【摘要】：背景DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)的一種重要機制,在調(diào)節(jié)基因復(fù)制和蛋白質(zhì)表達中具有重要作用。大部分DNA甲基化發(fā)生在鳥嘌呤核苷酸或Cp G位點之前的胞嘧啶上。Cp G島是哺乳動物基因組中胞嘧啶鳥嘌呤二核苷酸富集區(qū)。大多數(shù)基因啟動子位于Cp G島內(nèi),特別是管家基因的啟動子通常嵌入Cp G島。故了解Cp G島的分布情況對于進一步研究HBV DNA甲基化及HBV的生物學(xué)特性尤為重要。由于HBV的DNA聚合酶缺乏校對功能,HBV DNA的變異率較大。目前有研究將HBV DNA分為A-J共10個基因型,每個基因型又被分為數(shù)個基因亞型。已得到公認的有3個傳統(tǒng)Cp G島:Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,近期有學(xué)者發(fā)現(xiàn)了3個新的Cp G島,命名為Ⅳ,Ⅴ,Ⅵ,并分析了一些基因型病毒株中Cp G島Ⅰ~Ⅵ的分布情況。而由于各病毒株的DNA的變異率較大,病毒株的Cp G島分布情況可能并不能更準確地反應(yīng)該基因型的Cp G島分布的一般情況,更無法反應(yīng)出各基因亞型Cp G島的特點。該研究的目的就是利用大樣本建立HBV DNA各基因型、基因亞型的參照序列,分析參照序列及其病毒株中Cp G島的分布情況。方法從Gen Bank上搜索HBV DNA的A-H基因型的全基因序列,選擇全基因序列長度在3100至3300個堿基的病毒株。以公開發(fā)表論文中的HBV DNA A-H基因型及部分亞型的參照序列為參照,利用MEGA7軟件,對各基因型的病毒株進行全基因序列多重比對,建立進化樹,進行系統(tǒng)發(fā)育和分子進化分析,核實及重新歸類每一個病毒株的基因型或亞型。對于某一基因型內(nèi)病毒株數(shù)量較多的,在進化樹中分支較明顯的,我們進一步對其進行亞型的分類。然后利用Vector NTI Advance11.5軟件的Align X組件分別對每個基因型或亞型的所有病毒株進行多序列多重比對,建立每個基因型或基因亞型的一致序列,做為其參照序列。用Meth Primer和Cp G Plot兩種方法計算每一個參照序列,以及各基因亞型代表病毒株全基因序列的Cp G島。分析各基因型參照序列之間的Cp G島的差異、同一基因型的不同亞型參照序列的Cp G島的差異,以及同一亞型內(nèi)各代表性病毒株Cp G島的分布情況。對各基因亞型里是否含有Cp G島Ⅰ及是否含有新Cp G島病毒株數(shù)量的構(gòu)成情況,以及各基因亞型中分別含有Cp G島Ⅰ~Ⅲ及新島的病毒株數(shù)量的構(gòu)成情況,利用SPSS 16.0軟件進行卡方檢驗,分別對各基因型不同亞型病毒株之間Cp G島Ⅰ,Ⅱ和Ⅲ的長度、起點及終點位置,利用SPSS 16.0軟件進行非參數(shù)檢驗,了解HBV各基因型不同亞型病毒株之間的Cp G島分布是否有差異,檢驗水準P值設(shè)定為0.05。結(jié)果我們從下載的病毒株中篩選了HBV A-H基因型的3037個全基因序列,A433株,B 512株,C 924株,D 785株,E 198株,F 135株,G 28株,H 22株。利用這些病毒株建立了A-H基因型的28個亞型的參照序列,B,C,F和H基因型參照序列的長度均為3215 bp,A,D,E和G的長度在3182-3248bp。我們計算了28個亞型參照序列及其939個代表性病毒株的所有Cp G島。28個參照序列各擁有2-3個Cp G島,B,D,E的所有亞型及A1,A2,C6亞型的共17個參照序列含有Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ三個常規(guī)Cp G島,A3,A5,C1,C2和C5基因亞型,以及F,G,H基因型的共11個參照序列均缺少Cp G島Ⅰ,僅F4亞型的參照序列含有新發(fā)現(xiàn)的Cp G島:Cp G島Ⅴ。939個代表性病毒株中每株含有Cp G島1-5個,含有Cp G島Ⅰ~Ⅵ的病毒株數(shù)分別為515,939,938,65,47,8株,各島長度的中位數(shù)分別為102,439,157,112,104,105。其中有454株僅含有三個常規(guī)Cp G島:Ⅰ~Ⅲ,其在各基因型中的分布分別為A 81,B 124,C 24,D 183,E 40,F 0,G 2,H 0;423株缺少Cp G島Ⅰ,主要集中在C,F,G和H基因型中;117株含有新發(fā)現(xiàn)的Cp G島Ⅳ,Ⅴ,Ⅵ共120個,以Cp G島Ⅳ和Ⅴ為主,主要集中在B,C,D和F基因型中;有1株僅含一個Cp G島:Ⅱ,366株僅含有Cp G島Ⅱ和Ⅲ,他們既沒有Cp G島Ⅰ也沒有新Cp G島。Cp G島Ⅰ,Ⅱ和Ⅳ均被長度不等的非Cp G富集區(qū)所隔斷,以Cp G島Ⅱ多見。同一基因的各基因亞型是否含有Cp G島Ⅰ及是否含有新Cp G島病毒株數(shù)量的構(gòu)成情況具有顯著差異(P0.05),部分基因型的不同亞型分別含有Cp G島Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ及新島的病毒株數(shù)量的構(gòu)成情況具有顯著差異(A、C、F基因型的P0.05,B、D基因型的P0.05),各基因型不同亞型病毒株之間Cp G島Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ的位置均具有顯著差異(P0.05),而C基因型的Cp G島Ⅰ是個例外(P0.05)。結(jié)論本研究建立了28個HBV基因亞型參照序列,為進一步研究各基因(亞)型的生物學(xué)特性提供了可靠的材料和依據(jù)。不同亞型參照序列的Cp G島分布情況具有明顯差異,而相同亞型病毒株之間的Cp G島分布具有部分共性。
【學(xué)位授予單位】：安徽醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：R373.21

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