2011-2014年我國部分地區(qū)諾如病毒的分子流行病學研究
本文關鍵詞:2011-2014年我國部分地區(qū)諾如病毒的分子流行病學研究,由筆耕文化傳播整理發(fā)布。
【摘要】:背景諾如病毒(Noroviruses,NoVs)屬于杯狀病毒科(Caliciviruses)諾如病毒屬(Norovirus),是引起全球人類急性胃腸炎暴發(fā)流行的重要病因之一,可感染所有年齡組。諾如病毒具有傳染性強、變異快和環(huán)境中穩(wěn)定的特點,常在學校、家庭、醫(yī)院、軍隊等較封閉場所的人群中引起暴發(fā),也是引起5歲以下嬰幼兒腹瀉常見的病原,僅次于輪狀病毒。發(fā)達國家將輪狀病毒疫苗納入免疫規(guī)劃后,諾如病毒就迅速取代輪狀病毒成為引起嬰幼兒腹瀉的最重要病原。諾如病毒每隔幾年就有新的變異株出現(xiàn),引起全球諾如病毒暴發(fā)流行。據(jù)報道,諾如病毒在美國每年引起2100萬人感染,其中包括190萬門診病例、40萬急診病例、7.1萬人住院病例和800人死亡。美國因諾如病毒食源性暴發(fā)在醫(yī)療費用和生產(chǎn)力損失方面達2億美元。在發(fā)展中國家,諾如病毒導致21.8萬5歲以下兒童死亡。隨著我國經(jīng)濟水平及病原檢測能力的提高,諾如病毒暴發(fā)引起了社會和民眾的高度關注。2013年1至3月,廣州大學城6所學校相繼發(fā)生諾如病毒疫情,發(fā)病人數(shù)652人;2014年12月,浙江嘉興10所學校3所幼兒園發(fā)生諾如病毒暴發(fā),發(fā)病人數(shù)511人。長期的監(jiān)測研究表明諾如病毒在我國5歲以下兒童腹瀉病例的陽性率為10-20%;在成人腹瀉中的陽性率為20-40%。由此可見,諾如病毒腸胃炎是包括我國在內(nèi)的全球性的公共衛(wèi)生問題。因此,開展諾如病毒分子流行病學研究,了解諾如病毒在我國的流行規(guī)律、流行毒株特征,對我國病毒性腹瀉的預防控制工作具有重要意義。目的分析2011-2014年我國部分地區(qū)5歲以下腹瀉住院嬰幼兒中諾如病毒的疾病負擔、流行特征和分子變異規(guī)律,為我國諾如病毒胃腸炎的預防和控制提供基礎數(shù)據(jù)和科學依據(jù)。方法1.收集和整理2011年1月至2014年12月四年間19個監(jiān)測地區(qū)19798份5歲以下腹瀉住院嬰幼兒的人口資料、臨床信息及檢測結(jié)果,應用統(tǒng)計學方法分析我國諾如病毒的流行特征。2.收集2011-2014年我國部分地區(qū)1068份5歲以下腹瀉住院嬰幼兒諾如病毒陽性糞便樣本,采用RT-PCR方法擴增諾如病毒聚合酶區(qū)基因片段,通過基因測序、序列加工、比對及系統(tǒng)進化分析方法確定聚合酶區(qū)諾如病毒基因型別,分析諾如病毒基因特征及流行株變異情況;3.對其中2013-2014年494份諾如病毒陽性毒株,采用RT-PCR方法擴增諾如病毒衣殼蛋白區(qū)基因片段,過基因測序、序列加工、比對及系統(tǒng)進化分析方法確定衣殼蛋白區(qū)諾如病毒基因型別,并利用聚合酶區(qū)和衣殼蛋白共同分析諾如病毒基因特征,確定聚合酶區(qū)和衣殼區(qū)型別不一致的諾如病毒毒株。結(jié)果1.收集2011-2014年我國5歲以下腹瀉住院兒童諾如病毒全國共檢測樣本19798份,陽性3454份,平均檢出率為17.5%,2012年度最高,為20.25%,2013年度最低,為14.48%。2011-2014年年我國5歲以下住院腹瀉兒童諾如病毒陽性率最高的年齡段依次分別為9-11月(24.01%)、12-17月(24.27%)、12-17月(17.75%)和6-8月(20.28%)。2011-2014四年間第一至第四季度諾如病毒平均檢出率分別為20.04%、16.62%、19.87%和15.48%,監(jiān)測數(shù)據(jù)表明,2011-2014年我國腹瀉住院嬰幼兒諾如病毒感染全年均有發(fā)生,在2-3月和9月呈現(xiàn)季節(jié)高峰,9的高峰(檢出率是23.3%)稍高于2-3月(22.5%和21.6%)。2011-2014年諾如病毒檢出率在19個監(jiān)測地區(qū)的分布有差異(卡方=542.963,P0.05),其中前三位的分別是福建、江蘇和四川,檢出率分別為29.71%、26.48%、23.96%,而新疆、湖南、河南這三個地區(qū)的檢出率較低,分別為11.18%、10.17%、4.03%。其中沿海地區(qū)檢測樣本5809份,陽性樣本1189份,陽性率為20.47%;內(nèi)陸地區(qū)檢測樣本13989份,陽性樣本2265份,陽性率為16.19%,沿海地區(qū)和內(nèi)陸地區(qū)諾如病毒的檢出率有統(tǒng)計學差異(卡方=52.31,P0.05)。北方地區(qū)和南方地區(qū)諾如病毒檢出率存在統(tǒng)計學意義上的差異(卡方=30.678,P0.05),南方地區(qū)諾如病毒檢出率高于北方地區(qū),沿海南方和內(nèi)陸南方諾如病毒的檢出率也有統(tǒng)計學差異(卡方=22.600,P0.017,a校正=0.017);沿海南方的諾如病毒檢出率高于內(nèi)陸南方諾如病毒檢出率。2.2011-2014年共獲得1068個諾如病毒毒株聚合酶區(qū)序列,GⅡ占99.3(1060/1068),GⅠ占0.7%(8/1068)。GⅡ.4型為主要檢出型別,占58.9%(629/1068);其次為GⅡ.P12型,占33.3%(356/1068);其他型別檢出率在0.1-3.4%,包括GⅡ.P1、GⅡ.P2、GⅡ.P5、GⅡ.P6、 GⅡ.P7、GⅡ.P13、GⅡ.P16、GⅡ.P17、GⅡ.P21、GⅡ.P22、GⅡ.Pe、GⅡ.Pg、GⅠ. P2、GⅠ.3、 GⅠ.4和GⅠ.6。2011-2014年GⅡ.4型進一步分為三個亞群,GⅡ.P4/DenHaag、GⅡ.P4/New orleans和GⅡ.P4/Sydney 2012。GⅡ.P4/DenHaag變異株在2011-2014年占GⅡ.4型的百分率分別為91.5%、80.4%、16.3%和1.0%;GII.P4/New Orleans變異株所占百分率為8.5%、6.3%、5%和1%;GII.P4/Sydney 2012變異株所占百分率為0、13.3%、78.7%和98%。兩個主要檢出的基因型GII.P4和GII.P12在不同地區(qū)分布有差別,新疆、四川、福建、山西、北京、江蘇、廣東和廣西GII.P4所占的比例高于GII.P12,內(nèi)蒙古、河北、上海和云南GII.P12的比例高于GII.P4,吉林和安徽GII.P12和GII.P4所占的比例相當。在5歲以下的腹瀉住院兒童中,4歲以前的兒童GII.P4所占的比例在53%左右,在各個月齡組相差不大,但是在48-59月齡中沒有發(fā)現(xiàn)GII.P4基因型。GIl3在5歲以下兒童月齡組中占30%但是在小于5月齡兒童中所占比例較高,在6月以上所占比例較低。3.獲得2013-2014年我國部分地區(qū)諾如病毒衣殼區(qū)基因序列494個,以GⅡ.4型為主,占52.6%,其中GII.4/Sydney2012變異株、GII.4/New orleans變異株和GII.4/DenHaag變異株分別占GⅡ.4的93.5%、5.4%和1.1%。其次是GⅡ.3,占38.5%,其中GII.3-D和GII.3-E變異株分別占Ⅱ.3的8.9%和91.1%;其他型別包括GII.2、GII.5、GII.6、GII.7、GII.9、 GII.13、GII.17、GII.20、GII.21和Ⅱ.22,占0.2%-3.7%。4.獲得2013-2014年間486株同時具有聚合酶區(qū)和衣殼蛋白區(qū)序列的毒株,其中型別一致的毒株共265株,占54.5%,包括GII.17(3株)、GII.21(3株)、GII.6(1株)、GII.22(1株)、GII.7(5株)、GII.4/Sydney 2012變異株(218株)、GII.4/New Orleans變異株(17株)和GII.4/DenHaag變異株(17株);型別不一致的毒株共221個,占45.4%,主要為GII.P12/GII.3(聚合酶/衣殼區(qū))(177株)。結(jié)論1.諾如病毒是引起我國5歲以下兒童住院腹瀉的一個重要病原,2011-2014年我國5歲以下腹瀉住院兒童諾如病毒檢出率為17.5%(3454/19798)。2.諾如病毒主要感染2歲以內(nèi)兒童,每年的2-3月和9月為病毒感染高峰期,諾如病毒檢出率南方高于北方,沿海高于內(nèi)陸,有統(tǒng)計學差異。3.我國5歲以下住院兒童諾如病毒呈基因多樣性,包括4個GI和14個GII基因型,其中GII.P4型為主要流行的基因型,2012年Sydney 2012變異株取代GII.4/DenHaag變異株成為新的流行株;聚合酶區(qū)分型中GII.P12是僅次于GII.P4的主要流行株。4.聚合酶區(qū)和衣殼蛋白區(qū)系統(tǒng)進化分析提示諾如病毒發(fā)生重組或混合感染的比例較高。
【關鍵詞】:病毒性腹瀉 嬰幼兒 諾如病毒 分子流行病學 基因型
【學位授予單位】:中國疾病預防控制中心
【學位級別】:碩士
【學位授予年份】:2015
【分類號】:R373.2
【目錄】:
- 縮略詞表6-7
- 中文摘要7-10
- 英文摘要10-14
- 研究背景14-16
- 材料和方法16-23
- 1 研究目的16
- 2 研究方案16-17
- 3 技術(shù)路線17-18
- 4 材料方法18-23
- 研究結(jié)果23-37
- 討論37-40
- 結(jié)論40
- 課題的局限性40-41
- 參考文獻41-45
- 附錄45-60
- 1、綜述45-53
- 參考文獻50-53
- 2、致謝53-54
- 3、個人簡歷54-55
- 4、進化樹55-60
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