目的對寨卡病毒（ZIKV）E蛋白和NS5蛋白序列進行生物信息學(xué)比較研究,并分析其意義。方法利用多種生物信息在線分析工具和軟件包對ZIKV E、NS5基因及編碼蛋白與其他黃病毒屬代表株序列比對,計算核苷酸和氨基酸同源性。預(yù)測ZIKV E、NS5蛋白跨膜區(qū)、信號肽與二級結(jié)構(gòu)以及B細胞表位。結(jié)果不同地理株的ZIKV E蛋白核苷酸和氨基酸同源性分別為87.1%～100%和94.2%～100%,與黃病毒屬中Spondweni病毒最接近,氨基酸同源性最高達72.8%。不同地理株的ZIKV NS5蛋白核苷酸和氨基酸同源性分別為88%～99.9%和95.5%～100%,與Spondweni病毒最接近,氨基酸同源性最高達77.5%。E蛋白二級結(jié)構(gòu)以無規(guī)則卷曲居多,占50.79%,存在兩個跨膜結(jié)構(gòu)區(qū)域461～479aa、483～501aa,信號肽斷裂位點位于501aa,可能的抗原表位區(qū)域有:317～342aa、155～181、66～89、226～238、380～384aa;NS5蛋白二級結(jié)構(gòu)也以無規(guī)則卷曲居多,占51.60%,無跨膜結(jié)構(gòu)區(qū)域,信號肽斷裂位點位于152aa,可能的表位區(qū)域有100～114aa... 

【文章來源】：實驗與檢驗醫(yī)學(xué). 2019,37(06)

【文章頁數(shù)】：4 頁

【部分圖文】：

NS5蛋白信號肽結(jié)構(gòu)預(yù)測

E蛋白二級結(jié)構(gòu)（1A）及組成成分（1B）、NS 5蛋白的二級結(jié)構(gòu)（1C）及組成成分（1D)

圖1 E蛋白二級結(jié)構(gòu)（1A）及組成成分（1B）、NS 5蛋白的二級結(jié)構(gòu)（1C）及組成成分（1D)運用Bepipred法預(yù)測B細胞線性表位，結(jié)果顯示E蛋白平均抗原性指數(shù)為0.062，分子內(nèi)有多個可能的抗原表位區(qū)域。其中分值最高的表位區(qū)域為317～342aa，分值達1.919（閾值0.350）；其次為155～181、66～89、226～238、380～384aa（按分值高低排列），見圖6。NS5蛋白平均抗原性指數(shù)為0.107，分值最高表位區(qū)域為100～114aa，分值達2.297；其次為360～372、148～159、688～707aa，見圖7。

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3057502