【摘要】：結(jié)核分枝桿菌的基因分型技術(shù)可以用于研究結(jié)核病的遺傳多態(tài)性、暴發(fā)流行、感染傳播模式、等等,對(duì)結(jié)核病的預(yù)防控制具有重要意義。目前研究結(jié)核分枝桿菌基因分型常用的方法有間隔區(qū)寡核苷酸分型(spacer oligonucleotide typing, Spoligotyping)和多位點(diǎn)數(shù)目可變串聯(lián)重復(fù)序列分析(Multiple Loci VNTR Analysis, MLVA),這兩種方法以PCR為基礎(chǔ),是多個(gè)國(guó)家和地區(qū)的結(jié)核病實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行結(jié)核分子流行病學(xué)研究的常用方法。結(jié)核分枝桿菌的基因分型研究顯示,全球的結(jié)核分枝桿菌可以分為六大基因“家系”,每一基因“家系”的分子特征,地區(qū)性分布和致病性均具有獨(dú)特性。 為了解中國(guó)西北部新疆和甘肅兩個(gè)地區(qū)結(jié)核病患者中結(jié)核分枝桿菌的基因多態(tài)性、主要的流行菌株,研究?jī)傻貐^(qū)間結(jié)核分枝桿菌基因多態(tài)性的差異,發(fā)現(xiàn)不同民族和不同地域間人口流動(dòng)狀況對(duì)菌株多態(tài)性的影響,并且探討本實(shí)驗(yàn)室確定的MLVA基因分型方法中所使用的15個(gè)VNTR位點(diǎn)組合是否適合這兩個(gè)地區(qū)結(jié)核病患者的分子流行病學(xué)研究,本研究用Spoligotyping和MLVA兩種基因分型方法對(duì)新疆和甘肅兩個(gè)地區(qū)的778株結(jié)核分枝桿菌進(jìn)行了分子流行病學(xué)研究,并計(jì)算各VNTR位點(diǎn)的Hunter-Gaston旨數(shù),分析各位點(diǎn)的分辨力。 Spoligotyping分型結(jié)果顯示778個(gè)菌株呈103種基因型,與SpolDB4.0數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)后發(fā)現(xiàn),其中723株屬于的7種已知基因家族,分別為北京家族、Haarlem家族、CAS家族、MANU家族、T家族、LAM家族和U家族,而其它55株呈49種基因型,在SpolDB4.0數(shù)據(jù)庫(kù)中無(wú)匹配數(shù)據(jù),為新基因型。對(duì)所有菌株進(jìn)行聚類分析,其中705株結(jié)核分枝桿菌聚成30個(gè)基因簇(2～590株菌),成簇率為86.76%,其中590株菌具有相同的基因圖譜,聚為最大一簇,而73株結(jié)核分枝桿菌獨(dú)立成簇,表現(xiàn)為獨(dú)特的基因型。在所分析的778個(gè)菌株中,主要流行株為北京家族菌株,共有634株,占全部菌株的81.49%。其次是T家族菌株,有45株,占全部菌株的5.78%。新疆地區(qū)311株臨床分離株表現(xiàn)為68種基因型,其中277株屬于7個(gè)已知家族,34株為新基因型,其中,主要流行株為北京家族菌株,共有224株,占所分析菌株的72.03%,其次為T家族、CAS家族、Haarlem家族、U家族、LAM家族和MANU2。467株甘肅菌株表現(xiàn)為46種基因型,其中447株屬于7個(gè)已知家族,20株為新基因型。在所分析的467株甘肅菌株中,主要流行株北京家族菌株有410株,占所分析菌株的87.79%,其次為T家族、Haarlem家族、MANU2、U家族、H37Rv和CAS家族。分析北京家族菌株與患者的性別、年齡、病例類型及治療史之間的關(guān)系,發(fā)現(xiàn)兩省區(qū)北京家族菌株的分布與性別、年齡、病例類型、治療史無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P0.05)。 根據(jù)MLVA基因分型結(jié)果,778株結(jié)核分枝桿菌呈385種基因型,其中505株結(jié)核菌可分為112個(gè)基因簇(2-72株菌),成簇率為50.51%,其余273株結(jié)核分枝桿菌獨(dú)立成簇,表現(xiàn)為獨(dú)特的基因型。VNTR-15位點(diǎn)組合分析全部菌株,計(jì)算出HGDI為0.987,高于Spoligotyping分型方法的分辨力(HGDI=0.424)。在15個(gè)VNTR位點(diǎn)中,9個(gè)位點(diǎn)(MIRU26、Mtub21、MIRU10、ETRE、MIRU40、 ETRA、MIRU16、Mtub30和MIRU39)對(duì)新疆和甘肅地區(qū)菌株分型具有良好的分辨力。但是對(duì)于同源性較高的北京家族菌株,具有較好分辨力的位點(diǎn)僅有4個(gè)(MIRU26、Mtub21、ETRE和MIRU16) 本研究全面分析了中國(guó)西北部?jī)蓚�(gè)省區(qū)結(jié)核分枝桿菌的基因多態(tài)性,確認(rèn)了當(dāng)?shù)刂饕餍芯隇楸本┘易?但兩地的基因型別構(gòu)成存在明顯的差異。在甘肅地區(qū)首次發(fā)現(xiàn)了CAS家族菌株；同時(shí),在新疆地區(qū)發(fā)現(xiàn)分離自維吾爾族和哈薩克族病人的22株具有獨(dú)特分子特征的非北京家族基因型菌株,在與全國(guó)其它地區(qū)非北京家族菌株的聚類結(jié)果中獨(dú)立自成一群,可能為具有地區(qū)特色的新的結(jié)核分枝桿菌基因家族。此外,本研究還評(píng)價(jià)了本實(shí)驗(yàn)室標(biāo)準(zhǔn)化的VNTR-15位點(diǎn)組合在新疆和甘肅地區(qū)的應(yīng)用,結(jié)果顯示15個(gè)MLVA位點(diǎn)中只有4個(gè)位點(diǎn)具有良好的分辨力,適合應(yīng)用于兩個(gè)地區(qū)北京家族菌株的基因分型。對(duì)不同地區(qū)的結(jié)核分枝桿菌進(jìn)行MLVA分型研究時(shí),要充分考慮到各地區(qū)間結(jié)核分枝桿菌的基因型分布和主要流行株并不相同,因此要依據(jù)實(shí)際情況調(diào)整MLVA位點(diǎn)組合,必要時(shí)加入新的位點(diǎn)以增加分辨力。另外,也要考慮尋找新的夠用于定義菌株進(jìn)化地位的多態(tài)性標(biāo)記,將其與傳統(tǒng)分型方法聯(lián)合應(yīng)用,來(lái)提高對(duì)菌株的分辨力。
【圖文】：

將收集到的828株臨床分離株進(jìn)行PNB/TCH鑒別培養(yǎng)，共鑒別出結(jié)核分枝打菌778株，非結(jié)核分枝奸菌50株。同時(shí)進(jìn)行多位點(diǎn)PCR (圖3.1)，，利用各菌株核酸模板擴(kuò)增 7 個(gè)位點(diǎn)Rv0577,131561，’ Rvl5I0, Rvl970, Rv3877/8和i?v3/20)，結(jié)果與PNB/TCH培養(yǎng)基鑒別結(jié)果相同。其中778株結(jié)核分枝奸菌有311株分離自新疆地區(qū)，467株分罔自甘肅地區(qū)；50株非結(jié)核分枝桿菌均分離自2011年菌株，其中6株（4.11%，6/146)分離自新疆地區(qū)，44株（14.15%

3.2.1基因多態(tài)性分析根據(jù)SpoHgotyping分型結(jié)果（圖3.2和圖3.3)，778株結(jié)核分枝桿菌呈103種基因型，通過(guò)與Spon3B4.0數(shù)據(jù)庫(kù)的比對(duì)，其中723株結(jié)核菌株屬于7種已知的基因家族，包括北京家族、Haarlem家族、T家族、MANU家族、CAS家族、LAM家族和U家族，而其它55株結(jié)核菌的基因型在SpolDB4.0數(shù)據(jù)庫(kù)中無(wú)對(duì)應(yīng)項(xiàng)，呈49種新的基因型（表3.1)。分析全部菌株的成簇情況，發(fā)現(xiàn)705株菌呈現(xiàn)出30種基因型（2?590株菌）
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)疾病預(yù)防控制中心
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號(hào)】：R378.911

【共引文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2618602