【摘要】：分泌蛋白在多細胞生物體中決定、控制和協(xié)調著許多生物學過程。采用實驗方法對分泌蛋白質組研究存在一些技術上的困難，來自基因組和轉錄組的數據的增長使得采用生物信息學方法對分泌蛋白質組進行研究成為可能。肝臟在人體中是僅次于腦的第二大器官，有著重要的生理功能。對人肝臟分泌蛋白質組的研究有助于揭示肝臟自身、肝臟與人體其它組織、器官之間關系(如肝臟與血液之間關系)，以及肝臟蛋白質的分泌途徑。由于分泌蛋白具有重要的生物學功能，因此肝臟分泌蛋白有可能成為肝病診斷與治療重要的標志物和藥物靶標。 本研究基于轉錄組數據，采用生物信息學方法對人肝臟分泌蛋白質組進行了研究。 首先建立了一套分泌蛋白質組預測系統(tǒng)，并對該系統(tǒng)的準確性進行了評估。結果表明，本研究建立的分泌蛋白質組預測系統(tǒng)的準確率和回復率分別為78.8％和80.7％。換言之，此方法體系的假陽性和假陰性比例分別為21.2％和19.3％。對造成假陽性和假陰性的原因作了進一步分析，，結果表明溶酶體蛋白、膜蛋白和內質網蛋白是造成假陽性的主要原因；假陰性結果主要來自兩個方面：多位點定位蛋白和分泌蛋白。 之后，根據人肝臟轉錄組數據，利用建立起來的分泌蛋白質組預測系統(tǒng)確定了人肝臟分泌蛋白質組由1597個分泌蛋白組成，涉及1037個基因。 進一步，從7個方面對人肝臟分泌蛋白質組的特征進行了分析。 (1) InterPro結構域分析。有1414個蛋白質(占人肝臟分泌蛋白質組蛋白質總數的88.54％)含有InterPro結構域，共匹配了745個InterPro結構域。出現(xiàn)頻數最多的前20個InterPro結構域中包括了表皮生長因子(epidermal growth factor，EGF)結構域超家族中的4個成員：EGF_like、IEGF、EGF_Ca_bd和EGF_2；免疫球蛋白超家族中的5個成員：Ig-like、Ig、Ig_v、Ig_c2和Ig_c1；纖維連接蛋白超家族中的2個成員：FN_Ⅲ-like和FN_Ⅲ；Peptidase超家族中的2個成員：
【學位授予單位】：中國人民解放軍軍事醫(yī)學科學院
【學位級別】：博士
【學位授予年份】：2006
【分類號】：R341

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本文編號：2534792