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LTQ-FT-MS技術(shù)結(jié)合生物信息學(xué)篩選與HBV Polymerase存在潛在相互作用的宿主蛋白

發(fā)布時(shí)間:2018-12-16 23:22
【摘要】:乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)是慢性肝病的一個(gè)主要致病因素,易導(dǎo)致肝炎、肝硬化,并最終導(dǎo)致肝癌。乙型肝炎病毒聚合酶(HBV Polymerase,Pol)在HBV復(fù)制過程中起著關(guān)鍵作用,并有可能參與肝癌的發(fā)生。Pol的這些生理功能很有可能是通過與蛋白質(zhì)之間的相互作用來行使的。本文通過免疫共沉淀(Co-immunoprecipitation)結(jié)合液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜(LC-MS/MS)技術(shù),篩選、鑒定與Pol存在潛在相互作用的蛋白。用構(gòu)建好的pcDNA3.1-POL-flag重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)染HeLa細(xì)胞,LC-MS/MS技術(shù)篩選能與融合flag標(biāo)簽的Pol發(fā)生免疫共沉淀的蛋白,共得到45個(gè)蛋白,其中11個(gè)蛋白被報(bào)道能與Pol發(fā)生相互作用。Ingenuity Pathway Analysis(IPAR○)軟件進(jìn)一步分析45個(gè)蛋白與Pol的功能及相應(yīng)的細(xì)胞網(wǎng)絡(luò),發(fā)現(xiàn)這些蛋白涉及三個(gè)大分子網(wǎng)絡(luò),其中4個(gè)蛋白可能參與協(xié)助Pol在細(xì)胞網(wǎng)絡(luò)中行使其生理功能,對(duì)這4個(gè)蛋白的進(jìn)一步研究將有助于為攻克乙型肝炎病提供線索。
[Abstract]:Hepatitis B virus (Hepatitis B virus,HBV) is a major cause of chronic liver disease, which can lead to hepatitis, cirrhosis, and ultimately liver cancer. Hepatitis B virus polymerase (HBV Polymerase,Pol) plays a key role in the process of HBV replication and may be involved in the development of liver cancer. These physiological functions of Pol may be performed by interaction with proteins. In this paper, immunocoprecipitation (Co-immunoprecipitation) and liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) were used to screen and identify proteins with potential interaction with Pol. The recombinant plasmid of pcDNA3.1-POL-flag was used to transfect HeLa cells. LC-MS/MS technique was used to screen the proteins that could co-precipitate with the fusion flag tagged Pol. A total of 45 proteins were obtained. Eleven of these proteins were reported to interact with Pol. Ingenuity Pathway Analysis (IPAR0) software to further analyze the functions of 45 proteins and Pol and their corresponding cellular networks, and found that these proteins involve three large molecular networks. Four of these proteins may be involved in assisting Pol to perform its physiological functions in the cellular network, and further study of these four proteins will provide clues for the prevention of hepatitis B disease.
【作者單位】: 暨南大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院;
【基金】:國家科技重大專項(xiàng)課題(2012ZX10002006-003)
【分類號(hào)】:R373.21

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【共引文獻(xiàn)】

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【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào):2383222

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