大多數(shù)國家,男男性行為(MSM)人群中的艾滋病疫情在持續(xù)增長。美國和英國的HIV新發(fā)感染者超過半數(shù)是通過MSM傳播的。在中國,2015年HIV新發(fā)感染者中有28.25%為同性性傳播。MSM人群已經(jīng)取代靜脈注射吸毒者(IDUs)成為新的HIV感染高危人群。有研究表明中國的MSM人群疾病進(jìn)展較國外相比要快。全國性的分子流行病學(xué)調(diào)查結(jié)果表明CRF01_AE和CRF07_BC是MSM人群中主要的HIV流行株。對這部分人群中的HIV疫情傳播規(guī)律進(jìn)行深入研究,有利于我們理解甚至控制新形式下HIV疫情。分子系統(tǒng)發(fā)生學(xué)是研究HIV序列特性的一個(gè)重要工具。分子系統(tǒng)發(fā)生學(xué)是指根據(jù)生物大分子的信息來確定不同生物在進(jìn)化過程中的地位、分歧時(shí)間以及親緣關(guān)系,建立分子系統(tǒng)樹,推斷生物大分子進(jìn)化歷史的學(xué)科。近年來,該工具在HIV研究中得到了廣泛的運(yùn)用。在本研究中,我們通過MEGA構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹,明確了 HIV病毒的分型和新型重組株。我們進(jìn)一步使用PAML軟件對CRF01_AE不同流行簇所受的選擇壓力及陽性選擇位點(diǎn)進(jìn)行了分析。我們還使用DNAsp軟件研究了 CRF07_BC群體多樣性的變化。更有意思的是,我們還將分子發(fā)生學(xué)與病毒的分子流行病學(xué)信息相結(jié)合,利用BEAST軟件來推斷CRF01_AE的地理分布和傳播規(guī)律。在本研究第一部分中,我們共納入了 76例就診浙江省某醫(yī)院的HIV感染者。他們感染HIV的途徑分別是:異性性行為(38/76,50%);男男性行為(14/76,18.4%);靜脈注射毒品人群(13/76,17.1%);未知(11/76,14.4%)。76株病毒亞型分別是CRF01_AE(21/76,27.6%),CRF07_BC(22/76,28.9%),CRF08_BC(10/76,13.1%),B(14/76,18.4%),還有 URF(9/76,11.8%)。同時(shí)我們擴(kuò)增出兩條 CRF01_AE 和CRF07_BC全新重組株的近全長基因序列。上述序列均已上傳數(shù)據(jù)庫,得到序列號。在本研究第二部分中,我們從美國洛斯阿拉莫斯國家實(shí)驗(yàn)室(LANL)數(shù)據(jù)庫中下載了所有的CRF01_AE亞型病毒的pol片段以及感染者的臨床信息。根據(jù)實(shí)驗(yàn)要求,我們對數(shù)據(jù)進(jìn)行了篩選。最后得到138條序列。我們用離散的貝葉斯系統(tǒng)地理的方法來估計(jì)病毒隨著時(shí)間推移的遷移歷史。CRF01_AE起源于1977年2月的非洲中部,隨后蔓延至泰國。泰國作為主要的熱點(diǎn)地區(qū),將CRF01_AE毒株擴(kuò)散到全球。在上世紀(jì)90年代初,泰國的病毒傳播到中國。而廣西和遼寧是CRF01_AE在中國傳播的重要熱點(diǎn)地區(qū)。系統(tǒng)地闡述了 CRF01_AE在中國傳播的時(shí)空規(guī)律。在本研究第三部分中,我們從LANL數(shù)據(jù)庫中下載了所有的CRF01_AE亞型病毒的全長序列以及感染者的臨床信息。流行在中國MSM人群中的CRF01_AE序列主要集中在流行簇1(92.5%)和流行簇2(85.71%)。對于env基因,簇1(4.56×10-3替換/位點(diǎn)/年)和簇2(6.01×10-3替換/位點(diǎn)/年)的進(jìn)化速率比簇3(1.14×10-3替換/位點(diǎn)/年)快。此外,我們還發(fā)現(xiàn)env基因上有兩個(gè)陽性選擇位點(diǎn)(HXB2:136和316位點(diǎn))在簇1和簇2中相似,而與簇3不同。在本研究第四部分中,我們從LANL數(shù)據(jù)庫中下載了所有中國CRF07_BC亞型病毒的pol片段序列以及感染者的臨床信息。我們發(fā)現(xiàn)中國的CRF07_BC亞型病毒可以分為兩大譜系。譜系I的主要危險(xiǎn)因素為MSM(82.8%),而譜系II的主要危險(xiǎn)因素為靜脈藥癮者(43.6%)。譜系間群體差異性顯著(P0.05)。譜系I的d,dN和 dS(0.0174 士 0.0013,0.044 士 0.0028 和 0.0077 ± 0.0011 替換/位點(diǎn))顯著低于譜系II(0.0289±0.002,0.072±0.005和0.014±0.0018替換/位點(diǎn))。兩個(gè)譜系的選擇壓力沒有明顯區(qū)別。綜上所訴,本人在博士期間共以第一作者發(fā)表SCI論文4篇。本研究得到如下結(jié)論:(1)性傳播途徑是浙江省某醫(yī)院HIV的主要傳播途徑,CRF01_AE和CRF07_BC是浙江省某醫(yī)院HIV的主要流行株,CRF01_AE和CRF07_BC重組是新型重組株的主要重組方式。(2)廣西和遼寧是中國CRF01__AE流行的中心地區(qū),而泰國是全球CRF01_AE流行的中心地區(qū)。系統(tǒng)地闡述了 CRF01__AE在中國傳播的時(shí)空規(guī)律。(3)流行于中國MSM人群中的CRF01_AE與其它途徑傳播的CRF01_AE形成了不同的流行簇,而且進(jìn)化速率各有不同。env基因上有兩個(gè)陽性選擇位點(diǎn)(136和316位點(diǎn))在MSM人群中相似,而不同與其它人群。(4)流行于中國MSM人群中的CRF07_BC與其它途徑傳播的CRF07_BC屬于不同的流行譜系。上述研究結(jié)論明確流行于中國MSM人群中的HIV-1毒株與其它人群不同。這為HIV的治療和疫苗的研制提供了新的方向,也為HIV的防控指明了方向。
[Abstract]:In the first part of this study , we studied the status , bifurcation time and genetic relationship of HIV infection among MSM population . The results of molecular epidemiology showed that CRF01 _ AE and CRF07 _ BC were the main HIV epidemic strains in MSM population . ( 3 ) CRF01 _ AE , which is popular among MSM in China , forms different popular clusters , and the evolution rate varies . There are two positive selection sites ( 136 and 316 loci ) in the MSM population . The CRF07 _ BC in MSM population is different from other people .

【學(xué)位授予單位】：浙江大學(xué)
【學(xué)位級別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號】：R512.91

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本文編號：1489191