本文關(guān)鍵詞：鸚鵡熱嗜衣原體急性感染與持續(xù)性感染差異表達(dá)基因篩選，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：[目的]基因芯片檢測(cè)鸚鵡熱嗜衣原體(Chlamydophila psittaci,Cps)急性感染與持續(xù)性感染的差異表達(dá)基因,篩選與Cps 6BC持續(xù)性感染有關(guān)的關(guān)鍵基因,探討Cps持續(xù)性感染發(fā)生的可能分子機(jī)制。[方法]1.Cps 6BC誘導(dǎo)細(xì)胞的急性感染:用Cps 6BC標(biāo)準(zhǔn)株感染He La細(xì)胞,培養(yǎng)2h后從培養(yǎng)箱中取出,吸棄感染液,更換為DMEM+10%FBS,37℃培養(yǎng)。2.Cps 6BC誘導(dǎo)細(xì)胞的持續(xù)性感染:用Cps 6BC標(biāo)準(zhǔn)株感染He La細(xì)胞,并在感染液中加入35ng/m L rh IFN-γ,培養(yǎng)2h后從培養(yǎng)箱中取出,吸棄感染液,更換為含35ng/m L rh IFN-γ的衣原體生長(zhǎng)培養(yǎng)基,37℃培養(yǎng)。3.分別收集6、12、24、36、48、60h Cps 6BC急性感染與持續(xù)性感染的He La細(xì)胞,提取Cps RNA后,采用Agilent 8×15K Cps全基因組表達(dá)譜芯片檢測(cè)、比較分析急性感染與持續(xù)性感染中Cps的差異表達(dá)基因,然后用Absolute Fold change≥2為顯著上調(diào),Fold change≤0.5為顯著下調(diào),同時(shí)Flag標(biāo)記為Detected的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行差異基因篩選,運(yùn)用GO分類(lèi)、KEGG代謝通路及DAVID在線軟件對(duì)差異基因進(jìn)行功能聚類(lèi)及通路分析,并通過(guò)Realtime-PCR確證部分差異基因。[結(jié)果]通過(guò)比較Cps急性感染與持續(xù)性感染,發(fā)現(xiàn)在12~60h共有持續(xù)性感染差異表達(dá)基因287個(gè),包括74個(gè)表達(dá)上調(diào)基因,以及213個(gè)表達(dá)下調(diào)基因,GO分類(lèi)的BP分析顯示,21個(gè)持續(xù)性感染表達(dá)上調(diào)基因參與1個(gè)與翻譯相關(guān)的BP分類(lèi)“translation”,EASE score為3.58E-09,58個(gè)持續(xù)性感染表達(dá)下調(diào)基因參與8個(gè)BP分類(lèi),其中能量代謝相關(guān)的“oxidation reduction”、參與氨基酸合成及代謝的“tetrapyrrole biosynthetic process”、“tetrapyrrole metabolic process”EASE Score最低,小于0.03。57個(gè)持續(xù)性感染表達(dá)上調(diào)基因參與4個(gè)MF分類(lèi),“structural molecule activity”、“structure constituent of ribosome”、“r RNA binding”ESAE Score較低,小于9.6E-6。41個(gè)持續(xù)性感染表達(dá)下調(diào)基因參與8個(gè)MF分類(lèi),主要涉及核苷酸及無(wú)機(jī)離子轉(zhuǎn)運(yùn)等,其中“nucleotidyl transferase activity”、“sodium ion binding”、“oxidoreductase activity”的EASE Score最低,小于0.03。利用KEGG pathway分析顯示,當(dāng)EASE Score0.1時(shí),有18個(gè)持續(xù)性感染表達(dá)上調(diào)基因參與了1條“KEGG-pathway”;38個(gè)持續(xù)性感染表達(dá)下調(diào)基因參與了5條“KEGG-pathway”。將持續(xù)性感染差異表達(dá)基因涉及的生物學(xué)功能進(jìn)行“Functional Annotation Clustering”分析,結(jié)果顯示持續(xù)性感染表達(dá)上調(diào)基因涉及的生物學(xué)功能分類(lèi)聚成4個(gè)集合,其中Enrichment Score最高的功能集合與r RNA的合成相關(guān)。持續(xù)性感染表達(dá)下調(diào)基因涉及的生物學(xué)功能分類(lèi)聚成23個(gè)集合,其中Enrichment Score最高的功能集合與某些生物合成及代謝相關(guān)。Real time-PCR檢測(cè)目的基因CPSIT_0739(6h)、CPSIT_0043(12h)、CPSIT_0531(36h)、CPSIT_0555(48h)的m RNA表達(dá)水平,結(jié)果均與芯片結(jié)果相同。[結(jié)論]1.構(gòu)建了Cps急性感染與持續(xù)性感染差異基因表達(dá)譜;2.通過(guò)Agilent Cps全基因組表達(dá)譜芯片共篩選出12~60h持續(xù)性感染差異表達(dá)基因287個(gè),其中表達(dá)上調(diào)基因74個(gè),表達(dá)下調(diào)基因213個(gè),結(jié)合其他人工構(gòu)建體外持續(xù)性感染模型,這些基因可能成為持續(xù)性感染標(biāo)志性基因。
【關(guān)鍵詞】：鸚鵡熱嗜衣原體 持續(xù)性感染 基因芯片 基因表達(dá)
【學(xué)位授予單位】：南華大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類(lèi)號(hào)】：R392.11
【目錄】：

• 摘要4-7
• Abstract7-12
• 第1章 緒論12-14
• 第2章 實(shí)驗(yàn)材料14-18
• 2.1 菌株和細(xì)胞株14
• 2.2 主要實(shí)驗(yàn)材料14-15
• 2.3 主要儀器和設(shè)備15-16
• 2.4 芯片及配套設(shè)備16-18
• 第3章 實(shí)驗(yàn)方法18-28
• 3.1 細(xì)胞培養(yǎng)及傳代18
• 3.2 Cps 6BC感染濃度的確定18-19
• 3.3 Cps 6BC對(duì)宿主細(xì)胞急性感染與持續(xù)性感染模型的建立--83.4 抽提感染細(xì)胞樣品總RNA19-21
• 3.5 分離Cps 6BC的RNA21-23
• 3.6 RNA的完整性以及純度、濃度的檢測(cè)23-24
• 3.7 基因芯片檢測(cè)及分析24-25
• 3.8 部分差異表達(dá)基因mRNA水平的驗(yàn)證25-28
• 第4章 實(shí)驗(yàn)結(jié)果28-44
• 4.1 感染濃度的確定28
• 4.2 不同濃度rh IFN-γ處理對(duì)Cps 6BC感染能力的影響28-29
• 4.3 基因芯片分析檢測(cè)結(jié)果29-31
• 4.4 差異表達(dá)基因生物信息學(xué)分析31-42
• 4.5 部分差異表達(dá)基因mRNA水平的驗(yàn)證42-44
• 第5章 討論44-48
• 第6章 結(jié)論48-50
• 參考文獻(xiàn)50-54
• 文獻(xiàn)綜述54-64
• 參考文獻(xiàn)60-64
• 附表64-76
• 發(fā)表的論文與參與課題76-78
• 本研究受以下基金贊助78-80
• 致謝80

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3 丁正榮;李一飛;李榮成;陳琨琳;李艷萍;龔健;農(nóng)遠(yuǎn)志;馮永貞;王福菊;李燕超;;乙型肝炎病毒感染標(biāo)志在不同人群中分布和持續(xù)性感染標(biāo)志的研究[J];中國(guó)公共衛(wèi)生;1986年05期

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本文編號(hào)：317558