目的對(duì)寨卡病毒（ZIKV）E蛋白和NS5蛋白序列進(jìn)行生物信息學(xué)比較研究,并分析其意義。方法利用多種生物信息在線分析工具和軟件包對(duì)ZIKV E、NS5基因及編碼蛋白與其他黃病毒屬代表株序列比對(duì),計(jì)算核苷酸和氨基酸同源性。預(yù)測(cè)ZIKV E、NS5蛋白跨膜區(qū)、信號(hào)肽與二級(jí)結(jié)構(gòu)以及B細(xì)胞表位。結(jié)果不同地理株的ZIKV E蛋白核苷酸和氨基酸同源性分別為87.1%～100%和94.2%～100%,與黃病毒屬中Spondweni病毒最接近,氨基酸同源性最高達(dá)72.8%。不同地理株的ZIKV NS5蛋白核苷酸和氨基酸同源性分別為88%～99.9%和95.5%～100%,與Spondweni病毒最接近,氨基酸同源性最高達(dá)77.5%。E蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)以無規(guī)則卷曲居多,占50.79%,存在兩個(gè)跨膜結(jié)構(gòu)區(qū)域461～479aa、483～501aa,信號(hào)肽斷裂位點(diǎn)位于501aa,可能的抗原表位區(qū)域有:317～342aa、155～181、66～89、226～238、380～384aa;NS5蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)也以無規(guī)則卷曲居多,占51.60%,無跨膜結(jié)構(gòu)區(qū)域,信號(hào)肽斷裂位點(diǎn)位于152aa,可能的表位區(qū)域有100～114aa... 

【文章來源】：實(shí)驗(yàn)與檢驗(yàn)醫(yī)學(xué). 2019,37(06)

【文章頁數(shù)】：4 頁

【部分圖文】：

NS5蛋白信號(hào)肽結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

E蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)（1A）及組成成分（1B）、NS 5蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)（1C）及組成成分（1D)

圖1 E蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)（1A）及組成成分（1B）、NS 5蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)（1C）及組成成分（1D)運(yùn)用Bepipred法預(yù)測(cè)B細(xì)胞線性表位，結(jié)果顯示E蛋白平均抗原性指數(shù)為0.062，分子內(nèi)有多個(gè)可能的抗原表位區(qū)域。其中分值最高的表位區(qū)域?yàn)?17～342aa，分值達(dá)1.919（閾值0.350）；其次為155～181、66～89、226～238、380～384aa（按分值高低排列），見圖6。NS5蛋白平均抗原性指數(shù)為0.107，分值最高表位區(qū)域?yàn)?00～114aa，分值達(dá)2.297；其次為360～372、148～159、688～707aa，見圖7。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]寨卡病毒E蛋白及第三結(jié)構(gòu)域的原核表達(dá)和多克隆抗體制備[J]. 丁晨曦,朱旭輝,艾樂樂,葉福強(qiáng),譚偉龍,胡丹,陳家鋒,郭曉璐,潘秀珍,王長軍.  中國人獸共患病學(xué)報(bào). 2018(01)
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本文編號(hào)：3057502