目的分析問號(hào)鉤端螺旋體（鉤體）環(huán)二鳥苷酸（Cyclic dimeric-GMP,c-di-GMP）調(diào)節(jié)相關(guān)的GGDEF和EAL/HD-GYP結(jié)構(gòu)域蛋白生物信息學(xué)結(jié)果,為后續(xù)的功能研究奠定基礎(chǔ)。方法 PSI-BLAST方法分析編碼GGDEF和EAL/HDGYP結(jié)構(gòu)域蛋白的基因;利用相應(yīng)生物信息學(xué)軟件對(duì)蛋白信號(hào)肽序列、跨膜序列、蛋白結(jié)構(gòu)、同源性進(jìn)行分析并構(gòu)建目的蛋白進(jìn)化樹。結(jié)果問號(hào)鉤體中22個(gè)蛋白分別含有GGDEF或EAL/HD-GYP結(jié)構(gòu)域,多數(shù)蛋白均有感受器結(jié)構(gòu)域和跨膜區(qū)。7個(gè)具有PAS輸入感受器的GGDEF結(jié)構(gòu)域蛋白進(jìn)化較為獨(dú)立,位于單獨(dú)的一個(gè)分支,其余6個(gè)GGDEF結(jié)構(gòu)域蛋白則分散在不同的分支上。4個(gè)EAL結(jié)構(gòu)域蛋白和2個(gè)HD-GYP結(jié)構(gòu)域蛋白進(jìn)化上也較為獨(dú)立,分別處于同一進(jìn)化分支。3個(gè)GGDEF和EAL結(jié)構(gòu)域耦合的蛋白在進(jìn)化關(guān)系上更趨向于PDE活性蛋白。結(jié)論鉤體具有多拷貝的合成和降解c-di-GMP相關(guān)蛋白編碼基因,表明在鉤體中c-di-GMP網(wǎng)絡(luò)具有高度復(fù)雜性,同時(shí)反映出鉤體對(duì)環(huán)境條件的改變具有復(fù)雜的應(yīng)對(duì)機(jī)制。 

【文章來源】：中國(guó)人獸共患病學(xué)報(bào). 2016,32(02)北大核心

【文章頁數(shù)】：5 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1鉤體基因組
    1.2蛋白序列分析
    1.3進(jìn)化樹構(gòu)建
2 結(jié)果
    2.1 GGDEF和EAL結(jié)構(gòu)域蛋白編碼基因的多樣性
    2.2預(yù)測(cè)的GGDEF結(jié)構(gòu)域蛋白催化活性
    2.3 GGDEF和EAL/HD-GYP蛋白中的傳感器結(jié)構(gòu)域
    2.4 GGDEF和EAL/HD-GYP結(jié)構(gòu)域蛋白的進(jìn)化分析
3 結(jié)論



本文編號(hào)：3025731