發(fā)布時(shí)間：2019-09-12 01:16

【摘要】：分泌蛋白在多細(xì)胞生物體中決定、控制和協(xié)調(diào)著許多生物學(xué)過(guò)程。采用實(shí)驗(yàn)方法對(duì)分泌蛋白質(zhì)組研究存在一些技術(shù)上的困難，來(lái)自基因組和轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)的增長(zhǎng)使得采用生物信息學(xué)方法對(duì)分泌蛋白質(zhì)組進(jìn)行研究成為可能。肝臟在人體中是僅次于腦的第二大器官，有著重要的生理功能。對(duì)人肝臟分泌蛋白質(zhì)組的研究有助于揭示肝臟自身、肝臟與人體其它組織、器官之間關(guān)系(如肝臟與血液之間關(guān)系)，以及肝臟蛋白質(zhì)的分泌途徑。由于分泌蛋白具有重要的生物學(xué)功能，因此肝臟分泌蛋白有可能成為肝病診斷與治療重要的標(biāo)志物和藥物靶標(biāo)。 本研究基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，采用生物信息學(xué)方法對(duì)人肝臟分泌蛋白質(zhì)組進(jìn)行了研究。 首先建立了一套分泌蛋白質(zhì)組預(yù)測(cè)系統(tǒng)，并對(duì)該系統(tǒng)的準(zhǔn)確性進(jìn)行了評(píng)估。結(jié)果表明，本研究建立的分泌蛋白質(zhì)組預(yù)測(cè)系統(tǒng)的準(zhǔn)確率和回復(fù)率分別為78.8％和80.7％。換言之，此方法體系的假陽(yáng)性和假陰性比例分別為21.2％和19.3％。對(duì)造成假陽(yáng)性和假陰性的原因作了進(jìn)一步分析，，結(jié)果表明溶酶體蛋白、膜蛋白和內(nèi)質(zhì)網(wǎng)蛋白是造成假陽(yáng)性的主要原因；假陰性結(jié)果主要來(lái)自?xún)蓚�(gè)方面：多位點(diǎn)定位蛋白和分泌蛋白。 之后，根據(jù)人肝臟轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，利用建立起來(lái)的分泌蛋白質(zhì)組預(yù)測(cè)系統(tǒng)確定了人肝臟分泌蛋白質(zhì)組由1597個(gè)分泌蛋白組成，涉及1037個(gè)基因。 進(jìn)一步，從7個(gè)方面對(duì)人肝臟分泌蛋白質(zhì)組的特征進(jìn)行了分析。 (1) InterPro結(jié)構(gòu)域分析。有1414個(gè)蛋白質(zhì)(占人肝臟分泌蛋白質(zhì)組蛋白質(zhì)總數(shù)的88.54％)含有InterPro結(jié)構(gòu)域，共匹配了745個(gè)InterPro結(jié)構(gòu)域。出現(xiàn)頻數(shù)最多的前20個(gè)InterPro結(jié)構(gòu)域中包括了表皮生長(zhǎng)因子(epidermal growth factor，EGF)結(jié)構(gòu)域超家族中的4個(gè)成員：EGF_like、IEGF、EGF_Ca_bd和EGF_2；免疫球蛋白超家族中的5個(gè)成員：Ig-like、Ig、Ig_v、Ig_c2和Ig_c1；纖維連接蛋白超家族中的2個(gè)成員：FN_Ⅲ-like和FN_Ⅲ；Peptidase超家族中的2個(gè)成員：
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2006
【分類(lèi)號(hào)】：R341

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本文編號(hào)：2534792