目的分析問號鉤端螺旋體（鉤體）環(huán)二鳥苷酸（Cyclic dimeric-GMP,c-di-GMP）調(diào)節(jié)相關(guān)的GGDEF和EAL/HD-GYP結(jié)構(gòu)域蛋白生物信息學結(jié)果,為后續(xù)的功能研究奠定基礎(chǔ)。方法 PSI-BLAST方法分析編碼GGDEF和EAL/HDGYP結(jié)構(gòu)域蛋白的基因;利用相應(yīng)生物信息學軟件對蛋白信號肽序列、跨膜序列、蛋白結(jié)構(gòu)、同源性進行分析并構(gòu)建目的蛋白進化樹。結(jié)果問號鉤體中22個蛋白分別含有GGDEF或EAL/HD-GYP結(jié)構(gòu)域,多數(shù)蛋白均有感受器結(jié)構(gòu)域和跨膜區(qū)。7個具有PAS輸入感受器的GGDEF結(jié)構(gòu)域蛋白進化較為獨立,位于單獨的一個分支,其余6個GGDEF結(jié)構(gòu)域蛋白則分散在不同的分支上。4個EAL結(jié)構(gòu)域蛋白和2個HD-GYP結(jié)構(gòu)域蛋白進化上也較為獨立,分別處于同一進化分支。3個GGDEF和EAL結(jié)構(gòu)域耦合的蛋白在進化關(guān)系上更趨向于PDE活性蛋白。結(jié)論鉤體具有多拷貝的合成和降解c-di-GMP相關(guān)蛋白編碼基因,表明在鉤體中c-di-GMP網(wǎng)絡(luò)具有高度復雜性,同時反映出鉤體對環(huán)境條件的改變具有復雜的應(yīng)對機制。 

【文章來源】：中國人獸共患病學報. 2016,32(02)北大核心

【文章頁數(shù)】：5 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1鉤體基因組
    1.2蛋白序列分析
    1.3進化樹構(gòu)建
2 結(jié)果
    2.1 GGDEF和EAL結(jié)構(gòu)域蛋白編碼基因的多樣性
    2.2預(yù)測的GGDEF結(jié)構(gòu)域蛋白催化活性
    2.3 GGDEF和EAL/HD-GYP蛋白中的傳感器結(jié)構(gòu)域
    2.4 GGDEF和EAL/HD-GYP結(jié)構(gòu)域蛋白的進化分析
3 結(jié)論



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