【摘要】：研究目的:肝臟在人體生命活動(dòng)中具有重要的生理功能,而4-6月孕齡人胎肝還是造血、免疫系統(tǒng)干/祖細(xì)胞的主要來(lái)源,并表達(dá)大量與細(xì)胞植入、定居、轉(zhuǎn)移相關(guān)的基因。本文研究目的是借助生物信息學(xué)的工具,通過(guò)分析本室測(cè)定的人胎肝EST數(shù)據(jù)及來(lái)自公共數(shù)據(jù)庫(kù)中的芯片數(shù)據(jù),以了解人胎肝轉(zhuǎn)錄組特點(diǎn),并通過(guò)分析為蛋白質(zhì)組研究及基因功能研究打下良好的基礎(chǔ)。 另外由于SARS爆發(fā),為了解SARS-CoV所表達(dá)的蛋白質(zhì)種類及它們的功能,促進(jìn)蛋白質(zhì)組鑒定工作,又開展了另一部分研究:即對(duì)SARS-CoV(BJ-01)進(jìn)行基因預(yù)測(cè),并推測(cè)所得蛋白質(zhì)功能。 研究?jī)?nèi)容:首先通過(guò)EST預(yù)處理,獲得人胎肝EST有效序列;其次對(duì)EST進(jìn)行正確的聚類,得到EST豐度信息,并對(duì)EST進(jìn)行鑒定;第三,對(duì)已知基因進(jìn)行GO分類和KEGG分類,克服基因功能人為分類缺點(diǎn),建立標(biāo)準(zhǔn)化的人胎肝表達(dá)譜:第四,通過(guò)對(duì)人胎肝已知基因數(shù)據(jù)與芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行比較,獲得人胎肝的特點(diǎn),并分析相關(guān)組織之間的關(guān)系:第五,對(duì)人胎肝功能未知EST進(jìn)行電子拼接、驗(yàn)證,獲得全長(zhǎng)cDNA或完整ORF;第六,對(duì)未知基因進(jìn)行功能推測(cè),為基因功能研究打下基礎(chǔ);第七,建立人胎肝轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)及蛋白質(zhì)組質(zhì)譜肽段鑒定體系;第八,對(duì)SARS-CoA(BJ01)進(jìn)行基因預(yù)測(cè)及功能推測(cè)。 研究方法:第一,對(duì)人胎肝EST進(jìn)行預(yù)處理,排除重復(fù)測(cè)序序列、外來(lái)序列、長(zhǎng)度小于100bp的序列,確保后續(xù)分析序列為有效序列,并通過(guò)VecScreen程序去除載體序列,通過(guò)本地化repeat_masker程序去除重復(fù)序列:第二,比對(duì)NT數(shù)據(jù)庫(kù),根據(jù)分值不小于200并按照功能已知與否把EST分為功能已知和功能未知兩類:第三,利用Blast比對(duì)UniGene數(shù)據(jù)庫(kù)、DoTs數(shù)據(jù)庫(kù)、MGC數(shù)據(jù)庫(kù)和Twinscan所預(yù)測(cè)的人轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù),獲得較準(zhǔn)確的EST豐度信息;第四,通過(guò)DAVID軟件對(duì)功能已知基因進(jìn)行GO分類,同時(shí)進(jìn)行KEGG分類;第五,從芯片數(shù)據(jù)中選擇相關(guān)的五種組織,通過(guò)DAVID對(duì)它們進(jìn)行分析,獲得人胎肝轉(zhuǎn)錄組特點(diǎn),并通過(guò)層次聚類對(duì)五種組織的關(guān)系進(jìn)行分析:第六,通過(guò)Phrap軟件對(duì)未知EST進(jìn)行電子拼接,并比對(duì)原始EST及四個(gè)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行驗(yàn)證,同時(shí)用ATGpr軟件檢驗(yàn)完整性和檢出ORF,建立相應(yīng)的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù);第七,對(duì)所獲得的功能未知基因進(jìn)行Prosite、Pfam、PSORT、SOSUI及電子基因定位等分析;第八,對(duì)于SARS-CoV(BJ—01)基因組,首先比較12種基因預(yù)測(cè)方法,然后選用啟發(fā)式模型(Heuristic models)、基因鑒定(Gene identification)、
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【學(xué)位授予單位】：中國(guó)人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2005
【分類號(hào)】：R346

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前2條

1 陳蘊(yùn)佳,高歌,鮑一明,Rodrigo LOPEZ,吳健民,蔡濤,葉志強(qiáng),顧孝誠(chéng),羅靜初;SARS冠狀病毒全基因組序列初步分析[J];遺傳學(xué)報(bào);2003年06期

2 張文廣 ,李金泉 ,周歡敏;冠狀病毒的新成員——SARS-CoV的基因組特性[J];遺傳學(xué)報(bào);2003年06期

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本文編號(hào)：2479849