目的應(yīng)用生物信息學(xué)方法分析中東呼吸綜合征冠狀病毒（Middle East respiratory syndrome coronavirus,MERS-CoV）棘突蛋白（Spike,S）的主要特性,預(yù)測(cè)可能的B/T細(xì)胞抗原表位。結(jié)果 MERS-CoV的S蛋白氨基酸序列基本保守,具有多個(gè)糖基化、酰胺化及磷酸化翻譯后修飾位點(diǎn)。綜合各種單參數(shù)預(yù)測(cè)MERS-CoV S蛋白可能存在4個(gè)B細(xì)胞抗原表位、7個(gè)CTL細(xì)胞表位和5個(gè)Th細(xì)胞表位。方法以MERS-CoV S蛋白的氨基酸序列一級(jí)結(jié)構(gòu)為基礎(chǔ)分析其保守性,采用ProtParam預(yù)測(cè)S蛋白的理化特性,SOPMA預(yù)測(cè)其二級(jí)結(jié)構(gòu),MotifScan預(yù)測(cè)翻譯后修飾位點(diǎn),DNAStar分析其序列的親水性指數(shù)、柔韌性指數(shù)、可及性參數(shù)以及抗原指數(shù),推測(cè)B細(xì)胞抗原表位的可能位置,采用SYFPEITHI的T細(xì)胞表位預(yù)測(cè)工具預(yù)測(cè)CTL和Th細(xì)胞表位。結(jié)論生物信息學(xué)方法預(yù)測(cè)MERS-CoV S蛋白氨基酸保守序列,該蛋白可能含有B/T細(xì)胞抗原表位,為MERS-CoV疫苗研制及其他相關(guān)研究奠定了基礎(chǔ)。 

【文章來(lái)源】：中國(guó)病原生物學(xué)雜志. 2017,12(07)北大核心CSCD

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【部分圖文】：

圖２ＭＥＲＳ－ＣｏＶＳ蛋白的Ｂ細(xì)胞表位Ｆｉｇ．２ＴｈｅｐｏｔｅｎｔｉａｌＢｃｅｌｌｅｐｉｔｏｐｅｓｏｆＳｐｒｏｔｅｉｎｏｆＭＥＲＳ－ＣｏＶ

激酶Ｃ磷酸化位點(diǎn)１７２５－２７，１３９－１４１，２２７－２２９，２６７－２６９，２８９－２９１，２９９－３０１，３０５－３０７，４５１－４５３，６１２－６１４，６９２－６９４，７４６－７４８，７４９－７５１，８４５－８４７，８５２－８５４，８８５－８８７，９１９－９２１，１１１１－１１１３酪氨酸激酶磷酸化位點(diǎn)３６９８－７０４，８０１－８０９，１１７９－１１８６ｃＡＭＰ和ｃＧＭＰ依賴的蛋白激酶磷酸化位點(diǎn)１６９９－７０２圖２ＭＥＲＳ－ＣｏＶＳ蛋白的Ｂ細(xì)胞表位Ｆｉｇ．２ＴｈｅｐｏｔｅｎｔｉａｌＢｃｅｌｌｅｐｉｔｏｐｅｓｏｆＳｐｒｏｔｅｉｎｏｆＭＥＲＳ－ＣｏＶ討論ＭＥＲＳ－ＣｏＶ是一種新型冠狀病毒，自２０１２年４月起在中東地區(qū)出現(xiàn)并流行，目前亞洲、歐洲、非洲和美洲的２６個(gè)國(guó)家相繼報(bào)告有ＭＥＲＳ病例，這些原發(fā)病例均有中東旅行史。在２０１５年５－７月，韓國(guó)發(fā)生了大規(guī)模ＭＥＲＳ疫情，同年５月底我國(guó)也出現(xiàn)了１例來(lái)自韓國(guó)的輸入性病例，因此亟需開(kāi)發(fā)有效的疫苗預(yù)防ＭＥＲＳ－ＣｏＶ感染。表位疫苗由于針對(duì)性強(qiáng)、毒副作用孝制備簡(jiǎn)單、運(yùn)輸保存容易等優(yōu)點(diǎn)成為疫苗研制的熱點(diǎn)［１５］。傳統(tǒng)的Ｘ－晶體衍射法和免疫實(shí)驗(yàn)法費(fèi)時(shí)費(fèi)力且周期長(zhǎng)，采用生物信息學(xué)方法預(yù)測(cè)蛋白特性倍受關(guān)注［１６］。表３ＭＥＲＳ－ＣｏＶＳ蛋白的潛在ＣＴＬ細(xì)胞表位Ｔａｂｌｅ３ＰｏｔｅｎｔｉａｌＣＴＬｅｐｉｔｏｐｅｓｏｆＳｐｒｏｔｅｉｎｏｆＭＥＲＳ－ＣｏＶ序號(hào)Ｏｒｄｅｒ位置Ｔｈｅｐｏｓｉｔｉｏｎｏｆａｍｉｎｏａｃｉｄｓ序列Ｔｈｅｓｅｑ

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3232267