【摘要】：疾病困擾人們的生活,甚至能奪走人類的生命,研究疾病的分子生物學(xué)機(jī)制對提高人類生存品質(zhì)具有非常重要的意義。目前OMIM數(shù)據(jù)庫、Human Gene Mutation Database中已收錄了大量的人類疾病基因。利用模式生物構(gòu)建疾病模型研究人類疾病的發(fā)生、發(fā)展分子機(jī)制是疾病研究中的重要研究手段。近年大量的研究發(fā)現(xiàn),microRNAs(miRNAs)在調(diào)節(jié)疾病基因表達(dá)中扮演著重要的作用,例如心血管疾病、神經(jīng)退行性疾病以及腫瘤發(fā)生。在以往的疾病模型中,很少考慮到miRNAs對疾病基因的重要調(diào)控作用,因此,本文在四種模式生物:小鼠、斑馬魚、果蠅和線蟲中研究了 miRNA對人類疾病基因的調(diào)控作用。為此,本文在全基因組范圍對小鼠、斑馬魚、果蠅、線蟲和人類五個物種中對miRNA-gene靶向?qū)M(jìn)行生物信息學(xué)預(yù)測;通過識別了小鼠、斑馬魚、果蠅和線蟲基因組中與人類疾病基因同源的基因,以及與人類miRNA同源的miRNA;最終篩選出了四種模式生物中與人類同源的miRNA-疾病基因靶向?qū)Α４送?本文基于Linux+Apache+MySQL+PHP搭建了果蠅疾病同源miRNA-gene數(shù)據(jù)庫。本文取得的主要研究成果如下:1.獲取了小鼠與人類miRNA-疾病基因同源的靶向?qū)?共73014條小鼠miRNA-基因靶向?qū)?其中包含846個小鼠miRNA、2019個小鼠基因,分別與868個人類miRNA、2035個人類疾病基因同源。2.獲取了斑馬魚與人類miRNA-疾病基因同源的靶向?qū)?共13013條斑馬魚miRNA-基因靶向?qū)?其中包含238個斑馬魚miRNA、802個斑馬魚基因,分別與260個人類miRNA、828個人類疾病基因同源。3.獲取了果蠅與人類miRNA-疾病基因同源的靶向?qū)?共2263條果蠅miRNA-基因靶向?qū)?其中包含88個果蠅miRNA、352個果蠅基因,分別與144個人類miRNA、401個人類疾病基因同源。4.獲取了線蟲與人類miRNA-疾病基因同源的靶向?qū)?共403條線蟲miRNA-基因靶向?qū)?其中包含64個線蟲miRNA、139個線蟲基因,分別與81個人類miRNA、163個人類疾病基因同源。5.利用Cytoscape軟件可視化果蠅與人類miRNA-疾病基因同源的靶向?qū)?基于Linux+Apache+MySQL+PHP搭建了提供搜索、瀏覽、下載功能的果蠅疾病同源 miRNA-gene 數(shù)據(jù)庫(bioinf.njnu.edu.cn/dhdd/home.php)。本論文首次在多種模式生物(小鼠、斑馬魚、果蠅、線蟲)中研究了與人類同源的miRNA-disease gene靶向?qū)?并搭建了果蠅疾病同源miRNA-gene數(shù)據(jù)庫,為使用多種模式生物研究miRNA在疾病基因中的調(diào)控作用提供了參考。
【圖文】：

逡逑獲�。郏担眩�，共２５８８條。數(shù)據(jù)庫首頁見圖２．１。該數(shù)據(jù)庫是由英國劍橋大學(xué)Ｓａｎｇｅｒ逡逑實(shí)驗(yàn)室建立一個綜合的ｍｉＲＮＡ收錄數(shù)據(jù)庫，目前，所有物種新發(fā)現(xiàn)的ｍｉＲＮＡ逡逑都將提交到ｍｉＲＢａｓｅ，并且根據(jù)ｍｉＲＢａｓｅ的定義命名新發(fā)現(xiàn)的ｍｉＲＮＡ。該數(shù)據(jù)逡逑庫還記錄ｍｉＲＮＡ相對應(yīng)的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，并且整合了第三方的ｍｉＲＮＡ靶標(biāo)預(yù)測數(shù)逡逑據(jù)。目前，ｍｉＲＢａｓｅ已經(jīng)更新到第２１版，收錄了包括人、小鼠等１００多個物種逡逑共２８６４５條ｍｉＲＮＡ前體及３５８２８條ｍｉＲＮＡ成熟體。其中收錄了邋２５８８條來源于逡逑人類的ｍｉＲＮＡ成熟體。逡逑從Ｅｎｓｅｍｂｌ［５１ｌ基因組注釋網(wǎng)站（ｖ９０）下載丫人類的全基因組序列（ＧＲＣＭ７），逡逑并從中獲�。玻埃常担稐l編碼蛋白質(zhì)的基因。逡逑從ＯＭ［Ｍ的數(shù)據(jù)庫（ｈｕｐｓ：／／ｖｖｗｗ．ｏｍｉｍ．ｏｒｇ／）卜載人類疾病相關(guān)的基因［１】，，逡逑數(shù)據(jù)庫首頁見圖２＿２。其ｍｏｒｂｉｄｍ叩記錄了邋７３００多種疾病相關(guān)的表型與１２８４４個逡逑基因，其中分子基礎(chǔ)背景清楚且確定在相關(guān)基因上有突變存在的的表型有近逡逑６０００種

件包中的ＲＮＡｌｉｂ程序計(jì)算ｍｉＲＮＡ和靶標(biāo)基因之間的結(jié)合能。該軟件最初為果逡逑蠅ｍｉＲＮＡ靶標(biāo)預(yù)測而開發(fā)的，后來逐漸拓展，被用于多種動物ｍｉＲＮＡ的靶標(biāo)逡逑預(yù)測。圖２．３是ｍｉＲａｎｄａ網(wǎng)站預(yù)測結(jié)果的一個示例。逡逑１０逡逑
【學(xué)位授予單位】：南京師范大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：R394

【參考文獻(xiàn)】

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1 王長梅;韋英杰;賈曉斌;蔡雪婷;孫娥;宋捷;;潑尼松龍誘導(dǎo)斑馬魚骨質(zhì)疏松模型的建立[J];世界科學(xué)技術(shù)-中醫(yī)藥現(xiàn)代化;2013年03期

2 韋英杰;王長梅;蔡雪婷;詹揚(yáng);賈曉斌;;地塞米松影響骨骼發(fā)育的斑馬魚模型的建立[J];藥學(xué)學(xué)報(bào);2013年02期

本文編號：2666080