目的應(yīng)用生物信息學(xué)相關(guān)軟件和技術(shù)預(yù)測(cè)分析靶向結(jié)合細(xì)胞表面腸道71型病毒(enterovirus 71,EV71)受體溶酶體整合膜蛋白2型(lysosomal integral membrane protein 2,SCARB2)的miRNA分子,為探索miRNA分子在EV71感染宿主細(xì)胞的機(jī)制研究提供理論基礎(chǔ)。方法應(yīng)用生物信息學(xué)網(wǎng)站軟件miRWalk 2.0首先預(yù)測(cè)分析靶向結(jié)合于SCARB2的miRNA,對(duì)得到的miRNA進(jìn)行驗(yàn)證評(píng)價(jià),然后在GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中查找相關(guān)的miRNA差異表達(dá)芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,尋找差異表達(dá)較高有意義的miRNA分子。結(jié)果通過(guò)預(yù)測(cè)分析能夠與靶基因SCARB2結(jié)合的miRNA153個(gè),同時(shí)運(yùn)用R語(yǔ)言對(duì)在GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中檢索到的芯片表達(dá)矩陣數(shù)據(jù)進(jìn)行差異分析,得到1 246個(gè)差異表達(dá)miRNA分子。其中與預(yù)測(cè)到的153個(gè)miRNA交集得到79個(gè),上調(diào)的15個(gè),miR-1827上調(diào)最顯著;下調(diào)的10個(gè),miR-182-5p和miR-125a-5p下調(diào)最顯著,與靶基因的結(jié)合特異性也很好。結(jié)論 miR-1827、miR-182-5p和miR-125a-5p能夠特異性結(jié)合靶基因EV71病毒受體SCARB2,并且在EV71感染前后表達(dá)差異顯著,可為臨床提供診療依據(jù)。
【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 運(yùn)用miRWalk
        1.2.2 矩陣分析
        1.2.3 對(duì)預(yù)測(cè)到miRNA與靶基因結(jié)合的穩(wěn)定性和特異性分析并與GEO數(shù)據(jù)對(duì)比
2 結(jié)果
    2.1 與受體SCARB2結(jié)合的miRNA
    2.2 GEO數(shù)據(jù)庫(kù)芯片表達(dá)矩陣差異表達(dá)基因
    2.3 分析結(jié)果
3 討論

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