【摘要】：研究目的:肝臟在人體生命活動中具有重要的生理功能,而4-6月孕齡人胎肝還是造血、免疫系統(tǒng)干/祖細胞的主要來源,并表達大量與細胞植入、定居、轉(zhuǎn)移相關(guān)的基因。本文研究目的是借助生物信息學的工具,通過分析本室測定的人胎肝EST數(shù)據(jù)及來自公共數(shù)據(jù)庫中的芯片數(shù)據(jù),以了解人胎肝轉(zhuǎn)錄組特點,并通過分析為蛋白質(zhì)組研究及基因功能研究打下良好的基礎(chǔ)。 另外由于SARS爆發(fā),為了解SARS-CoV所表達的蛋白質(zhì)種類及它們的功能,促進蛋白質(zhì)組鑒定工作,又開展了另一部分研究:即對SARS-CoV(BJ-01)進行基因預測,并推測所得蛋白質(zhì)功能。 研究內(nèi)容:首先通過EST預處理,獲得人胎肝EST有效序列;其次對EST進行正確的聚類,得到EST豐度信息,并對EST進行鑒定;第三,對已知基因進行GO分類和KEGG分類,克服基因功能人為分類缺點,建立標準化的人胎肝表達譜:第四,通過對人胎肝已知基因數(shù)據(jù)與芯片數(shù)據(jù)進行比較,獲得人胎肝的特點,并分析相關(guān)組織之間的關(guān)系:第五,對人胎肝功能未知EST進行電子拼接、驗證,獲得全長cDNA或完整ORF;第六,對未知基因進行功能推測,為基因功能研究打下基礎(chǔ);第七,建立人胎肝轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫及蛋白質(zhì)組質(zhì)譜肽段鑒定體系;第八,對SARS-CoA(BJ01)進行基因預測及功能推測。 研究方法:第一,對人胎肝EST進行預處理,排除重復測序序列、外來序列、長度小于100bp的序列,確保后續(xù)分析序列為有效序列,并通過VecScreen程序去除載體序列,通過本地化repeat_masker程序去除重復序列:第二,比對NT數(shù)據(jù)庫,根據(jù)分值不小于200并按照功能已知與否把EST分為功能已知和功能未知兩類:第三,利用Blast比對UniGene數(shù)據(jù)庫、DoTs數(shù)據(jù)庫、MGC數(shù)據(jù)庫和Twinscan所預測的人轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫,獲得較準確的EST豐度信息;第四,通過DAVID軟件對功能已知基因進行GO分類,同時進行KEGG分類;第五,從芯片數(shù)據(jù)中選擇相關(guān)的五種組織,通過DAVID對它們進行分析,獲得人胎肝轉(zhuǎn)錄組特點,并通過層次聚類對五種組織的關(guān)系進行分析:第六,通過Phrap軟件對未知EST進行電子拼接,并比對原始EST及四個轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫進行驗證,同時用ATGpr軟件檢驗完整性和檢出ORF,建立相應的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫;第七,對所獲得的功能未知基因進行Prosite、Pfam、PSORT、SOSUI及電子基因定位等分析;第八,對于SARS-CoV(BJ—01)基因組,首先比較12種基因預測方法,然后選用啟發(fā)式模型(Heuristic models)、基因鑒定(Gene identification)、
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【學位授予單位】：中國人民解放軍軍事醫(yī)學科學院
【學位級別】：博士
【學位授予年份】：2005
【分類號】：R346

【參考文獻】

相關(guān)期刊論文 前2條

1 陳蘊佳,高歌,鮑一明,Rodrigo LOPEZ,吳健民,蔡濤,葉志強,顧孝誠,羅靜初;SARS冠狀病毒全基因組序列初步分析[J];遺傳學報;2003年06期

2 張文廣 ,李金泉 ,周歡敏;冠狀病毒的新成員——SARS-CoV的基因組特性[J];遺傳學報;2003年06期

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本文編號：2479849