目的:對(duì)近交系小鼠C57BL/6和C57BL/10進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,對(duì)比其轉(zhuǎn)錄組差異,發(fā)現(xiàn)免疫反應(yīng)相關(guān)差異基因,為藥物體內(nèi)活性評(píng)價(jià)動(dòng)物選擇提供參考。方法:采用Illumina Hiseq 2000測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序,通過(guò)短序列分析獲取轉(zhuǎn)錄本,通過(guò)基因功能分類（GO）和京都基因與基因組百科全書(shū)（KEGG）數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行測(cè)序結(jié)果分析。結(jié)果:獲得38 553 614個(gè)C57BL/6小鼠的原始序列和37 721 318個(gè)C57BL/10小鼠的原始序列。獲得118 002個(gè)轉(zhuǎn)錄本,注釋了46 193個(gè)差異基因。38 106個(gè)轉(zhuǎn)錄本注釋到2 196個(gè)GO分類中,GO分類主要分為3類:細(xì)胞成分,分子功能和生物過(guò)程。1 600個(gè)轉(zhuǎn)錄本注釋到254個(gè)KEGG通路中。另外,發(fā)現(xiàn)了4 651個(gè)單核苷酸（SNP）位點(diǎn)。結(jié)論:通過(guò)二代測(cè)序方法發(fā)現(xiàn)近交系小鼠C57BL/6和C57BL/10轉(zhuǎn)錄組存在顯著差異基因。在KEGG通路分析中篩選了一系列與小鼠免疫應(yīng)答相關(guān)的差異基因,為建立小鼠免疫評(píng)價(jià)模型積累了數(shù)據(jù),對(duì)藥物實(shí)驗(yàn)動(dòng)物體內(nèi)活性檢測(cè)分析具有參考意義,為生物制品評(píng)價(jià)用實(shí)驗(yàn)動(dòng)物的標(biāo)準(zhǔn)化提供技術(shù)支撐。 

【文章來(lái)源】：藥物分析雜志. 2016,36(03)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：7 頁(yè)

【文章目錄】：
1材料與方法
    1.1動(dòng)物收集和RNA提取
    1.2 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文庫(kù)準(zhǔn)備
    1.3 聚類和測(cè)序
    1.4數(shù)據(jù)分析
        1.4.1質(zhì)量控制
        1.4.2序列對(duì)應(yīng)到參考基因組
        1.4.3基因表達(dá)水平定量
        1.4.4差異表達(dá)分析
        1.4.5差異表達(dá)基因的GO和KEGG富集
2結(jié)果與討論
3 小結(jié)



本文編號(hào)：3295525