目的運(yùn)用線粒體COII基因、核糖體18S rDNA和28S rDNA分子標(biāo)記對(duì)云南西北7個(gè)不同地理種群的特新蚤遺傳多樣性及遺傳分化進(jìn)行分析,揭示特新蚤不同地理種群的遺傳差異,初步探討特新蚤亞種分化的分子機(jī)制及分類地位,構(gòu)建云南特新蚤生物學(xué)和遺傳信息的數(shù)據(jù)庫(kù),為進(jìn)一步研究特新蚤系統(tǒng)分類及鼠疫的防治提供分子生物學(xué)依據(jù)。方法1、樣本采集:采集云南西北德欽、維西、香格里拉、云龍、劍川、玉龍和貢山7個(gè)地理區(qū)域的特新蚤,根據(jù)形態(tài)學(xué)特征鑒定特新蚤。2、DNA提取:將蚤切割成頭、胸、腹三段,按QIAGEN血液、組織DNA提取試劑盒說明書進(jìn)行操作,提完DNA后保留蚤未被消化的幾丁質(zhì)殼。3、PCR擴(kuò)增:擴(kuò)增特新蚤線粒體COⅡ基因和核糖體18S rDNA、28S rDNA。4、電泳:PCR擴(kuò)增產(chǎn)物采用1.2%瓊脂糖凝膠電泳,凝膠成像儀觀察結(jié)果。5、序列測(cè)定與分析:將測(cè)序成功的序列進(jìn)行人工校正與拼接,運(yùn)用Clustal X1.8 軟件、MEGA6.0 軟件、DnaSP5.0 軟件、Network 4.6 軟件、Arlequinv3.1 軟件進(jìn)行序列分析。結(jié)果1.共獲取61份蚤樣本的線粒體COⅡ基因序列,有8份樣本的堿基差異較大,共檢測(cè)到193個(gè)變異位點(diǎn),定義43個(gè)單倍型,COII基因單倍型NJ系統(tǒng)發(fā)育樹顯示,單倍型Hap11、Hap13、Hap14、Hap24與外群寬新蚤明顯聚為一大支,單倍型Hap40、Hap25、Hap41聚為一支,其余單倍型聚為一個(gè)大支,各分支的蚤遺傳距離為0.00190～0.02126,各分支間的遺傳距離為0.08578～0.17654,大于0.02。2.53份特新蚤線粒體COII基因序列共檢測(cè)到73個(gè)變異位點(diǎn),定義36個(gè)單倍型,總體和大部分地理種群的單倍型多樣性Hd0.5、核苷酸多樣性Pi0.005,群體呈現(xiàn)出單倍型多樣性與核苷酸多樣性均較高的模式。3.特新蚤7個(gè)地理種群的群體內(nèi)遺傳距離均小于0.02,平均遺傳距離為0.01986,大部分地理種群間的遺傳距離大于0.02,且遺傳分化系數(shù)Fst大于0.25,基因交流水平Nm值小于1,各地理種群的遺傳變異較大。4.在單倍型網(wǎng)絡(luò)圖和NJ系統(tǒng)發(fā)育樹中,特新蚤的三個(gè)亞種并沒有形成相對(duì)應(yīng)的亞種聚集,各個(gè)地理種群的單倍型分布與其所在的地理種群之間也沒有顯示出明顯的對(duì)應(yīng)關(guān)系,處于一種較為混雜的分布格局,并未形成明顯的系統(tǒng)地理格局。5.AMOVA分析結(jié)果顯示,特新蚤各地理種群的群體內(nèi)變異(63.53%)大于種群間(31.58%)及亞種間的變異(4.89%)。三個(gè)亞種間的Nm值為4.86561,亞種內(nèi)各地理種群間Nm值為0.50283,種群內(nèi)的Nm值為0.43546。錯(cuò)配分析計(jì)算出SSD和HR參數(shù)的P值均大于0.05,Tajima'D值(-0.4078)與Fu'sFs值(-9.8681)均為負(fù)數(shù)。6.7個(gè)地理種群的樣本蚤的核糖體DNA18SrDNA、28SrDNA序列僅4個(gè)和5個(gè)堿基的差異,遺傳變異非常小,通過18S rDNA和28S rDNA序列比對(duì)可以區(qū)分特新蚤和棕形額蚤。結(jié)論1.線粒體COⅡ基因是特新蚤一個(gè)較為理想的分子標(biāo)記,該序列可提供豐富的遺傳多樣性信息,能夠有效鑒別特新蚤并進(jìn)行種內(nèi)遺傳分析。2.通過線粒體COⅡ基因分析,云南西北地區(qū)不同地理種群間的特新蚤存在較大的遺傳變異,群體具有豐富的遺傳多樣性。3.基于線粒體COⅡ基因的序列分析與基于形態(tài)學(xué)鑒定的特新蚤三個(gè)亞種的分類地位不吻合,特新蚤是否存在三個(gè)亞種,還需進(jìn)行進(jìn)一步的確定和分析。4.核糖體18S rDNA、28S rDNA序列相對(duì)保守,不適合做特新蚤種內(nèi)不同地理種群的遺傳多樣性分析。
【學(xué)位單位】：大理大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2018
【中圖分類】：R384.3
【部分圖文】：

邐大理大學(xué)碩上學(xué)位論文逡逑云南的西北部橫斷山區(qū)（圖１），也是云南野鼠鼠疫自然疫源地的主要分布地區(qū)，逡逑而且云南西北橫斷山區(qū)高山峽谷相間、地形地貌復(fù)雜，并處怒江、金沙江和瀾滄逡逑江三江的流經(jīng)地帶，具有豐富的物種多樣性。逡逑＾邐？Ｓ］邐＼逡逑ｊ邋櫖逡逑ｆ邐。保山邐＇邋

本文編號(hào)：2815911