目的應(yīng)用生物信息學(xué)方法分析中東呼吸綜合征冠狀病毒（Middle East respiratory syndrome coronavirus,MERS-CoV）棘突蛋白（Spike,S）的主要特性,預(yù)測可能的B/T細胞抗原表位。結(jié)果 MERS-CoV的S蛋白氨基酸序列基本保守,具有多個糖基化、酰胺化及磷酸化翻譯后修飾位點。綜合各種單參數(shù)預(yù)測MERS-CoV S蛋白可能存在4個B細胞抗原表位、7個CTL細胞表位和5個Th細胞表位。方法以MERS-CoV S蛋白的氨基酸序列一級結(jié)構(gòu)為基礎(chǔ)分析其保守性,采用ProtParam預(yù)測S蛋白的理化特性,SOPMA預(yù)測其二級結(jié)構(gòu),MotifScan預(yù)測翻譯后修飾位點,DNAStar分析其序列的親水性指數(shù)、柔韌性指數(shù)、可及性參數(shù)以及抗原指數(shù),推測B細胞抗原表位的可能位置,采用SYFPEITHI的T細胞表位預(yù)測工具預(yù)測CTL和Th細胞表位。結(jié)論生物信息學(xué)方法預(yù)測MERS-CoV S蛋白氨基酸保守序列,該蛋白可能含有B/T細胞抗原表位,為MERS-CoV疫苗研制及其他相關(guān)研究奠定了基礎(chǔ)。 

【文章來源】：中國病原生物學(xué)雜志. 2017,12(07)北大核心CSCD

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圖２ＭＥＲＳ－ＣｏＶＳ蛋白的Ｂ細胞表位Ｆｉｇ．２ＴｈｅｐｏｔｅｎｔｉａｌＢｃｅｌｌｅｐｉｔｏｐｅｓｏｆＳｐｒｏｔｅｉｎｏｆＭＥＲＳ－ＣｏＶ

激酶Ｃ磷酸化位點１７２５－２７，１３９－１４１，２２７－２２９，２６７－２６９，２８９－２９１，２９９－３０１，３０５－３０７，４５１－４５３，６１２－６１４，６９２－６９４，７４６－７４８，７４９－７５１，８４５－８４７，８５２－８５４，８８５－８８７，９１９－９２１，１１１１－１１１３酪氨酸激酶磷酸化位點３６９８－７０４，８０１－８０９，１１７９－１１８６ｃＡＭＰ和ｃＧＭＰ依賴的蛋白激酶磷酸化位點１６９９－７０２圖２ＭＥＲＳ－ＣｏＶＳ蛋白的Ｂ細胞表位Ｆｉｇ．２ＴｈｅｐｏｔｅｎｔｉａｌＢｃｅｌｌｅｐｉｔｏｐｅｓｏｆＳｐｒｏｔｅｉｎｏｆＭＥＲＳ－ＣｏＶ討論ＭＥＲＳ－ＣｏＶ是一種新型冠狀病毒，自２０１２年４月起在中東地區(qū)出現(xiàn)并流行，目前亞洲、歐洲、非洲和美洲的２６個國家相繼報告有ＭＥＲＳ病例，這些原發(fā)病例均有中東旅行史。在２０１５年５－７月，韓國發(fā)生了大規(guī)模ＭＥＲＳ疫情，同年５月底我國也出現(xiàn)了１例來自韓國的輸入性病例，因此亟需開發(fā)有效的疫苗預(yù)防ＭＥＲＳ－ＣｏＶ感染。表位疫苗由于針對性強、毒副作用孝制備簡單、運輸保存容易等優(yōu)點成為疫苗研制的熱點［１５］。傳統(tǒng)的Ｘ－晶體衍射法和免疫實驗法費時費力且周期長，采用生物信息學(xué)方法預(yù)測蛋白特性倍受關(guān)注［１６］。表３ＭＥＲＳ－ＣｏＶＳ蛋白的潛在ＣＴＬ細胞表位Ｔａｂｌｅ３ＰｏｔｅｎｔｉａｌＣＴＬｅｐｉｔｏｐｅｓｏｆＳｐｒｏｔｅｉｎｏｆＭＥＲＳ－ＣｏＶ序號Ｏｒｄｅｒ位置Ｔｈｅｐｏｓｉｔｉｏｎｏｆａｍｉｎｏａｃｉｄｓ序列Ｔｈｅｓｅｑ

【參考文獻】：
期刊論文
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