HLA配型新策略:融測序與構(gòu)象于一體的RSCA系統(tǒng)的建立及在HLA-A、B位點(diǎn)中的臨床應(yīng)用研究
發(fā)布時(shí)間:2020-05-10 10:42
【摘要】: 毋庸置疑,異基因造血細(xì)胞移植是治療多種造血系統(tǒng)惡性病、遺傳性疾病、重癥聯(lián)合免疫缺陷病以及重度放射病等頑疾的有效方法之一,而供-受體主要組織相容性抗原(HLA)相合與否是移植成敗的關(guān)鍵因素。隨著我國獨(dú)生子女的不斷成長與增多以及骨髓庫和臍血庫的相繼建立,非親緣供-受體造血細(xì)胞移植無疑將是今后臨床造血細(xì)胞移植的必然趨勢(shì)。大量資料表明,HLA不完全相合造血細(xì)胞移植的排斥率、死亡率和GVHD發(fā)生率均明顯高于HLA完全相合的供-受體移植,而且移植后患者免疫功能的重建緩慢,致命性感染機(jī)會(huì)增加。因此,移植成功的重要前提是要對(duì)供-受者HLA進(jìn)行精細(xì)的分型。然而,由于人類HLA的高度復(fù)雜性、多態(tài)性(polymorphism)和多樣性(diversity),建立一種準(zhǔn)確、快速、簡便、靈敏、特異、高分辨、低成本和高通量的HLA分型系統(tǒng)則已成為亟待解決的重要問題。 我們知道,迄今為止HLA系統(tǒng)共發(fā)現(xiàn)1620個(gè)等位基因,其中僅A位點(diǎn)就有266個(gè)等位基因,B位點(diǎn)有511個(gè)等位基因,DRB位點(diǎn)有403個(gè)等位基因。目前,國際上應(yīng)用最為廣泛的HLA基因分型方法是PCR-SSP技術(shù),這是一種成熟、快速而且比較準(zhǔn)確的分型方法。但由于PCR-SSP方法只能對(duì)已知基因序列進(jìn)行引物設(shè)計(jì),而對(duì)于未知的等位基因則無法判定,這就必然會(huì)造成分型的結(jié)果錯(cuò)判或誤判,尤其是會(huì)漏檢新的等位基因,再加上其分辨率較低、檢測標(biāo)本規(guī)模較少和成本較高等缺陷,遠(yuǎn)不能滿足當(dāng)今臨床上移植應(yīng)用的需要。而融構(gòu)象與測序于一體的參照鏈介導(dǎo)的構(gòu)象分析(reference strand mediated conformation analysis, 早祥靄陣呂受駕冷才泣卜駕冷店乞石i反d匕駕冷毛立‘翻全二了匕 RSCA)系統(tǒng)的出現(xiàn)則能較為圓滿地解決這些不足。 RSCA分型策略的基本原理是利用HLA位點(diǎn)特異性引物PCR擴(kuò)增不同等位基 因,然后與Cys標(biāo)記的熒光標(biāo)記參照鏈進(jìn)行雜交,根據(jù)雜交雙鏈的空間結(jié)構(gòu)不同 所致在非變性聚丙烯酞胺凝膠電泳中的遷移率不同,通過激光掃描可檢測并記錄 各條熒光標(biāo)記雜交雙鏈在凝膠中的遷移率,最后根據(jù)已知的RSCA數(shù)據(jù)庫對(duì)各等 位基因進(jìn)行型別指定。該分型系統(tǒng)不僅能鑒定出既定位點(diǎn)所有的已知等位基因, 而且還能發(fā)現(xiàn)未知的新等位基因;在實(shí)驗(yàn)中可根據(jù)不同位點(diǎn)的多態(tài)性情況來選擇 不同數(shù)量的熒光標(biāo)記參照鏈,如對(duì)HLA一A位點(diǎn)來說選擇2條參照鏈就可將其所有 的等位基因區(qū)分開來;而對(duì)多態(tài)性最多和最復(fù)雜的HLA一B位點(diǎn)來講,則需選擇三 條熒光標(biāo)記參照鏈,從而達(dá)到高分辨率的目的;此外還具有高通量檢測的特點(diǎn), 如本研究所采用的為非變性聚丙烯酞胺凝膠電泳,一次可上樣18個(gè)HLA一A位點(diǎn)或 12個(gè)HLA一B位點(diǎn)樣品;由于在每一電泳樣品中均需加入雜交雙鏈Marker,以及在 選定的1、14、27和40四條泳道中均加入雜交雙鏈Ladder,這就確保了在同一凝膠 中不同泳道間與不同凝膠間電泳結(jié)果指定的統(tǒng)一性,消除了不同泳道和不同凝膠 間電泳遷移率的誤差,使實(shí)驗(yàn)的準(zhǔn)確性和重復(fù)性得以提高;最可取的是,通過激 光檢測儀掃描電泳條帶,能自動(dòng)記錄各電泳條帶的電泳遷移率,配以相關(guān)智能軟 件分析最終結(jié)果,從而實(shí)現(xiàn)了結(jié)果分析的智能化,減少了人為判斷的誤差。為了 推動(dòng)這一分型新策略在世界范圍內(nèi)的廣泛應(yīng)用,國際免疫遺傳協(xié)會(huì)于2001年成立 了包括本研究室在內(nèi)的國際上7個(gè)著名HLA實(shí)驗(yàn)室參加的國際HLA一RSCA協(xié)作 組。因此,本研究首先建立健全RSCA分型系統(tǒng),并通過國際參比DNA標(biāo)本對(duì)系 統(tǒng)的穩(wěn)定性、準(zhǔn)確性、可復(fù)性及特異性進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化驗(yàn)證。在此基礎(chǔ)上,在首次將 RSCA分型系統(tǒng)應(yīng)用于臨床移植標(biāo)本的分型中,分別對(duì)84例和90例(共123例,其 中51例兩個(gè)位點(diǎn)均有)擬進(jìn)行造血干細(xì)胞移植供一受體的HLA一A和B位點(diǎn)進(jìn)行了 RSCA與PCR一SSP分型方法的比較分析,以進(jìn)一步確定RSCA在基礎(chǔ)研究及臨床實(shí) 踐中的應(yīng)用價(jià)值。 本研究第一部分是建立并穩(wěn)定HLA一A位點(diǎn)的RSCA分型系統(tǒng)。首先采用國 際HLA一RSCA協(xié)作組提供的20例標(biāo)準(zhǔn)分型DNA以及2例PEL一FREEZ公司贈(zèng)送 的樣品DNA進(jìn)行HLA一A位點(diǎn)的RSCA分型,將分型結(jié)果遞交國際HLA一RSCA 舅渾霍羹不徑受竺琴全禾于寫全l資乞子亙反」二三等全{立初全二多〔 協(xié)作組進(jìn)行認(rèn)證比對(duì),證明本研究所建立的HLA一A位點(diǎn)RSCA分型系統(tǒng)是穩(wěn)定 可靠的,重復(fù)率達(dá)100%。此外,本文還隨機(jī)選用20例臨床標(biāo)本對(duì)RSCA的可復(fù) 性進(jìn)行了一再確定,每例標(biāo)本用RSCA方法重復(fù)3次,重復(fù)率均為100%。隨后, 我們選取84例擬進(jìn)行造血干細(xì)胞移植并來我室進(jìn)行HLA分型供一受體的臨床標(biāo)本 進(jìn)行HLA一A位點(diǎn)的RsCA分型,這些標(biāo)本均已進(jìn)行了HLA一A、B、DR及DQ位 點(diǎn)的PCR一SSP低分辨基因分型。結(jié)果顯示,RSCA分型在81/84例標(biāo)本中均能得 到準(zhǔn)確可靠的結(jié)果,并且有33/84例標(biāo)本可直接得到等位基因水平的分型結(jié)果; 有2例標(biāo)本因DNA濃度太低導(dǎo)致PCR擴(kuò)增較弱,RSCA未能對(duì)其進(jìn)行分析;另 有l(wèi)例標(biāo)本用RSCA方法只能指定1條等位基因,,另1條無法指定,為此我們分 別采用直接測序法和PCR一SSP高分辨技術(shù)對(duì)其進(jìn)行鑒定分型,分型結(jié)果均為 HLA一A*2404,是一條己知等位基因但RSCA數(shù)據(jù)庫中尚未列入的基因型別。而 在PCR一SSP低分辨基因分型的84例標(biāo)本
【圖文】:
在內(nèi)參帶與引物帶之間的DNA擴(kuò)增帶即為陽孔,B圖的陽性帶為第2、14孔。置標(biāo)記在HLA一I類位點(diǎn)PCR一SSP低分辨分型讀本HLA一A位點(diǎn)的分型結(jié)果。這種方法比較快速、異性結(jié)果出現(xiàn),并且在有的電泳結(jié)果中還常會(huì)出現(xiàn)子量1200bp),這些都需要重復(fù)實(shí)驗(yàn)。84例臨床標(biāo)詳見表2。點(diǎn)RSCA分型系統(tǒng)的穩(wěn)定性、準(zhǔn)確性及重復(fù)性鑒定型系統(tǒng)對(duì)標(biāo)本HLA一A位點(diǎn)進(jìn)行引物擴(kuò)增后,擴(kuò)增包括HLA一A位點(diǎn)的外顯子2、內(nèi)含子2、外顯子果見圖2。
圖3.HLA一A位點(diǎn)的RSCA分型電泳圖電泳共40個(gè)泳道,第1、14、27、40泳道是Ladde:電泳道,從下向上定義的值分別00,0,1136.8,1253.5,1362.7,1520.9,1729.4及3000.0,箭頭所指為1000和3000的Marke它的電泳泳道也都有1000和3000的標(biāo)準(zhǔn)Marker,其中第2、3泳道為第1個(gè)樣品,道是第1個(gè)樣品與熒光標(biāo)記參照鏈1雜交后電泳結(jié)果,第3泳道是第1個(gè)樣品與熒光標(biāo)照鏈2雜交后的電泳結(jié)果。依次向后排,共可電泳18個(gè)樣品。圖4顯示HLA一A位點(diǎn)RSCA分型結(jié)果峰型圖,雜交鏈電泳峰位于100000的Marker之間,標(biāo)本若為雜合子,則在上下Marker之間有三個(gè)峰(第一為同源參照鏈雜交峰),見圖4A,若為純合子,則只有兩個(gè)峰,見圖4B。
【學(xué)位授予單位】:中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2003
【分類號(hào)】:R392
【圖文】:
在內(nèi)參帶與引物帶之間的DNA擴(kuò)增帶即為陽孔,B圖的陽性帶為第2、14孔。置標(biāo)記在HLA一I類位點(diǎn)PCR一SSP低分辨分型讀本HLA一A位點(diǎn)的分型結(jié)果。這種方法比較快速、異性結(jié)果出現(xiàn),并且在有的電泳結(jié)果中還常會(huì)出現(xiàn)子量1200bp),這些都需要重復(fù)實(shí)驗(yàn)。84例臨床標(biāo)詳見表2。點(diǎn)RSCA分型系統(tǒng)的穩(wěn)定性、準(zhǔn)確性及重復(fù)性鑒定型系統(tǒng)對(duì)標(biāo)本HLA一A位點(diǎn)進(jìn)行引物擴(kuò)增后,擴(kuò)增包括HLA一A位點(diǎn)的外顯子2、內(nèi)含子2、外顯子果見圖2。
圖3.HLA一A位點(diǎn)的RSCA分型電泳圖電泳共40個(gè)泳道,第1、14、27、40泳道是Ladde:電泳道,從下向上定義的值分別00,0,1136.8,1253.5,1362.7,1520.9,1729.4及3000.0,箭頭所指為1000和3000的Marke它的電泳泳道也都有1000和3000的標(biāo)準(zhǔn)Marker,其中第2、3泳道為第1個(gè)樣品,道是第1個(gè)樣品與熒光標(biāo)記參照鏈1雜交后電泳結(jié)果,第3泳道是第1個(gè)樣品與熒光標(biāo)照鏈2雜交后的電泳結(jié)果。依次向后排,共可電泳18個(gè)樣品。圖4顯示HLA一A位點(diǎn)RSCA分型結(jié)果峰型圖,雜交鏈電泳峰位于100000的Marker之間,標(biāo)本若為雜合子,則在上下Marker之間有三個(gè)峰(第一為同源參照鏈雜交峰),見圖4A,若為純合子,則只有兩個(gè)峰,見圖4B。
【學(xué)位授予單位】:中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2003
【分類號(hào)】:R392
【相似文獻(xiàn)】
相關(guān)期刊論文 前10條
1 李杰;華會(huì)明;孫華;湯雁波;肖志艷;;新型鬼臼毒素類似物的合成、構(gòu)型確定及細(xì)胞毒作用研究(英文)[J];中國藥物化學(xué)雜志;2011年04期
2 ;[J];;年期
3 ;[J];;年期
4 ;[J];;年期
5 ;[J];;年期
6 ;[J];;年期
7 ;[J];;年期
8 ;[J];;年期
9 ;[J];;年期
10 ;[J];;年期
相關(guān)會(huì)議論文 前10條
1 王雷;張三奇;馮銳;李中軍;蔡孟深;王敬尊;;二維核磁共振和計(jì)算機(jī)技術(shù)對(duì)β-D-吡喃糖苷化合物的構(gòu)象分析[A];第八屆全國波譜學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議論文摘要集[C];1994年
2 李斌;黃永仁;;線性預(yù)測法在2DNMR中的應(yīng)用[A];第六屆全國波譜學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議論文摘要集[C];1990年
3 王德華;王國璽;許肖龍;毛詩珍;吳冬輝;鄧年勇;楊延武;周健;蔣大智;沈聯(lián)芳;;用核磁共振和計(jì)算機(jī)構(gòu)象分析及圖形處理法研究有機(jī)分子的三維結(jié)構(gòu)[A];第六屆全國波譜學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議論文摘要集[C];1990年
4 楊偉華;劉曉華;鄔e
本文編號(hào):2657181
本文鏈接:http://sikaile.net/yixuelunwen/binglixuelunwen/2657181.html
最近更新
教材專著