目的:對近交系小鼠C57BL/6和C57BL/10進行轉錄組測序,對比其轉錄組差異,發(fā)現(xiàn)免疫反應相關差異基因,為藥物體內活性評價動物選擇提供參考。方法:采用Illumina Hiseq 2000測序平臺進行測序,通過短序列分析獲取轉錄本,通過基因功能分類（GO）和京都基因與基因組百科全書（KEGG）數(shù)據(jù)庫進行測序結果分析。結果:獲得38 553 614個C57BL/6小鼠的原始序列和37 721 318個C57BL/10小鼠的原始序列。獲得118 002個轉錄本,注釋了46 193個差異基因。38 106個轉錄本注釋到2 196個GO分類中,GO分類主要分為3類:細胞成分,分子功能和生物過程。1 600個轉錄本注釋到254個KEGG通路中。另外,發(fā)現(xiàn)了4 651個單核苷酸（SNP）位點。結論:通過二代測序方法發(fā)現(xiàn)近交系小鼠C57BL/6和C57BL/10轉錄組存在顯著差異基因。在KEGG通路分析中篩選了一系列與小鼠免疫應答相關的差異基因,為建立小鼠免疫評價模型積累了數(shù)據(jù),對藥物實驗動物體內活性檢測分析具有參考意義,為生物制品評價用實驗動物的標準化提供技術支撐。 

【文章來源】：藥物分析雜志. 2016,36(03)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：7 頁

【文章目錄】：
1材料與方法
    1.1動物收集和RNA提取
    1.2 轉錄組測序文庫準備
    1.3 聚類和測序
    1.4數(shù)據(jù)分析
        1.4.1質量控制
        1.4.2序列對應到參考基因組
        1.4.3基因表達水平定量
        1.4.4差異表達分析
        1.4.5差異表達基因的GO和KEGG富集
2結果與討論
3 小結



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